V. Требования к составу и структуре активов акционерных инвестиционных фондов и паевых инвестиционных фондов, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций

V. Требования к составу и структуре активов акционерных

инвестиционных фондов и паевых инвестиционных фондов,

относящихся к категории фондов смешанных инвестиций

5.1. В состав активов акционерного инвестиционного фонда и паевого инвестиционного фонда, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций, могут входить денежные средства, включая иностранную валюту, на счетах и во вкладах в кредитных организациях, а также соответствующие требованиям, установленным настоящим Положением:

государственные ценные бумаги Российской Федерации;

государственные ценные бумаги субъектов Российской Федерации;

муниципальные ценные бумаги;

акции российских открытых акционерных обществ, за исключением акций российских акционерных инвестиционных фондов, относящихся к категориям фондов недвижимости, фондов особо рисковых (венчурных) инвестиций или фондов фондов;

облигации российских хозяйственных обществ, государственная регистрация выпуска которых сопровождалась регистрацией их проспекта ценных бумаг или в отношении которых зарегистрирован проспект;

инвестиционные паи открытых и интервальных паевых инвестиционных фондов;

ценные бумаги иностранных государств;

ценные бумаги международных финансовых организаций;

акции иностранных акционерных обществ;

облигации иностранных коммерческих организаций;

российские депозитарные расписки, в отношении которых осуществлена государственная регистрация проспекта.

(абзац введен Приказом ФСФР РФ от 24.07.2007 N 07-85/пз-н)

5.2. Структура активов акционерного инвестиционного фонда и паевого инвестиционного фонда, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций, должна одновременно соответствовать следующим требованиям:

денежные средства, находящиеся во вкладах в одной кредитной организации, могут составлять не более 25 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость ценных бумаг иностранных государств, ценных бумаг международных финансовых организаций, акций иностранных акционерных обществ, облигаций иностранных коммерческих организаций и российских депозитарных расписок может составлять не более 20 процентов стоимости активов.

(в ред. Приказа ФСФР РФ от 24.07.2007 N 07-85/пз-н)

(см. текст в предыдущей редакции)

5.3. В состав активов открытого паевого инвестиционного фонда, относящегося к категории фондов смешанных инвестиций, наряду с имуществом, предусмотренным в пункте 5.1 настоящего Положения, могут входить инвестиционные паи закрытых паевых инвестиционных фондов, включенные в котировальные списки фондовых бирж.

Структура активов открытого паевого инвестиционного фонда, относящегося к категории фондов смешанных инвестиций, должна одновременно соответствовать требованиям, предусмотренным в пункте 5.2 настоящего Положения, и следующим требованиям:

не менее двух третей рабочих дней в течение одного календарного месяца оценочная стоимость государственных ценных бумаг Российской Федерации, государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации, муниципальных ценных бумаг, акций российских открытых акционерных обществ, облигаций российских хозяйственных обществ, акций иностранных акционерных обществ, облигаций иностранных коммерческих организаций, ценных бумаг международных финансовых организаций, ценных бумаг иностранных государств и российских депозитарных расписок должна составлять не менее 70 процентов стоимости активов;

(в ред. Приказа ФСФР РФ от 24.07.2007 N 07-85/пз-н)

(см. текст в предыдущей редакции)

оценочная стоимость государственных ценных бумаг Российской Федерации или государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации одного выпуска может составлять не более 35 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость ценных бумаг одного эмитента (за исключением государственных ценных бумаг Российской Федерации и государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации) может составлять не более 15 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость ценных бумаг, не имеющих признаваемых котировок, за исключением инвестиционных паев открытых паевых инвестиционных фондов, может составлять не более 10 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость акций российских акционерных обществ и облигаций российских хозяйственных обществ, включенных в котировальный список «И» фондовых бирж, а также не включенных в котировальные списки фондовых бирж, может составлять не более 50 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость акций российских акционерных инвестиционных фондов и инвестиционных паев паевых инвестиционных фондов может составлять не более 10 процентов стоимости активов;

количество инвестиционных паев паевого инвестиционного фонда может составлять не более 30 процентов количества выданных инвестиционных паев этого паевого инвестиционного фонда.

5.4. В состав активов интервального паевого инвестиционного фонда, относящегося к категории фондов смешанных инвестиций, наряду с имуществом, предусмотренным в пункте 5.1 настоящего Положения, могут входить обыкновенные акции российских закрытых акционерных обществ и инвестиционные паи закрытых паевых инвестиционных фондов.

Структура активов интервального паевого инвестиционного фонда, относящегося к категории фондов смешанных инвестиций, должна одновременно соответствовать требованиям, предусмотренным в пункте 5.2 настоящего Положения, и следующим требованиям:

не менее двух третей рабочих дней в течение одного календарного квартала оценочная стоимость государственных ценных бумаг Российской Федерации, государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации, муниципальных ценных бумаг, акций российских открытых акционерных обществ, облигаций российских хозяйственных обществ, акций иностранных акционерных обществ, облигаций иностранных коммерческих организаций, ценных бумаг международных финансовых организаций, ценных бумаг иностранных государств и российских депозитарных расписок должна составлять не менее 70 процентов стоимости активов;

(в ред. Приказа ФСФР РФ от 24.07.2007 N 07-85/пз-н)

(см. текст в предыдущей редакции)

оценочная стоимость государственных ценных бумаг Российской Федерации или государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации одного выпуска может составлять не более 35 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость ценных бумаг одного эмитента (за исключением государственных ценных бумаг Российской Федерации и государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации) может составлять не более 15 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость ценных бумаг, не имеющих признаваемых котировок, за исключением инвестиционных паев открытых паевых инвестиционных фондов, может составлять не более 50 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость акций российских акционерных обществ и облигаций российских хозяйственных обществ, включенных в котировальный список «И» фондовых бирж, а также не включенных в котировальные списки фондовых бирж, может составлять не более 80 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость обыкновенных акций российских закрытых акционерных обществ может составлять не более 10 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость акций российских акционерных инвестиционных фондов и инвестиционных паев паевых инвестиционных фондов может составлять не более 10 процентов стоимости активов;

количество обыкновенных акций закрытого акционерного общества должно составлять не менее 25 процентов общего количества размещенных обыкновенных акций этого акционерного общества, по которым зарегистрированы отчеты об итогах выпуска, а в случае приобретения акций при учреждении закрытого акционерного общества — не менее 25 процентов общего количества обыкновенных акций, размещаемых учредителям в соответствии с договором о создании общества;

количество инвестиционных паев паевого инвестиционного фонда может составлять не более 30 процентов количества выданных инвестиционных паев этого паевого инвестиционного фонда.

5.5. В состав активов закрытого паевого инвестиционного фонда и акционерного инвестиционного фонда, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций, наряду с имуществом, предусмотренным в пункте 5.1 настоящего Положения, могут входить обыкновенные акции российских закрытых акционерных обществ, а также инвестиционные паи закрытых паевых инвестиционных фондов.

Структура активов закрытого паевого инвестиционного фонда и акционерного инвестиционного фонда, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций, должна одновременно соответствовать требованиям, предусмотренным в пункте 5.2 настоящего Положения, и следующим требованиям:

не менее двух третей рабочих дней в течение одного календарного года оценочная стоимость государственных ценных бумаг Российской Федерации, государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации, муниципальных ценных бумаг, акций российских открытых акционерных обществ, облигаций российских хозяйственных обществ, акций иностранных акционерных обществ, облигаций иностранных коммерческих организаций, ценных бумаг международных финансовых организаций, ценных бумаг иностранных государств и российских депозитарных расписок должна составлять не менее 70 процентов стоимости активов;

(в ред. Приказа ФСФР РФ от 24.07.2007 N 07-85/пз-н)

(см. текст в предыдущей редакции)

оценочная стоимость государственных ценных бумаг Российской Федерации или государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации одного выпуска может составлять не более 35 процентов стоимости активов;

оценочная стоимость ценных бумаг одного эмитента (за исключением государственных ценных бумаг Российской Федерации и государственных ценных бумаг субъектов Российской Федерации) может составлять не более 35 процентов стоимости активов;

суммарная оценочная стоимость акций российских акционерных инвестиционных фондов и инвестиционных паев паевых инвестиционных фондов может составлять не более 10 процентов стоимости активов;

количество обыкновенных акций закрытого акционерного общества должно составлять не менее 25 процентов общего количества размещенных обыкновенных акций этого акционерного общества, по которым зарегистрированы отчеты об итогах выпуска, а в случае приобретения акций при учреждении закрытого акционерного общества — не менее 25 процентов общего количества обыкновенных акций, размещаемых учредителям в соответствии с договором о создании общества;

количество инвестиционных паев паевого инвестиционного фонда может составлять не более 30 процентов количества выданных инвестиционных паев этого паевого инвестиционного фонда.

V. Требования к составу и структуре активов акционерных инвестиционных фондов и паевых инвестиционных фондов, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций

V. Требования к составу и структуре активов акционерных

инвестиционных фондов и паевых инвестиционных фондов,

относящихся к категории фондов смешанных инвестиций

5.1. В состав активов акционерного инвестиционного фонда и паевого инвестиционного фонда, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций, могут входить только:

1) денежные средства, в том числе иностранная валюта, на счетах и во вкладах в кредитных организациях;

2) полностью оплаченные акции российских открытых акционерных обществ;

3) полностью оплаченные акции иностранных акционерных обществ;

4) долговые инструменты;

5) акции акционерных инвестиционных фондов и инвестиционные паи паевых инвестиционных фондов, за исключением инвестиционных фондов, относящихся к категории фондов фондов;

6) паи (акции) иностранных инвестиционных фондов, если присвоенный указанным паям (акциям) код CFI имеет следующие значения: первая буква — значение «E», вторая буква — значение «U», третья буква — значение «O» или, если паи (акции) этого фонда прошли процедуру листинга хотя бы на одной из фондовых бирж, указанных в пункте 1. 12 настоящего Положения, — значение «C», пятая буква — значение «S»;

7) российские и иностранные депозитарные расписки на ценные бумаги, предусмотренные настоящим пунктом;

8) обыкновенные акции российских закрытых акционерных обществ (для акционерных инвестиционных фондов, интервальных и закрытых паевых инвестиционных фондов).

5.2. Структура активов акционерного инвестиционного фонда и паевого инвестиционного фонда, относящихся к категории фондов смешанных инвестиций, должна одновременно соответствовать следующим требованиям:

1) денежные средства, находящиеся во вкладах в одной кредитной организации, могут составлять не более 25 процентов стоимости активов;

2) не менее двух третей рабочих дней в течение одного календарного квартала оценочная стоимость ценных бумаг должна составлять не менее 70 процентов стоимости активов;

3) оценочная стоимость ценных бумаг одного эмитента и оценочная стоимость российских и иностранных депозитарных расписок на указанные ценные бумаги, за исключением ценных бумаг, предусмотренных пунктом 1. 13 настоящего Положения, может составлять не более 15 процентов стоимости активов открытых и интервальных паевых инвестиционных фондов и не более 35 процентов стоимости активов акционерных инвестиционных фондов и закрытых паевых инвестиционных фондов. Требование настоящего подпункта в части, касающейся ограничения на ценные бумаги одного эмитента, не распространяется на российские и иностранные депозитарные расписки;

4) оценочная стоимость инвестиционных паев паевых инвестиционных фондов и (или) акций акционерных инвестиционных фондов и (или) паев (акций) иностранных инвестиционных фондов может составлять не более 50 процентов стоимости активов;

5) количество инвестиционных паев паевого инвестиционного фонда или акций акционерного инвестиционного фонда или паев (акций) иностранного инвестиционного фонда может составлять не более 30 процентов количества выданных (выпущенных) инвестиционных паев (акций) каждого из этих фондов;

6) оценочная стоимость ценных бумаг, предназначенных для квалифицированных инвесторов, которые выпущены (выданы) в соответствии с законодательством Российской Федерации, и иностранных ценных бумаг, которые в соответствии с личным законом иностранного эмитента не могут быть предложены неограниченному кругу лиц, может составлять не более 10 процентов стоимости активов открытого или интервального паевого инвестиционного фонда и не более 20 процентов стоимости активов акционерного инвестиционного фонда или закрытого паевого инвестиционного фонда, а в случае если такие ценные бумаги в соответствии с настоящим Положением являются неликвидными ценными бумагами — соответственно не более 5 и не более 10 процентов стоимости активов. Требование настоящего подпункта не распространяется на иностранные ценные бумаги, специально выпущенные для обращения в ином иностранном государстве и прошедшие процедуру листинга хотя бы на одной из фондовых бирж, указанных в пункте 1.12 настоящего Положения;

7) оценочная стоимость неликвидных ценных бумаг может составлять не более 10 процентов стоимости активов открытых паевых инвестиционных фондов и не более 50 процентов активов интервальных паевых инвестиционных фондов;

8) оценочная стоимость обыкновенных акций закрытых акционерных обществ может составлять не более 15 процентов стоимости активов интервального паевого инвестиционного фонда;

9) количество обыкновенных акций закрытого акционерного общества должно составлять более 25 процентов общего количества размещенных обыкновенных акций этого акционерного общества, по которым зарегистрированы отчеты об итогах выпуска, а в случае приобретения акций при учреждении закрытого акционерного общества — более 25 процентов общего количества обыкновенных акций, размещаемых учредителям в соответствии с договором о создании общества;

10) оценочная стоимость иностранных ценных бумаг, не допущенных к торгам российскими организаторами торговли на рынке ценных бумаг, может составлять не более 70 процентов стоимости активов открытого паевого инвестиционного фонда.

Плотные контакты и связанные по составу соединительные структуры в многослойном эпителии млекопитающих и культурах клеток, полученных из него

. 2002 г., август; 81 (8): 419–35.

дои: 10.1078/0171-9335-00270.

Лутц Лангбейн ¹ , Кристин Грунд, Цецилия Кун, Силке Прэтцель, Юрген Картенбек, Йоханна М. Бранднер, Ингрид Молл, Вернер В. Франке

Принадлежности

принадлежность

• ¹ Отделение клеточной биологии, Немецкий центр исследования рака, Гейдельберг.

• PMID: 12234014
• DOI: 10. 1078/0171-9335-00270

Лутц Лангбейн и др. Eur J Cell Biol. 2002 9 августа0003

. 2002 г., август; 81 (8): 419–35.

дои: 10.1078/0171-9335-00270.

Авторы

Лутц Лангбейн ¹ , Кристин Грунд, Цецилия Кун, Силке Прэтцель, Юрген Картенбек, Йоханна М. Бранднер, Ингрид Молл, Вернер В. Франке

принадлежность

• ¹ Отделение клеточной биологии, Немецкий центр исследования рака, Гейдельберг.

• PMID: 12234014
• DOI: 10.
  1078/0171-9335-00270

Абстрактный

Возникновение структур расширенных плотных соединений (TJ), включая zonulae occludentes (ZO), и пространственное расположение белков TJ в многослойном эпителии млекопитающих давно вызывает споры. Поэтому мы систематически исследовали локализацию белков TJ в различных многослойных эпителиальных тканях (например, эпидермисе, пяточной подушечке, морде, деснах, языке, пищеводе, экзоцервиксе, влагалище, уротелии, роговице) различных видов (человек, крупный рогатый скот, грызуны). а также в линиях культур клеток человека, полученных из многослойного эпителия, с помощью электронной микроскопии, а также с помощью иммуноцитохимии как на световом, так и на электронно-микроскопическом уровне, с использованием антител к белкам TJ, таким как окклюдин, клаудины 1 и 4, белок ZO-1, цингулин и симплекин. Мы обнаружили неожиданное разнообразие структур, связанных с TJ, из которых здесь представлены только те, которые демонстрируют колокализацию с наиболее ограниченным трансмембранным маркерным белком TJ, occludin.

В то время как в эпидермисе и уротелии окклюдин ограничен самым верхним слоем живых клеток, соединения, связанные с TJ, многочисленны в верхней трети или даже в большинстве супрабазальных клеточных слоев в других многослойных эпителиях. Интерфолликулярный эпидермис содержит в зернистом слое протяженные, вероятно непрерывные ZO-подобные структуры, которые также можно проследить, по крайней мере, через слой клеток Генле волосяных фолликулов. Подобные апикальные ZO-подобные структуры были обнаружены в верхних слоях живых клеток всех других исследованных многослойных эпителиев и клеточных культур, но в большинстве из них мы заметили, кроме того, соединительные области, показывающие относительно широкие лентовидные мембранные контакты, которые в поперечное сечение часто кажется пятислойным, с электронно-плотной средней пластинкой («пластинчатые TJs», coniunctiones laminosae). В супрабазальных слоях нескольких многослойных эпителиев мы далее наблюдали соединения, содержащие белок TJ, различных размеров, которые характеризуются плотной пластинкой толщиной 10-30 нм, расположенной между двумя мембранами («сэндвич-соединения»; iuncturae structae). Более того, мы часто наблюдали области разного размера, в которых межмембранное расстояние довольно регулярно перекрыто короткими палочковидными элементами («клеточные стенки с поперечными мостиками»; parietes transtillati), часто в непосредственной близости от связанных с TJ структур или десмосом. Обсуждается значение этих структур и их возможное биологическое значение.

Похожие статьи

• Организация и формирование системы плотных контактов в эпидермисе человека и культивируемых кератиноцитах.

  Бранднер Дж.М., Киф С., Грунд С., Рендл М., Худек П., Кун С., Чахлер Э., Франке В.В., Молл И. Бранднер Дж. М. и соавт. Eur J Cell Biol. 2002 г., май; 81 (5): 253–63. дои: 10.1078/0171-9335-00244. Eur J Cell Biol. 2002. PMID: 12067061

• Различные структуры, содержащие белки плотного контакта в эпидермальных и других многослойных эпителиальных клетках, включая плоскоклеточную метаплазию.

  Schlüter H, Moll I, Wolburg H, Franke WW. Шлютер Х. и др. Eur J Cell Biol. 2007 декабрь; 86 (11-12): 645-55. doi: 10.1016/j.ejcb.2007.01.001. Epub 2007, 8 февраля. Eur J Cell Biol. 2007. PMID: 17291627

• Структуры, связанные с плотным соединением, при отсутствии просвета: окклюдин, клаудины и белки бляшек плотного соединения в плотно упакованных клеточных образованиях многослойного эпителия и плоскоклеточных карциномах.

  Лангбейн Л., Папе У.Ф., Грунд С., Кун С., Претцель С., Молл И., Молл Р., Франке В.В. Лангбейн Л. и соавт. Eur J Cell Biol. 2003 г., август; 82 (8): 385–400. дои: 10.1078/0171-9335-00330. Eur J Cell Biol. 2003. PMID: 14533737

• Барьеры и многое другое: функции белков плотного соединения в коже.

  Киршнер Н., Бранднер Дж.М. Киршнер Н. и соавт. Энн Н.Ю. Академия наук. 2012 июнь; 1257:158-66. doi: 10.1111/j.1749-6632.2012.06554.x. Энн Н.Ю. Академия наук. 2012. PMID: 22671602 Обзор.

• Эпителиальное микроокружение на основе плотных контактов и пролиферация клеток.

  Цукита С., Ямадзаки Ю., Катсуно Т., Тамура А., Цукита С. Цукита С. и др. Онкоген. 2008 24 ноября; 27 (55): 6930-8. doi: 10.1038/onc.2008.344. Онкоген. 2008. PMID: 135 Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

• Новый фитокомплекс клеток Бриттона Perilla frutescens (L.) регулирует воспалительный каскад и барьерную функцию кератиноцитов и сохраняет целостность слизистой оболочки влагалища in vivo.

  Пресси Г., Ригилло Г., Говерна П., Боргонетти В., Байни Г., Рицци Р., Гуарнерио К., Бертайола О., Фриго М., Мерлин М., Палтриньери С., Замбонин Р., Пандольфо С., Бьяджи М. Пресси Г. и др. Фармацевтика. 2023 10 января; 15 (1): 240. doi: 10.3390/фармацевтика15010240. Фармацевтика. 2023. PMID: 36678869 Бесплатная статья ЧВК.

• Вирус-ассоциированное нарушение плотных контактов эпителия слизистой оболочки и его роль в передаче и распространении вируса.

  Тугизов С. Тугизов С. Тканевые барьеры. 2021 2 октября; 9 (4): 1943274. дои: 10.1080/21688370.2021.1943274. Epub 2021 9 июля. Тканевые барьеры. 2021. PMID: 34241579 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

• IL-1β укрепляет физический барьер в эпителиальных клетках десны.

  Столте К.Н., Пельц К., Япто К.В., Рагузе Д.Д., Доммиш Х., Данкер К. Столте К.Н. и соавт. Тканевые барьеры. 2020 июль 2;8(3):1804249. дои: 10.1080/21688370.2020.1804249. Epub 2020 23 августа. Тканевые барьеры. 2020. PMID: 32835592 Бесплатная статья ЧВК.

• Белки gp120 и tat ВИЧ-1 индуцируют эпителиально-мезенхимальный переход в эпителиальных клетках слизистых оболочек полости рта и половых органов.

  Лиен К., Майер В., Эррера Р., Росбе К., Тугизов С.М. Лиен К. и др. ПЛОС Один. 23 декабря 2019 г .; 14 (12): e0226343. doi: 10.1371/journal.pone.0226343. электронная коллекция 2019. ПЛОС Один. 2019. PMID: 31869348 Бесплатная статья ЧВК.

• Барьеры плотных соединений в волосяных фолликулах человека — роль клаудина-1.

  Цорн-Круппа М., Видал-Ю-Си С., Худек П., Владыковски Э., Гжибовски С., Грубер Р., Горзеланни С., Харкап Дж., Шнайдер С.В., Маюмдар А., Бранднер Дж.М. Цорн-Круппа М. и соавт. Научный представитель 2018 г. 24 августа; 8 (1): 12800. doi: 10.1038/s41598-018-30341-9. Научный представитель 2018. PMID: 30143655 Бесплатная статья ЧВК.

Просмотреть все статьи «Цитируется по»

Типы публикаций

термины MeSH

вещества

У шимпанзе и человека имеются сходные по составу кишечные энтеротипы

Введение

Сообщества кишечных микробов в современных популяциях людей были разделены на три кластера, называемых «энтеротипами», каждый из которых характеризуется отдельным набором чрезмерно представленных родов бактерий ¹ . В то время как изначально не было обнаружено связи между энтеротипами и специфическими особенностями хозяина (такими как возраст, состояние здоровья, морфотип тела, происхождение или пол), недавняя работа выявила связь между энтеротипом и продолжительным питанием:0177 Bacteroides -доминантный энтеротип преобладает у лиц с высоким содержанием животных жиров и белков, тогда как Prevotella -доминантный энтеротип преобладает у лиц с высоким содержанием углеводов ² .

Разделение микробиоты кишечника человека на отдельные энтеротипы поднимает несколько вопросов о происхождении и эволюции этих различных по составу микробных сообществ. Если формирование энтеротипов обусловлено разнообразным питанием человека-хозяина ³ , энтеротипы могли возникнуть в человеческой генеалогии в относительно недавние времена. Но если энтеротипы являются продуктом более древних особенностей, таких как иммунная система хозяина или физиология кишечника, они, вероятно, возникли до или во время диверсификации видов человекообразных обезьян. Характеристика микробных сообществ кишечника в популяциях человекообразных обезьян дает представление о происхождении энтеротипов человека. Учитывая совместную диверсификацию между кишечной микробиотой и ее хозяевами — человекообразными обезьянами ^4,5,6,7 , наличие сходных по составу энтеротипов у людей и других видов человекообразных обезьян, несмотря на их современные различия в рационе и географическом распространении, согласуется с возникновением энтеротипов до расхождения человеческого происхождение.

Здесь мы показываем, что кишечная микробиота шимпанзе разделяется на энтеротипы, которые по составу аналогичны таковым у людей, что подтверждает гипотезу о том, что энтеротипические вариации присутствовали до расхождения людей и шимпанзе. Кроме того, с помощью анализа продольных образцов мы показываем, что микробные сигнатуры энтеротипов шимпанзе стабильны с течением времени, но отдельные хозяева меняются между энтеротипами в течение периода > 1 года.

Результаты

Обнаружение энтеротипов у шимпанзе

Чтобы проверить наличие энтеротипов у нечеловекообразных обезьян, мы исследовали кишечные микробные сообщества шимпанзе. Одной из потенциальных проблем при сравнении микробиоты шимпанзе и человека является большая разница в уровнях внутривидовой генетической изменчивости между двумя группами: шимпанзе делятся на несколько подвидов, которые диверсифицировались за последние 1,5 миллиона лет ^8,9,10 , в то время как предки шимпанзе всех современных людей можно проследить до узких мест в популяции, которые возникли за последние 200 000 лет ¹¹ . Поэтому мы ограничили наш анализ кишечными микробными сообществами в пределах одного подвида шимпанзе ( Pan troglodytes schweinfurthii ), монофилетической клады примерно того же возраста, что и современные люди ¹⁰ .

Мы проверили наличие энтеротипов в кишечных микробиомах 35 шимпанзе из национального парка Гомбе-Стрим, используя те же методы кластеризации и проверки кластеров, что и Arumugam et al. ¹ используется для идентификации энтеротипов человека. Эти анализы показали, что микробиоты шимпанзе разделяются на основе их состава на уровне рода на три отдельных кластера (то есть энтеротипы), которые не имеют существенной связи с возрастом, генеалогией или полом хозяина (рис. 1а). Бактериальные таксоны, идентифицированные межклассовым анализом как вносящие наибольший вклад в каждый кластер, были 9.0177 Faecalibacterium у шимпанзе энтеротипа 1, Lachnospiraceae у шимпанзе энтеротипа 2 и Bulleidia у шимпанзе энтеротипа 3 (рис. 1б).

Рисунок 1: Идентификация энтеротипов шимпанзе.

( a ) Ассортимент микробных сообществ кишечника на энтеротипы у шимпанзе и человека. Показаны визуализации BCA энтеротипов (цветные эллипсы), идентифицированные с помощью кластеризации PAM, с черными точками, представляющими распространенность родов бактерий у отдельного хозяина, и пронумерованными белыми прямоугольниками, отмечающими центр каждого энтеротипа. Панель (справа), показывающая энтеротипы кишечника человека, модифицированные из Арумугама 9.0177 и др. ¹ Перечислены таксоны бактерий, уникально представленные в соответствующих энтеротипах шимпанзе и человека. ( b ) Относительная численность трех таксонов бактерий, которые в основном ответственны за разделение энтеротипов шимпанзе. Показаны средние значения, диапазоны и первый и третий квартили. Цветовая кодировка энтеротипов соответствует цветовой кодировке ( и ).

Изображение в натуральную величину

Соответствие между энтеротипами человека и шимпанзе

Хотя микробные сообщества кишечника исследованных шимпанзе по своему составу больше похожи друг на друга, чем на микробные сообщества кишечника человека ( P =1,029 × 10 ^-86 , односторонний t -тест; Дополнительный рисунок S1), все восемь бактериальных родов, которые уникально чрезмерно представлены как в энтеротипе человека, так и в энтеротипе шимпанзе, демонстрируют одинаковые закономерности численности для энтеротипов у обоих видов-хозяев. Как человеческий энтеротип 1, так и энтеротип 1 шимпанзе чрезмерно представлены Bacteroides, Faecalibacterium и Parabacteroides ; энтеротип 2 человека и шимпанзе чрезмерно представлен в Lachnospiraceae ; энтеротип 3 человека и шимпанзе чрезмерно представлен Dialeester, Ruminococcus, Subdoligranulum и Collinsella (рис. 1а).

Существует широкое соответствие между энтеротипами шимпанзе и человека; однако несколько родов бактерий, которые чрезмерно представлены в энтеротипах шимпанзе, не представлены чрезмерно ни в одном из энтеротипов человека. Например, Anaerotruncus and Acetivibrio are overrepresented in chimpanzee enterotype 1, Anaerovibrio and Bifidobacterium are overrepresented in chimpanzee enterotype 2 and Bulleidia , Butyrivibrio , Coriobacteriaceae and Olsenella are overrepresented in chimpanzee enterotype 3, но эти роды либо отсутствуют, либо не вносят значительного вклада в энтеротипы человека (таблица 1).

Таблица 1. Частота бактериальных таксонов, уникально представленных в каждом энтеротипе шимпанзе.

Полноразмерная таблица

Точно так же несколько родов бактерий, вносящих вклад в энтеротип человека, не представлены чрезмерно ни в одном из энтеротипов шимпанзе. Наиболее известным из них является Prevotella , который преобладает в энтеротипе 2 человека, но обнаруживается с очень высокой частотой во всех трех энтеротипах шимпанзе, составляя 7,3% энтеротипа 1 шимпанзе, 8,4% энтеротипа 2 шимпанзе и 9,9% энтеротипа шимпанзе. энтеротип 3.

Временная и композиционная стабильность энтеротипов

Человеческие энтеротипы первоначально были идентифицированы из отдельных образцов от широкого спектра хозяев, схема выборки не позволяет исследовать временную стабильность энтеротипов у хозяев. У семи шимпанзе микробные сообщества кишечника оценивались в несколько моментов времени в течение 8-летнего периода (рис. 2). У всех этих шимпанзе произошли изменения в присвоении энтеротипа в течение 8-летнего периода выборки, при этом три шимпанзе показали идентичную конфигурацию, содержащую энтеротип 1 в 2000 и 2001 годах и энтеротип 3 в 2008 году. Несмотря на замену энтеротипов в пределах хозяев, композиционные профили энтеротипов устойчивы к включению образцов из разных моментов времени, при этом первичные бактериальные драйверы энтеротипов остаются постоянными для каждой итерации разделения вокруг кластеризации медоидов (PAM).

Рисунок 2: Энтеротипы шимпанзе варьируются у разных людей с течением времени.

Распределение энтеротипов у отдельных хозяев-шимпанзе, отобранных в 2000, 2001 и 2008 годах. Образцы, отнесенные к энтеротипу 1, представлены желтыми капсулами, образцы, отнесенные к энтеротипу 2, представлены синими капсулами, образцы, отнесенные к энтеротипу 3, представлены красными капсулами и пустые капсулы указывают годы, когда образцы для конкретного хозяина не анализировались. Хозяева распределяются по принадлежности к сообществу Гомбе (MT или KK) с указанием пола и генеалогии (например, Воробей — мать Сэнди и Шелдона, а Туби и Дарби — братья и сестры).

Изображение в полный размер

Обсуждение

Сообщества микробов, поражающие кишечник шимпанзе ( P. t. schweinfurthii ) из национального парка Гомбе, делятся на три различных по составу энтеротипа, которые аналогичны тем, которые были обнаружены в популяциях людей. Все роды бактерий, которые чрезмерно представлены в энтеротипах человека и шимпанзе, демонстрируют одинаковые композиционные паттерны у обоих видов-хозяев. Например, как человеческий энтеротип 1, так и энтеротип 1 шимпанзе обогащены Bacteroides, Faecalibacterium и Parabacteroides, , в то время как энтеротип 2 человека и шимпанзе широко представлен в Lachnospiraceae .

Несмотря на общую конгруэнтность между энтеротипами человека и шимпанзе, существуют различия между видами-хозяевами в преобладании нескольких родов бактерий (таблица 1), особенно в распространении Prevotella . Человеческий энтеротип 2 отличается от других энтеротипов человека тем, что он обогащен Lachnospiraceae (как у шимпанзе), но также и в чрезмерной представленности Prevotella. Напротив, частота Prevotellae одинаково высока в каждом из энтеротипов шимпанзе. У людей доминирующий энтеротип Prevotella- связан с диетой с высоким содержанием углеводов ² , так что постоянно высокий уровень Prevotella у шимпанзе соответствует типичной диете шимпанзе, в которой преобладают богатые углеводами фрукты.

То, что энтеротипы присутствуют как у людей, так и у шимпанзе, позволяет предположить, что энтеротипические вариации являются наследственной особенностью микробиоты человекообразных обезьян. Композиционное родство между энтеротипами человека и шимпанзе согласуется с возникновением энтеротипов до расщепления человека и шимпанзе и последующим совместным расхождением между энтеротипами и их хозяевами. Хотя распространение бактериальных таксонов среди видов-хозяев потенциально может вызвать сходство между энтеротипами человека и шимпанзе, такие переносы не могут полностью объяснить наличие бактериальных таксонов, которые различают энтеротипы только у одного из видов-хозяев (таблицы 1, 2). Обнаружение энтеротипов, различающихся по составу, у других приматов может дополнительно подтвердить существование энтеротипов во время диверсификации человекообразных обезьян; однако в настоящее время недостаточно выборок для характеристики внутривидовой изменчивости состава микробиоты за пределами Хоминини . Кроме того, несколько родов бактерий были обнаружены только у одного вида-хозяина (табл. 3). Почти 5% фекальной флоры человека составляют эти роды бактерий, некоторые из которых вызывают заболевания желудочно-кишечного тракта. Например, разлагающие муцин Akkermansiae были связаны с колитами ¹² , Eggerthellae обогащены у пациентов с болезнью Крона ¹³ и Coprobacilli связаны с некоторыми формами синдрома раздраженного кишечника.0007 14 .

Таблица 2 Бактериальные таксоны, преобладающие в пределах каждого энтеротипа шимпанзе.

Полноразмерная таблица

Таблица 3. Частота родов бактерий, полученных только от людей или шимпанзе.

Полноразмерная таблица

Постоянный вопрос об энтеротипах человека заключается в том, изменяются ли они внутри индивидуума с течением времени ^1,2 . Мы рассмотрели этот вопрос у шимпанзе, оценив изменчивость назначения энтеротипа у хозяев-шимпанзе, отобранных в течение 8-летнего периода. Короче говоря, каждый из шимпанзе-хозяев, которых анализировали в несколько моментов времени, изменил энтеротипы в течение периода выборки (рис. 2).

Как и у людей, нет очевидной связи между энтеротипом шимпанзе и генетикой или географией хозяина. При взятии образцов в 2000 году братья и сестры, Сэнди и Шелтон, и их мать, Воробей, обладали разными энтеротипами, и их энтеротипы изменились и все еще различались в более поздних образцах. Между тем, три шимпанзе, которые не являются членами одной семьи или одного и того же географического сообщества (Дарби, Гремлин и Крис), имели одни и те же энтеротипы в каждый из трех отобранных моментов времени. У людей диета, вероятно, является основным фактором, влияющим на энтеротип 9 хозяина.0007 2 . Поскольку доступность различных пищевых продуктов в Гомбе может колебаться в зависимости от сезона ^15,16 , диета также может влиять на наличие определенных энтеротипов шимпанзе. Однако мы не обнаружили последовательной связи между энтеротипом и сезоном, в который был взят образец хозяина. Более того, все три энтеротипа присутствовали в каждый сезон дождей, когда пища была в изобилии, а рацион шимпанзе-хозяина был наиболее однородным.

Тот факт, что одни и те же энтеротипы шимпанзе неоднократно обнаруживались в течение 8 лет отбора проб, показывает, что энтеротипы отражают экологические сообщества, воспроизводимые как внутри, так и среди хозяев. Но поскольку энтеротипы представляют подразделения в пределах непрерывного признака (то есть относительные частоты многочисленных бактериальных таксонов в хозяевах), хозяева, которые имеют один и тот же энтеротип, не обязательно должны иметь идентичные микробные сообщества. Эта вариация может скрывать различия между энтеротипами: например, Wu и др. ² предполагают, что людей можно разделить на два, а не на три энтеротипа, и в этом исследовании мы нашли поддержку как двух, так и трех энтеротипов шимпанзе (дополнительные рисунки S2 и 3).

Таким образом, мы показали, что шимпанзе обладают энтеротипами, которые по своему составу сходны с теми, которые наблюдаются в человеческих популяциях. Хотя состав энтеротипов остается стабильным, конкретный энтеротип, присущий отдельному хозяину, может меняться в течение года. Мы рассматриваем энтеротипические изменения, наблюдаемые у шимпанзе, как указание на то, что энтеротипы человека могут изменяться несколько раз в течение жизни хозяина.

Методы

Источники образцов

Распределение численности бактерий на уровне рода, присутствующих в кишечнике 33 человек из разных географических регионов (Италия, Франция, Япония и США), было получено из Arumugam et al. ¹ , предоставленный доктором Пиром Борком (EMBL Biocomputing, Гейдельберг, Германия). Распределение обилия бактерий на уровне видов в кишечнике 35 шимпанзе ( P. t. schweinfurthii ) из национального парка Гомбе было получено из Дегнана 9.0177 и др. ¹ и преобразованы в распределения на уровне рода, чтобы обеспечить прямое сравнение между наборами данных человека и шимпанзе. Мы решили сосредоточить наш анализ на единственном подвиде шимпанзе P. t. schweinfurthii , монофилетическая клада примерно того же возраста, что и люди ^8,9,10,11 , чтобы избежать смешанных эффектов чрезмерной генетической изменчивости среди хозяев.

Кластеризация распределения численности

Мы применили методы, описанные Арумугамом и др. ¹ для проверки наличия энтеротипов у шимпанзе и для сравнения энтеротипов у людей и шимпанзе. Мы применили PAM-кластеризацию к профилям относительной численности шимпанзе и человека на уровне рода, установив количество кластеров априори от двух до десяти и используя ту же метрику расстояния распределения вероятностей (то есть квадратный корень из коэффициента Дженсена-Шеннона). дивергенция), реализованная Arumugam et al. ¹

Ординация микробиот человека и шимпанзе

Чтобы оценить, обладают ли шимпанзе и люди различными по составу микробиомами, мы рассчитали попарные различия Брея-Кертиса распределения численности на уровне рода между образцами в версии QIIME 1. 4.0 (ссылка 17). Парные различия были статистически оценены с помощью односторонних t -тестов и визуализированы с помощью анализа основных координат (дополнительный рисунок S1).

Перечень энтеротипов

Чтобы определить оптимальное количество кластеров (то есть энтеротипов) в каждом наборе данных, для каждого набора кластеров, созданных с помощью кластеризации PAM, были рассчитаны индекс Калински-Харабаша (CH) и оценка силуэта. Мы выбрали для последующего анализа количество кластеров, которые максимизировали индекс CH для каждого набора данных (дополнительный рис. S2). Индекс CH для набора кластеров пропорционален отношению суммы квадратов между кластерами к сумме квадратов внутри кластеров, при этом более высокие значения CH указывают на лучшее соответствие между кластеризацией и данными ¹⁸ . Оценки силуэта также были рассчитаны для каждого набора кластеров, но не смогли провести различие между двумя и тремя кластерами (дополнительный рисунок S3).

Бактериальные факторы, влияющие на энтеротипы

Межклассовый анализ (BCA) применяли, как в Arumugam et al . ¹ с использованием пакета ade4 в R для определения родов бактерий, наиболее ответственных за наблюдаемую кластеризацию в наборе данных о шимпанзе. BCA — это форма анализа основных компонентов по отношению к инструментальной переменной ¹⁹ , что в данном случае является присвоением кластера/энтеротипа для каждого распределения численности. Учитывались только роды со средней численностью >0,01% по выборкам.

Обнаружение чрезмерно представленных родов

Мы использовали точный критерий Фишера для выявления чрезмерно представленных родов в каждом из энтеротипов шимпанзе. Как и в Arumugam et al. ¹ , мы приняли консервативный подход, рассматривая только те роды, которые были чрезмерно представлены в одном кластере. Поправка на множественное тестирование была основана на частоте ложных открытий Бенджамини-Хохберга с исправленным P -значение отсечки установлено на 0,05.

Обнаружение родов бактерий, специфичных для вида-хозяина

Arumugam et al. ¹ сгенерировали таксономические отнесения для набора данных метагенома Сэнгера, назначив чтения базе данных из 1511 бактериальных геномов, тогда как Degnan et al. ¹ сгенерировал таксономические присвоения для набора данных 16s рРНК, назначив чтения базе данных RDP, которая содержит большее количество таксонов бактерий, чем база данных, используемая Арумугамом и др. ¹ Чтобы обойти потенциально смешанные эффекты, которые это несоответствие в таксономии может иметь при идентификации родов бактерий, уникальных для каждого вида-хозяина, мы получили набор данных 16s рРНК Turnbaugh et al. ²⁰ и присвоена таксономия в соответствии с методами Degnan et al. ¹ Затем мы определили роды бактерий, уникальные для каждого вида-хозяина, сравнив таксономические отнесения Degnan et al. ¹ с данными Arumugam et al. ¹ , а также изготовленные из Turnbaugh et al.

Тестирование на стабильность энтеротипов

Продольные образцы семи шимпанзе, описанные в Degnan et al. ¹ использовали для оценки временной стабильности кишечных энтеротипов. Мы выявили энтеротипические изменения с помощью двух подходов. Во-первых, мы установили энтеротип для каждого хозяина в самой последней (т. различались между любыми двумя итерациями кластеризации PAM. Во-вторых, мы кластеризовали все образцы от всех людей одновременно в одной итерации кластеризации PAM. Два подхода к выявлению энтеротипических изменений дали идентичные результаты (рис. 2).

Дополнительная информация

Как цитировать эту статью: Moeller, A. H. et al. У шимпанзе и человека имеются сходные по составу кишечные энтеротипы. Нац. коммун. 3:1179 doi: 10.1038/ncomms2159 (2012).

Ссылки

1. Arumugam M. et al. Энтеротипы микробиома кишечника человека. Природа 473 , 174–180 (2011)

   Статья КАС Google ученый

2. Ву Г. Д. и др. Связь долгосрочных моделей питания с кишечными микробными энтеротипами. Наука 334 , 105–108 (2011)

   Статья КАС ОБЪЯВЛЕНИЯ Google ученый

3. Кордейн Л. и др. Истоки и эволюция западной диеты: последствия для здоровья в 21 веке. утра. Дж. Клин. Нутр. 2 , 341–354 (2005)

   Статья Google ученый

4. Лей Р. Э. и др. Эволюция млекопитающих и их кишечных микробов. Наука 320 , 1647–1651 (2008)

   Статья КАС ОБЪЯВЛЕНИЯ Google ученый

5. Очман Х. и др. Эволюционные отношения диких гоминидов, воспроизведенные кишечными микробными сообществами. PLoS Биол. 11 , e1000546 (2010)

   Артикул Google ученый

6. Muegge B.D. et al. Диета способствует сближению функций кишечного микробиома в филогенезе млекопитающих и у людей. Наука 332 , 970–974 (2011)

   Статья КАС ОБЪЯВЛЕНИЯ Google ученый

7. Дегнан П. Х. и др. Факторы, ответственные за диверсификацию кишечных микробных сообществ шимпанзе из национального парка Гомбе. Проц. Натл акад. науч. США 109 , 13034–13039 (2012)

   Артикул КАС ОБЪЯВЛЕНИЯ Google ученый

8. Бекке С., Паттерсон Н., Стоун А.С., Пшеворски М., Райх Д. Генетическая структура популяций шимпанзе. Генетика PLoS. 4 , e66 (2007)

   Артикул Google ученый

9. Хей Дж. Дивергенция видов и подвидов шимпанзе, выявленная в анализе изоляции нескольких популяций с миграцией. Мол. биол. Эвол. 4 , 921–933 (2010)

   Статья Google ученый

10. Бьорк А., Лю В., Вертхейм Дж. О., Хан Б. Х., Воробей М. Эволюционная история шимпанзе, выведенная из полных митохондриальных геномов. Мол. биол. Эвол. 1 , 615–623 (2011)

    Статья Google ученый

11. Тенеса А. и др. Недавний эффективный размер человеческой популяции, оцененный на основе неравновесия по сцеплению. Рез. генома. 17 , 520–526 (2007)

    Статья КАС Google ученый

12. Ye J. et al. Бактерии и гены бактериальной рРНК связаны с развитием колита у мышей IL-10-/-. Воспаление. Кишечник Дис. 8 , 1041–1050 (2008)

    Артикул Google ученый

13. Рехман А. и др. Транскрипционная активность доминирующей микробиоты слизистой оболочки кишечника у пациентов с хроническими воспалительными заболеваниями кишечника. J. Med. микробиол. 9 , 1114–1122 (2010)

    Артикул Google ученый

14. Лира А. и др. Синдром раздраженного кишечника с преобладанием диареи, различимый по количественному определению филотипа гена 16S рРНК. Мир Дж. Гастроэнтерол. 47 , 5936–5945 (2009)

    Статья Google ученый

15. Рэнгем Р. В. Пищевое поведение шимпанзе в Национальном парке Гомбе, Танзания. в Экология приматов 503–538Academic Press (1977)

16. Goodall J. The Chimpanzees of Gombe: Patterns of Behavior Belknap Press of Harvard University Press (1986)

    Capalso
17. 7 QIIME позволяет анализировать данные секвенирования с высокой пропускной способностью. Нац. Методы 7 , 335–336 (2010)

    Статья КАС Google ученый

18. Калинский Т., Харабаш Дж. Дендритный метод для кластерного анализа. Комм. Стат. Теория 1 , 1–27 (1974)

    Статья MathSciNet Google ученый

19. Доледек С., Шессель Д. Ритмы сезонов и композиций станций в водной среде I: полное описание плана наблюдений с учетом прогноза переменных. Акта. Оэкол. Оэк. Жене. 3 , 403–426 (1987)

    Google ученый

20. Turnbaugh P. J. et al. Основной микробиом кишечника у тучных и худых близнецов. Природа 457 , 480–484 (2008)

    Статья ОБЪЯВЛЕНИЯ Google ученый

Ссылки на скачивание

Благодарности

Эта работа была частично поддержана грантом GM101209 от Национального института здравоохранения для H. O. и учебный грант T32GM007499 от Национального института здравоохранения и преддокторскую стипендию №. 201 111 9472 от Национального научного фонда к A.H.M. Мы благодарим Пира Борка за предоставление распределения численности рода из микробиомов кишечника человека.

Author information

Authors and Affiliations

1. Department of Ecology and Evolutionary Biology, Yale University, New Haven, 06511, Connecticut, USA

   Andrew H. Moeller, Patrick H. Degnan & Howard Ochman

2. Department эволюционной антропологии, Университет Дьюка, Дарем, 27705, Северная Каролина, США

   Anne E. Pusey

3. Факультет антропологии Миннесотского университета, Миннеаполис, 55455, Миннесота, США

   Michael L. Wilson

4. Экологический факультет Миннесотского университета, Эволюция и Бехнесота 55108, Миннесота, США

   Майкл Л. Уилсон

5. Кафедра микробиологии, Медицинская школа Перельмана, Пенсильванский университет, Филадельфия, 19104, Пенсильвания, США

   Беатрис Х. Хан

Авторы

1. Эндрю Х. Мёллер

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

2. Патрик Х. Дегнан

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

3. Anne E. Pusey

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Академия

4. Michael L. Wilson

   Посмотреть публикации автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

5. Beatrice H. Hahn

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

6. Howard Ochman

   Просмотр публикаций автора

   Вы также можете искать этого автора в PubMed Google Scholar

Взносы

А.