Копировать в буфер обмена

Milosavljevic, A. Обнаружение родственных последовательностей ДНК с помощью взаимной информации . Соединенные Штаты. https://doi.org/10.2172/10187913

Копировать в буфер обмена

Милосавлевич, А. 1994. «Обнаружение связанных последовательностей ДНК с помощью взаимной информации». Соединенные Штаты. https://doi.org/10.2172/10187913. https://www.osti.gov/servlets/purl/10187913.

Копировать в буфер обмена

@статья{osti_10187913,
title = {Обнаружение связанных последовательностей ДНК с помощью взаимной информации},
автор = {Милосавлевич, А},
abstractNote = {},
дои = {10.

Копировать в буфер обмена

Посмотреть технический отчет (0,95 МБ)

https://doi.org/10.2172/10187913

Экспорт метаданных

Сохранить в моей библиотеке

Вы должны войти в систему или создать учетную запись, чтобы сохранять документы в своей библиотеке.

Аналогичных записей в сборниках OSTI.GOV:

• Аналогичные записи

YAML | Cantera

Учебное пособие по формату YAML

Здесь мы описываем синтаксис и структуру файлов Cantera YAML, как размерные значения в файлах Cantera YAML обрабатываются, и как понять некоторые сообщения об ошибках, которые могут возникнуть при чтении эти входные файлы.

Синтаксис

Файлы Cantera YAML используют подмножество спецификации YAML 1.2. Файлы Cantera YAML состоят из отдельных значений, которые могут быть строками, числами или логическими значениями, которые затем составляются как элементы вложенных отображений и последовательностей.

Строки

Строки обычно могут быть написаны без кавычек, но могут быть заключены в одиночные кавычки или двойные кавычки, если это необходимо, чтобы избежать определенных неоднозначностей при синтаксическом анализе.

 Струна
Еще одна «строка»
"Строка: которая требует кавычек"
 

Числа

Числа могут быть записаны как целые числа, десятичные значения или с использованием E-нотации

 3
3.14
6.022e23
 

Логические значения

Логические значения в YAML записываются как слова true или ложь .

Последовательности

Последовательность из нескольких элементов указывается путем разделения элементов запятыми и заключив их в квадратные скобки. Отдельные элементы могут иметь любой тип — строки, целые числа, числа с плавающей запятой, сопоставления или последовательности.

 элементов: [O, H, C, N, Ar]
диапазоны температур: [200,0, 1000,0, 3500,0]
 

Приведенный выше синтаксис с использованием квадратных скобок для определения списка называется стилем потока в ЯМЛ. Последовательности также могут быть записаны в блочный стиль , используя одну строку для каждого элемента в последовательности, где каждая строка начинается с дефиса:

 элементов:
- О
- Н
- С
- Н
- Ар
 

Последовательности также могут быть вложенными. Все следующие примеры эквивалентны:

 данные: [[1, 2], [3, 4]]
данные:
-
  - 1
  - 2
-
  - 3
  - 4
данные:
- - 1
  - 2
- - 3
  - 4
 

Сопоставления

Сопоставление — это контейнер, состоящий из пар ключ-значение. Ключи в отображении Должно быть уникальным. Как и в случае с последовательностями, существует два способа записи отображения. в стиль потока , сопоставление заключено в фигурные скобки, двоеточие (за которым следует пробелы) используются для разделения ключей и значений, а пары ключ-значение разделяются через запятую:

 состав: {H:2, C:1, O:1}
 

В блочном стиле каждая клавиша записывается на новой строке, за которой следует двоеточие. Значение может быть размещено либо на той же строке, либо на следующей строке, с отступом на один уровень:

 состав:
  Ч: 2
  С:
    1
  О: 1
 

Все ключи в файлах Cantera YAML обрабатываются как строки. Файл Cantera YAML само отображение, обычно в блочный стиль . Мы ссылаемся на ключи в этом сопоставление верхнего уровня в виде разделов входного файла.

Последовательности отображений

Общая структура входных файлов Cantera представляет собой вложенную последовательность отображений. Этот можно записать в стиле блока как:

 - уравнение: O2 + CO <=> O + CO2
  константа скорости: {A: 2,5e+12, b: 0, Ea: 47800}
- уравнение: O2 + Ch3O <=> HO2 + HCO
  константа скорости: {A: 1. 0e+14, b: 0, Ea: 40000}
- уравнение: H + O2 + M <=> HO2 + M
  тип: трехкорпусный
  константа скорости: {A: 2,8e+18, b: -0,86, Ea: 0}
  эффективность: {AR: 0, C2H6: 1,5, CO: 0,75, CO2: 1,5, h3O: 0, N2: 0, O2: 0}
 

Ключи в каждом сопоставлении могут не совпадать. В этом примере каждый из три отображения в последовательности имеют уравнений и констант скорости ключей, в то время как только третья запись имеет ключей типа и эффективности ключей.

Размерные значения

Многие поля имеют числовые значения, представляющие размерные величины—a давление или плотность, например. Если они введены без указания единицы, единицы измерения по умолчанию (устанавливаются 93 # ошибка (отсутствует пробел между значением и единицами измерения)

См. API единиц измерения документацию для получения дополнительной информации, включая полный набор поддерживаемых единиц измерения.

Единицы по умолчанию

Единицы по умолчанию, которые применяются ко всему входному файлу или его части, могут быть установить с использованием единиц отображения . Отображение единиц , размещенное на верхнем уровне входной файл применяется ко всему файлу. Отображение единиц , размещенное как член другое сопоставление применяется к этому сопоставлению и любым вложенным сопоставлениям или последовательностям и переопределяет более высокий уровень 93

Единицы измерения по умолчанию могут быть установлены для массы , длины , времени , количества , давление , энергия и энергия активации .

Обработка ошибок

Во время обработки входного файла могут возникнуть ошибки. Это может быть синтаксические ошибки или могут быть ошибки, которые Cantera помечает как ошибки из-за какая-то явная нестыковка в данных — нефизическая величина, вид, который содержит незадекларированный элемент, реакция, содержащая незадекларированный вид, отсутствующие определения видов или элементов, несколько определений элементов, виды или реакции и так далее.

Синтаксические ошибки

Синтаксические ошибки обнаруживаются синтаксическим анализатором YAML и должны быть исправлены перед продолжаем дальше. При обнаружении синтаксической ошибки Cantera выдает исключение, которое включает в себя местоположение ошибки. Дополнительная информация, такая как трассировка, показывающая, где в коде читался входной файл, может быть также напечатано.

Например, рассмотрим следующий входной файл, предназначенный для создания газ с видами и реакциями GRI-Mech 3.0, но отсутствует двоеточие который нужен после термо ключ:

 фазы:
- название: газ
  термоидеальный газ
  кинетика: газ
  элементы: [Н, О]
  виды: [{gri30.yaml/species: все}]
  реакции: [gri30.yaml/reactions]
 

Когда это определение импортируется в приложение, появляется сообщение об ошибке, подобное следующее будет напечатано на экране, и выполнение программы или скрипта завершится:

 Трассировка (последний последний вызов):
  Файл "", строка 1, в 
  Файл "/some/path/cantera/base. pyx", строка 25, в cantera._cantera._SolutionBase.__cinit__
    self._init_yaml (файл, фаза, фазы, yaml)
  Файл "/some/path/cantera/base.pyx", строка 49| 5 | элементы: [Н, О]
| 6 | виды: [{gri30.yaml/species: все}]
| 7 | реакции: [gri30.yaml/reactions]
******************************************************* *********************
 

В верхней части сообщения об ошибке показана цепочка функций, которые были вызваны до появления ошибки. По большей части это внутренние Кантеры функции, не имеющие здесь прямого отношения. Соответствующая часть этого сообщения об ошибке часть между линиями звездочек. Это сообщение говорит о том, что синтаксический анализатор YAML столкнулся с проблемой в строке 4 из газ.ямл . Во многих случаях, в том числе и в этом, синтаксический анализатор даст сбой где-то после фактической проблемы с входным файлом, поскольку он должен продолжать синтаксический анализ, пока не найдет что-то, что не может быть действительный синтаксис YAML. В этом случае проблема с точки зрения парсера что ключ, который начался в строке 3, продолжается через новую строку, прежде чем он найдет двоеточие, которое можно рассматривать как разделитель. Поскольку ключ нельзя сломать через такие строки синтаксический анализатор указывает на ошибку в том месте, где она нашел двоеточие. Оглядываясь назад от указанной точки ошибки, мы можем видите, что проблема в отсутствующем двоеточии в предыдущей строке.

Ошибки Cantera

Теперь давайте рассмотрим другой класс ошибок, которые сам Cantera обнаруживает. Продолжая приведенный выше пример, предположим, что отсутствует двоеточие. исправлено, и входной файл снова обработан. Опять выдает сообщение об ошибке, но на этот раз из Кантеры:

 Traceback (последний последний звонок):
 Файл "", строка 1, в  Файл "/some/path/cantera/base.pyx", строка 25, в cantera._cantera._SolutionBase.__cinit__
 self._init_yaml (файл, фаза, фазы, yaml)
 Файл "/some/path/cantera/base.