Таблица ударных и безударных таблица: Ударные и безударные гласные звуки. Знакомство с орфографическим словарём — РОСТОВСКИЙ ЦЕНТР ПОМОЩИ ДЕТЯМ № 7

Содержание

Карточки по теме «Обозначение гласных звуков в ударных и безударных слогах»

Обозначение гласных звуков в ударных и безударных слогах

Карточка № 1

Вдруг хлынул дождь. Блеснула молния. Над головой затрещало. Я упал. Когда очнулся, дождь перестал. Очень болела голова. Я взял свою шапку и побежал домой. (По Л.Н. Толстому)

1. Спиши. В трёхсложных словах поставь знак ударения.

2. Подбери синонимы к слову побежал. Запиши эти слова.

Карточка № 2

За горами, за лесами, За широкими морями Не на небе, на земле, Жил старик в своём селе. (П. Ершов)

1. Приготовься это четверостишие писать по памяти: прочитай по слогам; прочитай выразительно; постарайся запомнить.

2. Запиши четверостишие по памяти. В двусложных словах поставь знак ударения.

3. Выдели безударные гласные. Вспомни правило: как ты их будешь проверять? Каким способом?

4. Запиши эти пары слов. Подчеркни орфограмму.

Карточка № 3

Серебристой бахромой на ветвях висит зимой, А весною на весу превращается в росу.

Весна красна цветами, а осень плодами.

На чужой сторонушке рад своей воронушке.

1. Найди и прочитай загадку. Отгадай ее.

2. Выпиши слова с безударной гласной, которая проверяется путём изменения формы слова. Подбери к ним проверочные слова.

3. Запиши пословицы и объясни их смысл.


 

Карточка № 4

Л_сты, сл_ды, бл_ны,п_сьмо, п_чтальон,пч_ла, пл_та, б_да, в_сло, сл_за, п_рья, хв_я.

1. Проверь безударные гласные по образцу.

Образец: лист — листы́.

2. Подчеркни безударную гласную в проверяемом и проверочном словах.

3. С 1-2 словами составь предложения и запиши их.

Карточка № 5

Кот в саду стал ловить мышей. Мыши попрятались в норки. Нора у мышей глубокая. Кот лёг около норы. Он притворился мёртвым.

1 Как бы ты озаглавил этот текст?

2. В словах, состоящих из двух слогов, подчеркни гласную, которую надо проверять при письме. Поставь в этих словах ударение.

3. Закончи текст 1-2 предложениями. Найди и подчеркни в них слова с безударной гласной, которую при письме надо проверить.

Карточка № 6

В л_су наступило утро все жители леса проснулись звонко п_ют др_зды и зяблики гудит пч_ла урчат и квакают лягушки на оз_ре

1. Какой заголовок подойдет по смыслу к данному тексту?

В лесу. Утро в лесу. Жители леса.

2. Спиши, вставляя пропущенные буквы и знаки препинания.

3. Закончи текст восклицательным предложением.

Карточка № 7

На дв_ре в_сна. Зиме к_нец. Всюду слышны г_лоса птиц. У крыльца пробилась первая тр_ва. Капельки в_ды бл_стели на травке.

1. Спиши, вставляя пропущенные безударные гласные.

2. Составь и запиши ещ несколько предложений про весну.

3. Подчеркни слова, на написание которых надо обратить внимание. Вспомни правила.


 

Карточка № 8

К___н_ре, п_кла, реки, норы, с р_сой, речка, ув_ла, росы, р_чушка, р_ка, пёк, вёл, првел_.

1. Запиши сначала проверочное слово (слова), затем проверяемое.

2. Выдели орфограмму на безударную гласную.

3. С подчеркнутыми словами составь предложение и запиши его.

Карточка № 9

На дне ущелья _________ разлилась маленьким ________. Над ущельем росла старая _______. Она вцепилась __________ в землю. На __________ было _______ орла.

1. Запиши подходящее по смыслу слова: гнздо, озером, сосне, корнями, сосна, вода.

2. Запиши текст и озаглавь его. Выдели орфограмму на безударную гласную.


 

Карточка № 10

Голубка, ерши, нора, окно, щука, плоды, столбы, дрозды.

1.Выпиши слова с безударной гласной, которые можно проверить путем изменения формы слова. Подбери к ним проверочные.

2. С подчеркнутыми словами составь предложения.

Проверка безударных гласных в корне слова

Правописание без­удар­ных глас­ных в корне сло­ва осно­вы­ва­ет­ся на том, что в без­удар­ном поло­же­нии пишет­ся та же глас­ная бук­ва, кото­рая высту­па­ет в том же сло­ге под ударением.

Чтобы про­ве­рить без­удар­ные глас­ные в корне сло­ва, под­бе­рем род­ствен­ные сло­ва или изме­ним грам­ма­ти­че­скую фор­му сло­ва, что сомни­тель­ный звук ока­зал­ся в силь­ной фоне­ти­че­ской пози­ции — под ударением.

В рус­ском язы­ке уда­ре­ние раз­но­мест­ное. Оно может падать на при­став­ку (ро́зыгрыш, на́дпись, на́бело), корень сло­ва (ве́рный, бы́стрый), суф­фикс (деревя́нный, соломе́нный, паучо́к), на окон­ча­ние (большо́й, взяла́, шести́).

Имеем в виду, что глас­ные зву­ки отчет­ли­во зву­чат и сов­па­да­ют с обо­зна­ча­ю­щи­ми их бук­ва­ми толь­ко под уда­ре­ни­ем. В слу­ча­ях, когда уда­ре­ние нахо­дит­ся на дру­гих мор­фе­мах, в корне сло­ва неяс­но слы­шит­ся глас­ный звук, кото­рый ока­зал­ся в сла­бой фоне­ти­че­ской пози­ции — без ударения.

В напи­са­нии слов с без­удар­ны­ми глас­ны­ми в корне будем учи­ты­вать, что в рус­ском язы­ке основ­ным явля­ет­ся не фоне­ти­че­ский прин­цип напи­са­ния слов (как слы­шу, так и пишу), а мор­фо­ло­ги­че­ский. Суть это­го прин­ци­па пра­во­пи­са­ния состо­ит в том, что в сло­ве сохра­ня­ет­ся еди­ное напи­са­ние мор­фем неза­ви­си­мо от их зву­ча­ния, кро­ме слу­ча­ев чере­до­ва­ния глас­ных и соглас­ных.

В без­удар­ных сло­гах пишет­ся та же глас­ная, кото­рая высту­па­ет в том же сло­ге под уда­ре­ни­ем в род­ствен­ных сло­вах или фор­мах слов.

Чтобы пра­виль­но напи­сать сло­во с без­удар­ны­ми глас­ны­ми в корне, необ­хо­ди­мо подыс­кать про­ве­роч­ное сло­во, в кото­ром уда­ре­ние про­яс­нит зву­ча­ние сомни­тель­но­го гласного.

Два способа проверки безударных гласных

Безударные глас­ные мож­но про­ве­рить уда­ре­ни­ем дву­мя способами:

1. подо­брать одно­ко­рен­ное сло­во (сло­ва)

  • о́сень — осе́нний;
  • золото́й — зо́лото, позоло́та;
  • коне́ц — ко́нчик, зако́нчить;

2. изме­нить грам­ма­ти­че­скую фор­му исход­но­го слова

  • весна́ — вёсны;
  • гроза́ — гро́зы;
  • число́ — чи́сла.

Правило написания безударных гласных в корне слова

В без­удар­ном поло­же­нии в сло­ве пишет­ся та же глас­ная бук­ва, кото­рая высту­па­ет в том же сло­ге под уда­ре­ни­ем, если изме­нить грам­ма­ти­че­скую фор­му сло­ва  или подо­брать одно­ко­рен­ное слово.

  • извиня́ться — пови́нный;
  • вы́полоть — по́лют;
  • закали́ть — зака́лка;
  • скрепя́ серд­це — кре́пкий.

Иногда в корне сло­ва име­ют­ся два без­удар­ных глас­ных, тогда при­ме­ня­ют одно­вре­мен­но оба спо­со­ба про­вер­ки без­удар­но­го гласного.

Понаблюдаем:

  • голова́ — го́ловы, голо́вка;
  • полоса́ — по́лосы, поло́ска;
  • борозда́ — бо́розды, боро́здка.

Словарные слова

Правописание мно­гих слов с без­удар­ны­ми глас­ны­ми в корне нель­зя про­ве­рить уда­ре­ни­ем, поэто­му их сле­ду­ет запомнить:

  • аро­мат
  • кон­фе­та
  • коле­со
  • сапог
  • вагон
  • ста­кан
  • соба­ка
  • баран

и пр.

Такие лек­се­мы с непро­ве­ря­е­мы­ми без­удар­ны­ми глас­ны­ми в корне назы­ва­ют­ся сло­вар­ны­ми сло­ва­ми. При затруд­не­нии в их напи­са­нии обра­ща­ем­ся к помо­щи орфо­гра­фи­че­ско­го словаря.

Примеры проверки безударных гласных

Рассмотрим, как про­ве­рить без­удар­ный глас­ный в корне сло­ва «домаш­ний».

В  этом сло­ве уда­ре­ние пада­ет на глас­ный звук в суффиксе:

Морфемный состав

дома́шний — корень/суффикс/окончание

Неясно слы­шит­ся глас­ный в корне:

дома́шний [д а м а ш н’ и й’]

Чтобы не оши­бить­ся в напи­са­нии это­го при­ла­га­тель­но­го, под­бе­рем род­ствен­ные сло­ва, что­бы сомни­тель­ный глас­ный ока­зал­ся под уда­ре­ни­ем:

дома́шний — дом, до́мик

В сло­вах «окно», «вода», «роса» без­удар­ный глас­ный в корне про­ве­рим, изме­нив фор­му суще­стви­тель­но­го един­ствен­но­го чис­ла на фор­му мно­же­ствен­но­го числа:

  • окно́ — о́кна;
  • вода́ — во́ды;
  • роса́ — ро́сы. 

Написание без­удар­ной глас­ной в корне сло­ва «нога» мож­но про­ве­рить с помо­щью одно­ко­рен­но­го сло­ва «но́жка», а так­же изме­нив грам­ма­ти­че­скую фор­му существительного:

  • нога́ — длин­ные но́ги;
  • нога́ —  мно­го ног.

Видеоурок «Правописание слов с безударным звуком в корне»

Подготовка к ЕГЭ по русскому языку и ГИА

Мы думаем, что каждый, кто сдаёт единый государственный экзамен, хочет получить за него максимальное количество баллов. С хорошими результатами будет легче поступить в любой вуз. Данный раздел поможет вам приблизиться к этой цели. Здесь есть всё необходимое для успешной подготовки. Также данный раздел нередко используется учащимися вузов и ссузов.

Проверить орфографию онлайн

Математика

  • Часть A:
  • Согласные звонкие и глухие
  • Ударение в словах
  • Паронимы. Лексическое значение слов
  • Склонение имен существительных, падежи русского языка
  • Деепричастный оборот, примеры
  • Нормы согласования и управления
  • Последовательная связь предложений в тексте
  • Сочетание слов. ЕГЭ по русскому языку
  • Грамматическая основа предложений
  • Подчинительная, сочинительная, бессоюзная связь
  • Правописание причастий, разряды местоимений, предлоги, частицы
  • Лексическое значение слов
  • Суффиксы. Приставки. Виды, примеры, правописание
  • Правописание суффиксов прилагательных, Н, НН
  • Проверочные слова, безударные гласные в корне
  • Правописание приставок
  • Правописание безударных личных окончаний глагола
  • Правописание суффиксов глаголов
  • Правописание не или ни
  • Правописание предлогов
  • Однородные члены предложения
  • Знаки препинания при обособленных согласованных определениях
  • Вводные слова в предложении
  • Знаки препинания при однородных членах
  • Знаки препинания в предложениях
  • A26
  • A27
  • Действительные и страдательные причастия
  • Микротема, основная мысль текста
  • Типы речи: описание, повествование, рассуждение
  • Синонимы к словам
  • Часть B:
  • Бессуффиксный способ словообразования
  • Определение части речи
  • Типы подчинительной связи
  • Безличные, определенно-личные, односоставные предложения
  • Обособленные приложения, обстоятельства и примеры
  • СПП с придаточными
  • Средства связи частей текста
  • Что такое эпитет метафора, сравнение
  • Часть C:
  • Сочинение ЕГЭ по русскому языку

Обществознание

За последние несколько лет тема единого государственного экзамена стала особенно актуальной. Изначально эта программа вводилась как эксперимент и уже в первые месяцы тестирования зарекомендовала себя как объективную систему тестирования выпускников. Так что же все-таки представляет из себя этот ЕГЭ?

Например, ЕГЭ по русскому языку состоит из трех частей (А, B, C). В первой части (A) 30 вопросов с одним вариантом ответа, а в части В, более сложной, чем А, всего 8 вопросов с написанием правильного ответа или выбором нескольких ответов. Каждому выпускнику одиннадцатых классов в обязательном порядке следует сдавать только 2 предмета: русский язык и математика, остальные по выбору. Допускаются к экзамену только ученики, имеющие оценки не ниже удовлетворительных, то есть без двоек в аттестате. Проверка работ производится другими преподавателями в другом районе, дабы исключить всякую возможность коррупции.

В школах многие учителя буквально наводят ужас на своих учеников, рассказывая о беспощадности ЕГЭ, в большинство ВУЗов принимают только с определенным количеством баллов, а различные организации твердят о ЕГЭ, чтобы привлечь к себе клиентов, желающих получить достойную подготовку к экзамену. Должен сказать, что квалифицированная подготовка дает свои, далеко не плохие, результаты. Но те, кто уже прошел через это «страшное» испытание, утверждают, что для учеников даже со средними оценками экзамен не должен показаться слишком уж сложным, по крайней мере невыполнимым. Нужно лишь приложить немного усилий, а именно выучить хотя бы самые важные правила, пройденные за весь учебный период, ведь если вы не ленились и хотя бы иногда открывали учебники, то что-то вы должны знать. Очень хорошо помогают различные книжки, предлагающие собственные примеры заданий, примеры их решений и дающие различные рекомендации по сдаче экзамена. Подобной литературой буквально завалены все книжные магазины, причем стоят они очень дешево. Для кого-то, естественно, и этого будет недостаточно. В таких случаях я бы рекомендовал обращаться к своим учителям, большинство из которых готовы помогать бесплатно. Я знаю, что во многих школах учителя предлагают организовывать собственные школьные подготовительные курсы за небольшую плату, а то и вовсе бесплатно.

Что же касается ГИА, то тут тоже ничего особо сложного нет, разница лишь в том, что задания в работах немного легче и сам экзамен не так важен как ЕГЭ, ведь ГИА проводится только среди девятых классов.

В заключение хотелось бы сказать, что сдать экзамен не так сложно, как пугают учителя, но нельзя преуменьшать важность и серьезность ЕГЭ, а также степень легкости экзамена, ведь, как ни крути, а на раз плюнуть никакие экзамены не даются: всё требует подготовки и старания.

3) Чтение гласной в безударном слоге

Английские гласные буквы в безударных слогах двусложных и многосложных слов читаются в одних случаях по правилам общим для всех или большинства букв, а в других — по особым, отдельным для каждой буквы правилам, часто не связанным с тем, находится ли буква безударного слога в открытом или зак­рытом положении.

а) Основные правила чтения гласных в безударном слоге

1. Буквы е, i, у, а (с последующей немой е) в безударных сло­гах читаются ([i]: delegate [‘deligit], infinitive [in’finitiv], city [‘siti].

Примечание: суффикс ate читается [it] в существительных и прилагательных, но в глаголах читается [eit]: delegate [‘deligit] — to delegate [‘deligeit].

2. Буквы i, e, о и а перед конечным сонантом I или n во мно­гих словах не читаются, и тогда конечный сонант становится сло­гообразующим.

Например: pencil [pensl], final [fainl], garden [ga:dn], lesson [lesn].

3. Буква е в предударных слогах и в послеударных слогах (если за ней в последнем случае нет конечной буквы n или I) читается как краткий гласный звук [i].

Например: believe [bi’1i:v], system [‘sistim].

4. Буквы о, u, а (без последующей немой е) читаются [ə]:

pilot [‘pailət], circus [‘sə:kəs], cinema [‘sinimə].

Примечание: иногда буква u и в неударном слоге имеет ал­фавитное чтение: institute [‘institju:t].

5. Буква о в конечном положении не редуцируется, всегда читается [ou]: potato [pə’teitou].

б) Чтение гласных букв перед ‘r‘ в безударном слоге

а) Любая гласная буква в безударном положении перед r = [ə]:

аr = [ə]: cigarette [‘sigəret],

er = [ə]: teacher [‘ti:tƒə], father [‘fa:ðə], letter [‘letə],

or = [S]: doctor [‘doktə], forget [fə’get].

б) Однако er = [ir] в предударном слоге некоторых слов, осо­бенно в приставках: derive [di’raiv].

4) Сводная таблица чтения гласных в ударных и безударных слогах

Гласная

I тип слога (открытый)

II тип слога (закрытый)

III тип слога (гласная + r)

IV тип слога (гласная + r + e)

Безударный слог

Aa

[ei]

late

[æ]

tram

[a:]

hard

[εə]

care

[ə]

a’bout

Ee

[i:]

she

[e]

egg

[ə:]

verb

[iə]

mere

[ə]‘present

[i]’darkness

Ii/Yy

[ai]

mine

fly

[i]

ill

system

[ə:]

dirty

myrtle

[aiə]

wire

lyre

[i]

‘public

‘family

Uu

[ju:]

use

[/\]

fun

[ə:]

turn

[juə]

furious

[ə]u’pon

[ju:]u’nite

Oo

[ou]

hope

[o]

clock

[o:]

sport

[o:]

shore

[ə]con’fer

[ou]po’tato

Тренировочные упражнения

1. Прочитайте следующие слова по вертикали, а затем по го­ризонтали, отрабатывая правила чтения гласных букв в различ­ных типах слога.

Aa

[ei] [æ] [a:] [εə] [ə]

name tram hard share ago

late can car rare about

lake map dark care sofa

game stand start compare above

plane plan party prepare historical

Ee

[i:] [e] [ə:] [iə] [i] [ə]

he get her here begin

she egg term mere return

we fell verb sphere ticket

be let serve material sister

week tent prefer serial present

repeat ten person period absent

Таблица 9 — Проверяйте безударные окончания прилагательных ударными

На таблице 9 даны часто смешиваемые учащимися окончания имен прилагательных мужского рода в родительном (какого?), дательном (какому?), творительном (каким?) и предложном (о каком?) падежах.

Таблица преследует цель познакомить учащихся еще с одним способом определения безударных падежных окончаний прилагательных: сопоставление безударных окончаний с ударными. Учащиеся уже знакомы с одним из приемов определения безударных окончаний прилагательных: сопоставление окончаний прилагательных с окончаниями в падежных вопросах. На данной таблице представлен и этот прием. Тем не менее главное внимание уделено здесь сопоставлению безударных окончаний с ударными в родительном, дательном, творительном и предложном падежах.

Учащиеся читают заглавие таблицы, вопросы, данные на таблице слева. Под руководством учителя дети устанавливают, с какими падежами они будут иметь дело при работе с таблицей (родительным, дательным, творительным и предложным падежами).

Кроме того, дети устанавливают, какого рода прилагательные представлены на таблице. Последнее учащиеся смогут определить также по вопросам, которые даны в левой стороне таблицы.

Учащиеся под руководством учителя читают словосочетания (прилагательные и существительные): старого зимнего леса; устанавливают, что у прилагательных безударные окончания. Затем учащиеся читают первое словосочетание, данное в правой части таблицы: густого молодого леса. Дети устанавливают, что у прилагательных густого, молодого — окончания ударные. Учитель говорит детям, что безударные окончания прилагательных можно определить по ударным окончаниям, принимая последние как бы за образец (старого зимнего леса, как густого молодого леса).

Учитель обращает внимание учащихся на падеж, в котором употреблены прилагательные старого, зимнего, густого, молодого. Под руководством учителя учащиеся устанавливают по падежному вопросу и окончанию существительного лес, что указанные прилагательные в родительном падеже. Подобным же образом под руководством учителя устанавливаются окончания прилагательных в дательном падеже. Учащиеся анализируют прилагательные, данные в левой части таблицы (старому зимнему лесу), отмечают, что у прилагательных безударные окончания; затем читают соответствующие прилагательные в правой части таблицы, отмечают, что окончания прилагательных густому молодому (лесу) — ударные. Сравнивая между собой безударные и ударные окончания прилагательных в дательном падеже, ученики убеждаются в том, что они пишутся единообразно. Учащиеся делают вывод, что безударные окончания прилагательных пишутся так же, как и ударные. Анализ безударных и ударных окончаний прилагательных в творительном и предложном падежах учащиеся смогут провести уже с большей самостоятельностью.

Целесообразно дать учащимся задания подобрать свои примеры прилагательных мужского рода в родительном, дательном, творительном, предложном падежах, определить правописание их окончаний, пользуясь подстановкой прилагательных с ударными окончаниями (густого, молодого, густым, молодым, о густом, молодом и т. д.).

Желательно, чтобы данная таблица висела в классе в течение того отрезка учебного времени, когда идет изучение правописания падежных окончаний имен прилагательных. Чем чаще учитель будет давать учащимся задания, требующие от них сопоставления безударных окончаний прилагательных с ударными, тем скорее дети запомнят как образцы (эталоны) данные на таблице прилагательные с ударными окончаниями (густого, молодого, густому, молодому; о густом, молодом). Это, несомненно, будет способствовать привитию учащимся навыков правописания.


← Таблица 8 — Различай окончания прилагательных -ым, -им и -ом, -ем   Таблица 10 — Предлоги перед местоимениями →

Еще по данной теме::


Ударные и безударные гласные звуки

1. Русский язык 1 класс

Ударные и безударные гласные
звуки. Знакомство с памяткой
«Как определить в слове
ударные и безударные гласные
звуки». Наблюдение над
обозначением гласных звуков
буквами в ударных и
безударных слогах
3
Повторение правил (стр. 10 – 14, 18,21.27-28,39)
Утро доброе, друзья!
Хотела бы узнать у вас я,
Что означают слова речь,
Текст, предложенье, диалог.
Давай подготовимся к письму и
сделаем разминку для пальчиков
Открой домашнюю тетрадку по
письму и сядь правильно
Запиши:
28 апреля
Дистанционная работа
А сейчас минутка Чистописания.
Вспомни характеристику этих букв и записи по образцу.
а о и
е
я ё
Весна. Тёплый денёк. Весело кричат грачи. Журчат
ручейки.
— Подчеркни все гласные буквы
Повтори те слова, которые есть у нас уже в словарике.
Диктант
(спиши, вставь нужные буквы, подели на слоги)
Д…ревня, ж….раф, ч…ща, в..робей,
уч…тель, с…бака, п…нал, к…рандаш,
в…село.
Страница 63
Упражнение 1
10
Открой с.63
Найди упражнение 1.
Прочти стихотворение. Как
можно назвать
стихотворение?
Спиши первое предложение,
ставь ударение. Вспомни,
когда оно не ставится?
Открой с.134 Найди
Памятку 2. Прочти её.
Пользуясь памяткой,
объясни, какой гласный в
слове ударный, а какойбезударный (Упр.2)
Прочти и запомни правило
на с.63
Открой с.64
Найди упражнение 3.
Прочти скороговорку.
Спиши её. Произнеси
безударный гласный в
каждом слове. Какими
буквами он
обозначается?
Безударный гласный может обозначаться
разными буквами.
Посмотри. Поэтому слова
с безударными
гласными- нужно
проверять. Как?
Сегодня научимся.

16. Выучи ПРАВИЛО

Если буква гласная
вызвала сомнение,
Ты её немедленно ставь
под ударение. (один-много)
Чтобы безударный гласный
звук стал ударным.
16
Произнеси слово. Какой звук
слышится в начале слова? (а) А
какую гласную следует писать?
Давай проверим. Поставь слово
так, чтобы ударение падало на 1
слог. Одна сова, а много —
Совы – с . ва
Какая гласная стала под ударением? (о) Значит
какую гласную следует писать? (О) Вот мы и
применили правило. Запиши в тетрадь.
(Упражнение 4)
Открой с.65
Прочти правило. Ещё раз
расскажи стишок-правило.
Найди упражнение 5.
Прочти слова так, как они
записаны.
А теперь так- как мы
говорим. Ответь на
вопросы. Подбери к словам
–проверочные. (устно)
Прочти предложение. Подумай, какую гласную
нужно вставить? Для этого поставь слово так,
чтобы на нужную букву падало ударение
На тр .ве сверкают
капли р .сы.
Прочти предложение. Подумай, какую
гласную нужно вставить? Для этого
поставь слово так, чтобы на нужную
букву падало ударение
Прочти предложение. Подумай, какую гласную
нужно вставить? Для этого поставь слово так,
чтобы на нужную букву падало ударение
Прочти предложение. Подумай, какую гласную
нужно вставить? Для этого поставь слово так,
чтобы на нужную букву падало ударение
Прочти слова. Помоги вставить нужную букву,
применяя правило
О или а?
и или е?
к . за
гл . за
гн . здо
ч . сло
Проверь. Запиши слова парами: коза- козы.
О или а?
и или е?
к . за
гл . за
гн . здо
ч . сло
Проверяемое слово – это слово, в
котором надо проверить написание
буквы, обозначающей безударный
гласный звук. (сова, земля)
Проверочное слово – это слово, в
котором проверяемая буква
обозначает ударный гласный звук
(совы, земли).
Мы ногами топ-топ,
Мы руками хлоп-хлоп,
А потом прыг-скок
А потом вприсядку,
И опять вприсядку,
Побежим мы по дорожке
Раз, два, три!
И похлопаем в ладошки
Раз, два, три!
И покрутим головами
Раз, два, три!
Все танцуйте вместе с нами
Раз, два, три!
Открой с.66
Найди упражнение 6.
Выполни задание.
Напиши сова по образцу.
(дужку рисуй карандашом)
Найди упражнение 7.
Почему эти слова нужно
проверить? Подбери
проверочные слова.
Вспомни как это делать?
(поставить под ударение:
один-много)
Запиши сначала
проверочное слово, потом
проверяемое
Открой с.67
Найди упражнение 8.
Выполни задание.
Напиши три пары слов,
вставляя буквы. Составь с
любом словом
предложение.
Найди упражнение 9.
Подбери проверочное
слово, применяя правило.
Запиши проверочные и
проверяемые слова.
(плиты — плита)
Проверь, так ли ты
сделал?

31. Учебник, с. 66, упр. 9

ПРОВЕРОЧНЫЕ
СЛОВА
плиты
письма
шар
реки
игры
пятна
росы
море








ПРОВЕРЯЕМЫЕ
СЛОВА
плита
письмо
шары
река
игра
пятно
роса
моря
Открой с.67
Найди упражнение 10. Выполни задание.
Напиши сначала проверочное слово а потом
проверяемое, ставь ударение ( зёрна — зерно)
Прочти слова. Помоги вставить нужную букву,
применяя правило (УСТНО)

35. Ответь на вопросы

Что такое ударный гласный?
Что такое безударный гласный?
Что нужно делать со словами с
непроизносимыми гласными?
(проверять)
Как проверить? Расскажи правило
Что такое проверяемое слово?
Что такое проверочное слово?
Благодарю за работу!
Интерактивный тренажёр
1 класс
е
и
зе. м л я
е
и
п и. с ь м о
е
и
г н е. з д о
е
и
ч и. с л о
е
и
з е. р н о
е
и
г р и. б ы
е
и
з в е. з д а
е
и
с т е. н а
е
и
з и. м а
е
и
с е. с т р а
е
и
р е. к а
е
и
п и. л а

Стихотворные размеры в таблице с примерами

Стихотворные размеры – головная боль не только абитуриентов филфака, изучающих теорию литературы, но даже некоторых литераторов. Поэтический арсенал русских поэтов насчитывает пять активно использующихся стихотворных размеров: хорей, ямб, дактиль, амфибрахий, анапест.  Есть и другие, например, спондей. Что это такое? И чем одни отличаются от других?

Стихотворный размер – способ звуковой организации стиха, ритмическая форма стихотворения.

Если же давать определение простым языком, то стихотворный размер – это чередование безударных и ударных слогов в стихе.  Самый простой способ, позволяющий научиться определять стихотворный размер – запомнить ритмический рисунок каждого размера.
Стопа – единица измерения стихотворного размера.
Состоит стопа из нескольких слогов, только один из которых ударный, остальные – безударные. Количество ударных слогов в стихе соответствует количеству стоп (за исключением такого размера, как спондей, в котором могут соседствовать два ударных слога).
Двухсложные стопы: хорей и ямб – это двухсложные размеры или, как их панибратски называют литературоведы, двухсложники.
Трёхсложные стопы: дактиль, амфибрахий, анапест – это трехсложные размеры или сокращенно трёхсложники.

Учимся расставлять ударения и определять размер стиха

Чтобы научиться определять размер любого стихотворения, нужно подсчитать количество ударных и безударных слогов и составить ритмический рисунок стиха.
Всем известно, что в одном слове – одно ударение. Но в стихотворной строке в одном слове может быть несколько ритмических ударений. Например, в четверостишье «Мчатся тучи, вьются тучи/ Невидимкою луна/Освещает снег летучий/Мутно небо, ночь мутна» ударные гласные выделены жирным. Это так называемое словесное ударение, то есть «родное», привычное ударение слова. Но если читать этот текст, как считалку, интонационно выделяя каждый слог, то окажется, что здесь несколько ритмических ударений:
«Мчатся тучи, вьются тучи» – здесь словесное ударение соответствует его ритмическому ударению.
«Невидимкой луна» – а вот здесь интереснее, поскольку в слове «невидимкою» к родному словесному ударению на вторую «и» в слоге «дим» прибавляется ритмическое ударение на «е» в слоге «не» и конечную «ю». В слове «луна» словесное и ритмическое ударение одинаковы.
«Освещает снег летучий» – здесь тоже можно наблюдать возникновение ритмического ударение в неожиданном месте: первый слог «о» в слове «освещает» при чтении строки на манер считалки акустически выделяется.
«Мутно небо, ночь мутна» – в этой строке словесное и ритмическое ударение соответствуют друг другу.

Чтобы составить ритмический рисунок (схему) стиха, нужно:


  1. Расставить словесные ударения в каждой строке, то есть родные ударения во всех словах (за исключением предлогов).
  2. Расставить ритмические ударения, то есть выделить те гласные, которые при прочтении акустически выделяются и тоже звучат как ударные. При расстановке ритмического ударения учитываются и предлоги.
  3. Составить схему. Схема нашего четверостишься «Мчатся тучи, вьются тучи…» будет выглядеть так: _U|_U|_U|_U, так как ударный слог обозначают нижним подчеркиванием  _ , а безударный кавычкой U. Отделяют стопы друг от друга прямой вертикальной чертой |.

 Не литературоведческий метод определять размер стихотворения


  1. Пронумеровать все слоги в строке.
  2. Прочитать стихотворение на манер считалки, акустически выделяя не только слоги со словесным, но и с ритмическим ударением.
  3. Выделить, то есть подчеркнуть или любым другим способом обозначить все обнаруженные ударные слоги: и со словесным ударением, и с ритмическим.
  4. Выписать подряд номера ударных слогов.
  5. Должна получиться одна из схем, которая будет соответствовать одному из стихотворных размеров:

  • 1-3-5-7-9  — хорей
  • 2-4-6-8-10 и т.д. — ямб
  • 1-4-7-10 и т.д. — дактиль
  • 2-5-8-11 — амфибрахий
  • 3-6-9-12 — анапест

Таблица «Двухсложные стихотворные размеры»

То есть стихотворная стопа такого размера будет стоять из двух слогов

Названия

Хорей

Ямб

Определение

двусложный размер с ударением на первом слоге.
То есть первый слог – ударный,
второй – безударный (это одна стопа).
Далее (начинается 2 стопа) рисунок повторяется:
третий слог – ударный, четвертый – безударный (это вторая стопа).
И опять: пятый (если он есть) ударный, шестой – безударный (третья стопа) и т.д.
двусложный размер с ударением на втором слоге.
То есть в ямбе наоборот – первый слог безударный, а второй ударный.
Далее (вторая стопа) третий слог вновь безударный, а четвертый ударный и т.д.

Номер ударных слогов

1-3-5-7-9 и т.д.

2-4-6-8-10 и т.д.

Ритмический рисунок

‑ U |‑ U |‑ U |‑ U |

 

U ‑ | U ‑  | U ‑  | U ‑ |

Примеры

Бу́ря мгло́ю не́бо кро́ет,
Ви́хри сне́жные крутя́;
То, как зве́рь, она́ заво́ет,
То запла́чет, как дитя́…
(А.С. Пушкин)

Мой дядя самых честных правил,
Когда не в шутку занемог,
Он уважать себя заставил
И лучше выдумать не мог.
(А.С. Пушкин)

 

Таблица «Трехсложные стихотворные размеры»

То есть стихотворная стопа такого размера будет состоять из трех слогов.

Названия

Дактиль

Амфибрахий

Анапест

Определение

трёхсложный размер с ударением на первом слоге.
То есть в дактиле первый слог ударный, второй и третий безударный;
далее (вторая стопа) – ударный четвертый, пятый и шестой слоги – безударные.  

Трёхсложный размер с ударением на втором слоге, первый и третий слоги в стопе – безударные.
Далее (вторая стопа): четвертый – безударный, пятый – ударный, шестой – безударный 

Трёхсложный размер с ударением на последнем, третьем  слоге,
а первый  и второй слоги – безударные.    

Номер ударных слогов

1-4-7-10 и т.д.

2-5-8-11  и т.д.

3-6-9-12 и т.д.

Ритмический рисунок

‑ UU | ‑ UU |  

‑ U‑ | ‑ U ‑ |

‑ UU | ‑ UU|

Примеры

В рабстве спасённое
Сердце свободное —
Золото, золото
Сердце народное!
(Н.А. Некрасов)

 

На севере диком стоит одиноко
На голой вершине сосна
И дремлет, качаясь, и снегом сыпучим
Одета, как ризой, она.
(М.Ю. Лермонтов)

 

Есть в напевах твоих сокровенных          
Роковая о гибели весть.
Есть проклятье заветов священных,
Поругание счастия есть.
(А. Блок)

 

 

Стихотворный размер «Спондей»

Спондей — стопа ямба или хорея со сверхсхемным ударением. Как правило, в таких стихах ритм несколько сбит, нарушен ритмический рисунок стиха. Как результат, в стопе может быть два ударения подряд, то есть два ударных слога могут стоять рядом друг с другом.

Пример:

Швед, русский — колет, рубит, режет – здесь ударный «Швед» соседствует с «русским», первый слог которого также стоит под ударением.
Бой барабанный, клики, скрежет,
Гром пушек, топот, ржанье, стон, —
И смерть, и ад со всех сторон.
(А.С. Пушкин)

Классический пример — начало «Евгения Онегина» А.Пушкина:
«Мой дядя самых честных правил…»
Здесь в первой ямбической стопе первый слог также кажется ударным, как в хорее. То есть соседствуют ударный «Мой» и «дядя». Это соседство двух ударных слогов и есть спондей.

Если определяя размер стихотворения, то есть расставляя словесные и ритмические ударения, вы сталкиваетесь со спондеем, но вся остальная схема говорит о том, что текст написан ямбом (как, например, в случае с «Евгением Онегиным»), значит ямб и есть размер этого фрагмента.

P.S. Если вы хотите поделиться своими соображениями, наблюдениями и всем-всем-всем, что так или иначе связано с определением стихотворных размеров и работой с ними, оставляйте комментарии.

Таблица сравнения шоков — Сравнительная таблица типов шока Гиповолемический Кардиогенный Нейрогенный

Сравнительная таблица типов шока

Гиповолемический Кардиогенный Нейрогенный Анафилактический Септический

Патофизиология Этот тип шока

вызван потерей

.

(Nall, 2018)

Вызвана недостаточностью

правого,

левого или обоих

желудочков.

Приводит к

недостаточной

оксигенации

тканей из-за

слабой перекачки

сердца.

(Кардиогенный шок

2017)

Это связано с

угнетением или

отсутствием тонуса

симпатической

нервной системы.

(Ignatavicius et al.,

2016)

Это

реакция гиперчувствительности

, вызванная антигеном

и антителом

. (Ignatavicius

et al., 2016)

Септический шок является

системной реакцией на

инфекцию.Часто

связаны с дисфункцией одного

или нескольких органов

.

(IGNATAVICIUS et al.,

2016)

2016)

заставляет причины:

травма, дегидратация,

Потеря внутриваскулярных

Объем, анафилактический

Скидка, септический шок,

нейрогенного шока,

тяжелый Burns,

(NOAL, 2018)

, вызванные: SEVERE

MITRAL

Regurgitation,

Cardiac

Тампонада,

желудочковый сектор

Разрыв, MI

(кардиогенный удар

2017)

что

прерывает импульс

к гипоталамусу

.

Часто наблюдается при

травмах спинного мозга

до Т6 и выше.

(Ignatavicius et al.,

2016)

Вследствие попытки организма

разрушить

специфический антиген после

организм вырабатывает

антитела против него.

(Ignatavicius et al.,

2016)

Может быть вызвано

грамотрицательными

бактериями или

инфекционными организмами

, вызывающими ДВС-синдром,

2016)

2016)

Знаки / Симптомы Vasocnonstriction,

Уменьшение мочи

Вывод, изменения в

против, задержка CAP

пополнение, увеличение RR,

и HR, изменение в

психическое состояние и

Слабый пульс

импульс, тахикардия,

дисритмии,

звуки, усталость,

JVD, асцита,

JVD, асцит,

,

гипотермия,

Брэдикардия,

Гипотензия,

Флаксидный паралич

ниже спинного мозга

повреждение спинного мозга,

снижение сердечной деятельности

повышение капиллярной проницаемости

проницаемость,

воспаление,

бронхоконстрикция,

зуд, боль, тепло 90,

2016)

2016 г.)

Увеличение WBC

Количество и

Температура или подъем

в C-реактивном белке

белок

(IGNATAVICIUS et al.,

2016)

Текущее использование васопрессоров в септическом шоке | Annals of Intensive Care

  • Sakr Y, Reinhart K, Vincent JL, Sprung CL, Moreno R, Ranieri VM, De Backer D, Payen D. Влияет ли введение допамина при шоке на исход? Результаты исследования возникновения сепсиса у остробольных пациентов (SOAP).Крит Уход Мед. 2006;34(3):589–97.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Чеккони М., Де Бакер Д., Антонелли М., Бил Р., Баккер Дж., Хофер С., Яшке Р., Мебазаа А., Пинский М.Р., Тебул Дж.Л. и др. Консенсус по циркуляторному шоку и гемодинамическому мониторингу. Целевая группа Европейского общества интенсивной терапии. Интенсивная терапия Мед. 2014;40(12):1795–815.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Винсент Дж. Л., Де Бакер Д.Циркуляторный шок. N Engl J Med. 2013;369(18):1726–34.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Вейл М.Х. Личный комментарий по диагностике и лечению шоковых состояний кровообращения. Curr Opin Crit Care. 2004;10(4):246–9.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Hiemstra B, Eck RJ, Keus F, van der Horst ICC. Клиническое обследование для диагностики циркуляторного шока.Curr Opin Crit Care. 2017;23(4):293–301.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Де Бакер Д., Бистон П., Девриндт Дж., Мадл С., Чокрад Д., Альдекоа С., Брассер А., Дефранс П., Готтиньи П., Винсент Дж.Л. Сравнение дофамина и норадреналина при лечении шока. N Engl J Med. 2010;362(9):779–89.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Деллинджер Р.П., Леви М.М., Родс А., Аннан Д., Герлах Х., Опал С.М., Севранский Дж.Е., Спрунг С.Л., Дуглас И.С., Яшке Р. и др.Кампания по выживанию при сепсисе: международные рекомендации по лечению тяжелого сепсиса и септического шока, 2012 г. Intensive Care Med. 2013;39(2):165–228.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Родс А., Эванс Л.Э., Альхаззани В., Леви М.М., Антонелли М., Феррер Р., Кумар А., Севрански Дж.Е., Спрунг К.Л., Наннелли М.Е. и др. Кампания по выживанию при сепсисе: международные рекомендации по лечению сепсиса и септического шока — 2016 г.Интенсивная терапия Мед. 2017;43(3):304–77.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Леви М.М., Эванс Л.Е., Родс А. Комплект кампании «Выживание при сепсисе»: обновление 2018 г. Интенсивная терапия Мед. 2018;44(6):925–8.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Асфар П., Тебул Дж. Л., Радермахер П. Целевое высокое артериальное давление в сравнении с низким при септическом шоке.N Engl J Med. 2014;371(3):283–4.

    КАС пабмед Google ученый

  • Lamontagne F, Day AG, Meade MO, Cook DJ, Guyatt GH, Hylands M, Radermacher P, Chretien JM, Beaudoin N, Hebert P, et al. Объединенный анализ более высоких и более низких целей артериального давления для вазопрессорной терапии септического и вазодилататорного шока. Интенсивная терапия Мед. 2018;44(1):12–21.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Hamzaoui O, Scheeren TWL, Teboul JL.Норадреналин при септическом шоке: когда и сколько? Curr Opin Crit Care. 2017;23(4):342–7.

    ПабМед Статья Google ученый

  • McIntyre WF, Um KJ, Alhazzani W, Lengyel AP, Hajjar L, Gordon AC, Lamontagne F, Healey JS, Whitlock RP, Belley-Cote EP. Ассоциация вазопрессина плюс катехоламиновые вазопрессоры по сравнению с монотерапией катехоламинами с фибрилляцией предсердий у пациентов с дистрибутивным шоком: систематический обзор и метаанализ.ДЖАМА. 2018;319(18):1889–900.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Lesur O, Delile E, Asfar P, Radermacher P. Гемодинамическая поддержка на ранней стадии септического шока: обзор проблем и оставшихся без ответа вопросов. Энн Интенсивная терапия. 2018;8(1):102.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Сингер М., Дойчман К.С., Сеймур К.В., Шанкар-Хари М., Аннан Д., Бауэр М., Белломо Р., Бернард Г.Р., Чиче Д.Д., Куперсмит К.М. и др.Третье международное консенсусное определение сепсиса и септического шока (Сепсис-3). ДЖАМА. 2016;315(8):801–10.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Чеккони М., Эванс Л., Леви М., Родс А. Сепсис и септический шок. Ланцет. 2018;392(10141):75–87.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Лэмбден С., Криг-Браун Б.К., Хант Дж., Саммерс С., Форни Л.Г.Определения и патофизиология вазоплегического шока. Критический уход. 2018;22(1):174.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Эйзенбах Г. Повышение качества веб-опросов: Контрольный список для отчетности о результатах интернет-опросов (CHERRIES). J Med Internet Res. 2004;6(3):e34.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Фитч К., Бернштейн С.Дж., Агилар М.Д., Бернанд Б., ЛаКалле Дж.Р., Лазаро П., Ван Хет Лу М., Макдоннелл Дж., Вейдер Дж.П., Кахан Дж.П.Руководство пользователя метода соответствия RAND/UCLA. РЭНД Корпорация; 2001.

  • Дженцер Дж. К., Валлабхайосюла С., Ханна А. К., Чавла Л. С., Буссе Л. В., Кашани К. Б. Лечение рефрактерного вазодилататорного шока. Грудь. 2018;154(2):416–26.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Венкатеш Б., Финфер С., Коэн Дж., Раджбхандари Д., Араби Й., Белломо Р., Биллот Л., Корреа М., Гласс П., Харвард М. и др. Дополнительная глюкокортикоидная терапия у больных с септическим шоком.N Engl J Med. 2018;378(9):797–808.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Аннан Д., Рено А., Брун-Бюиссон С., Мегарбейн Б., Кено Д.П., Сиами С., Кариу А., Форсвилль Х., Швебель С., Мартин С. и др. Гидрокортизон плюс флудрокортизон для взрослых с септическим шоком. N Engl J Med. 2018;378(9):809–18.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Всемирный банк: страны Всемирного банка и кредитные группы.https://datahelpdesk.worldbank.org/knowledgebase/articles/

    9-world-bank-country-and-lending-groups. По состоянию на 18 января 2019 г.

  • Асфар П., Мезиани Ф., Хамель Дж. Ф., Грелон Ф., Мегарбейн Б., Ангуэль Н., Мира Дж. П., Декуин П. Ф., Герго С., Вайс Н. и др. Целевое высокое артериальное давление по сравнению с низким у пациентов с септическим шоком. N Engl J Med. 2014;370(17):1583–93.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Lamontagne F, Meade MO, Hebert PC, Asfar P, Lauzier F, Seely AJE, Day AG, Mehta S, Muscedere J, Bagshaw SM, et al.Целевые значения более высокого и более низкого артериального давления для вазопрессорной терапии при шоке: многоцентровое пилотное рандомизированное контролируемое исследование. Интенсивная терапия Мед. 2016;42(4):542–50.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Махешвари К., Натансон Б.Х., Мансон С.Х., Хангулов В., Стивенс М., Бадани Х., Кханна А.К., Сесслер Д.И. Взаимосвязь между гипотензией в отделении интенсивной терапии и госпитальной смертностью и заболеваемостью у пациентов с сепсисом. Интенсивная терапия Мед.2018;44:857–67.

    Центральный пабмед Статья Google ученый

  • Чеккони М., Хофер С., Тебул Дж.Л., Петтила В., Уилкман Э., Молнар З., Делла Рокка Г., Альдекоа С., Артигас А., Джог С. и др. Проблемы с жидкостью в интенсивной терапии: исследование FENICE: глобальное начальное когортное исследование. Интенсивная терапия Мед. 2015;41(9):1529–37.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Funcke S, Sander M, Goepfert MS, Groesdonk H, Heringlake M, Hirsch J, Kluge S, Krenn C, Maggiorini M, Meybohm P, et al.Практика гемодинамического мониторинга и управления в немецких, австрийских и швейцарских отделениях интенсивной терапии: многоцентровое перекрестное исследование ICU-CardioMan. Энн Интенсивная терапия. 2016;6(1):49.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Le Dorze M, Huche F, Coelembier C, Rabuel C, Payen D. Влияние увеличения сердечного выброса от водной нагрузки на взаимосвязь между системной и церебральной гемодинамикой при тяжелом сепсисе по сравнению с травмой головного мозга и контрольной группой.Энн Интенсивная терапия. 2018;8(1):74.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Lamontagne F, Cook DJ, Meade MO, Seely A, Day AG, Charbonney E, Serri K, Skrobik Y, Hebert P, St-Arnaud C, et al. Использование вазопрессоров при тяжелой гипотензии: многоцентровое проспективное обсервационное исследование. ПЛОС ОДИН. 2017;12(1):e0167840.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Hernandez G, Cavalcanti AB, Ospina-Tascon G, Zampieri FG, Dubin A, Hurtado FJ, Friedman G, Castro R, Alegria L, Cecconi M, et al.Ранняя целенаправленная терапия с использованием целостного физиологического подхода: ANDROMEDA-SHOCK — рандомизированное контролируемое исследование. Энн Интенсивная терапия. 2018;8(1):52.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Коллинд М., Викбом Ф., Уилкман Э., Снэкстранд М.С., Холмен А., Олднер А., Пернер А., Анеман А., Чу М.С. Скандинавские испытания интенсивной терапии G: шоковая терапия в когорте скандинавских отделений интенсивной терапии в 2014 г. Acta Anaesthesiol Scand.2016;60(7):945–57.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Lamontagne F, Cook DJ, Adhikari NKJ, Briel M, Duffett M, Kho ME, Burns KEA, Guyatt G, Turgeon AF, Zhou Q, et al. Администрация вазопрессоров и сепсис: обзор канадских реаниматологов. J Крит Уход. 2011;26(5):532e531–7.

    Артикул Google ученый

  • Олднер А., Росси П., Карасон С., Анеман А.Скандинавские испытания интенсивной терапии G: обзор практики вазопрессорной и инотропной лекарственной терапии в скандинавских отделениях интенсивной терапии. Acta Anaesthesiol Scand. 2003;47(6):693–701.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Де Бакер Д., Альдекоа С., Нджими Х., Винсент Дж.Л. Дофамин против норадреналина в лечении септического шока: метаанализ. Крит Уход Мед. 2012;40(3):725–30.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Авни Т., Ладор А., Лев С., Лейбович Л., Пол М., Гроссман А.Вазопрессоры для лечения септического шока: систематический обзор и метаанализ. ПЛОС ОДИН. 2015;10(8):e0129305.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Хиемстра Б., Костер Г., Веттерслев Дж., Глууд С., Якобсен Дж.С., Шерен Т.В.Л., Кеус Ф., ван дер Хорст ICC. Дофамин у пациентов в критическом состоянии с сердечной дисфункцией: систематический обзор с метаанализом и последовательным анализом испытаний. Acta Anaesthesiol Scand.2018. https://doi.org/10.1111/aas.13294.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Vail E, Gershengorn HB, Hua M, Walkey AJ, Rubenfeld G, Wunsch H. Связь между нехваткой норадреналина в США и смертностью среди пациентов с септическим шоком. ДЖАМА. 2017;317(14):1433–42.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Донохью Дж. М., Ангус, округ Колумбия. Национальная нехватка непатентованных стерильных инъекционных препаратов: норадреналин как пример потенциального вреда.ДЖАМА. 2017;317(14):1415–7.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Gordon AC, Mason AJ, Thirunavukkarasu N, Perkins GD, Cecconi M, Cepkova M, Pogson DG, Aya HD, Anjum A, Frazier GJ, et al. Влияние раннего вазопрессина по сравнению с норэпинефрином на почечную недостаточность у пациентов с септическим шоком: рандомизированное клиническое исследование VANISH. ДЖАМА. 2016;316(5):509–18.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Liu ZM, Chen J, Kou Q, Lin Q, Huang X, Tang Z, Kang Y, Li K, Zhou L, Song Q и др.Терлипрессин в сравнении с норэпинефрином в виде инфузии у пациентов с септическим шоком: многоцентровое рандомизированное двойное слепое исследование. Интенсивная терапия Мед. 2018;44(11):1816–25.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Khanna A, English SW, Wang XS, Ham K, Tumlin J, Szerlip H, Busse LW, Altaweel L, Albertson TE, Mackey C, et al. Ангиотензин II для лечения вазодилататорного шока. N Engl J Med. 2017;377(5):419–30.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Тумлин Дж.А., Муруган Р., Дин А.М., Остерманн М., Буссе Л.В., Хэм К.Р., Кашани К., Шерлип Х.М., Проул Дж.Р., Бихорак А. и др.Исходы у пациентов с вазодилататорным шоком и заместительной почечной терапией, получавших внутривенное введение ангиотензина II. Крит Уход Мед. 2018;46(6):949–57.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Эрнандес Г., Тебул Дж.Л. Гемодинамические рекомендации Четвертой кампании по борьбе с сепсисом: шаг вперед или возврат к хаосу? Критический уход. 2017;21(1):133.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Уди А.А., Финнис М., Джонс Д., Делани А., Макдональд С., Белломо Р., Пик С., ARISE Investigators.Заболеваемость, характеристики пациентов, способ доставки лекарств и исходы у пациентов с септическим шоком, получавших вазопрессоры в ходе исследования. Шок. 2018. https://doi.org/10.1097/SHK.0000000000001281.

    Артикул Google ученый

  • Бек В., Шато Д., Брайсон Г.Л., Писипати А., Занотти С., Паррильо Дж. Э., Кумар А., Исследовательская группа базы данных совместной антимикробной терапии септического шока. Время начала действия вазопрессоров и смертность при септическом шоке: когортное исследование.Критический уход. 2014;18(3):R97.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Bai X, Yu W, Ji W, Lin Z, Tan S, Duan K, Dong Y, Xu L, Li N. Раннее и отсроченное введение норадреналина у пациентов с септическим шоком. Критический уход. 2014;18(5):532.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Хамзауи О., Джорджер Дж. Ф., Монне Х., Ксури Х., Майзел Дж., Ричард С., Тебул Дж. Л.Раннее введение норадреналина увеличивает сердечную преднагрузку и сердечный выброс у септических пациентов с опасной для жизни гипотензией. Критический уход. 2010;14(4):R142.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Джорджер Дж.Ф., Хамзауи О., Чаари А., Майзел Дж., Ричард С., Тебул Дж.Л. Восстановление артериального давления с помощью норадреналина улучшает оксигенацию мышечной ткани, что оценивается с помощью спектроскопии в ближней инфракрасной области у пациентов с тяжелой гипотензией и сепсисом.Интенсивная терапия Мед. 2010;36(11):1882–189.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Rachoin JS, Dellinger RP. Время введения норадреналина у пациентов с сепсисом: НЕ слишком поздно. Критический уход. 2014;18(6):691.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Вехтер Дж., Кумар А., Лапински С.Е., Маршалл Дж., Додек П., Араби Й., Паррильо Дж.Е., Деллинджер Р.П., Гарланд А., Исследовательская группа базы данных совместной антимикробной терапии септического шока.Взаимодействие между жидкостями и вазоактивными агентами на смертность при септическом шоке: многоцентровое обсервационное исследование. Крит Уход Мед. 2014;42(10):2158–68.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Dünser MW, Ruokonen E, Pettila V, Ulmer H, Torgersen C, Schmittinger CA, Jakob S, Takala J. Связь артериального давления и вазопрессорной нагрузки со смертностью от септического шока: апостериорный анализ многоцентрового исследования.Критический уход. 2009;13(6):R181.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Martin C, Medam S, Antonini F, Alingrin J, Haddam M, Hammad E, Meyssignac B, Vigne C, Zielesskiewicz L, Leone M. Норадреналин: не слишком много, слишком долго. Шок. 2015;44(4):305–9.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Тебул Дж.Л., Дюранто Дж., Рассел Дж.А.Интенсивная терапия в 2050 году: вазопрессоры при сепсисе. Интенсивная терапия Мед. 2018;44(7):1130–2.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Volbeda M, Wetterslev J, Gluud C, Zijlstra JG, van der Horst IC, Keus F. Глюкокортикостероиды при сепсисе: систематический обзор с метаанализом и последовательным анализом испытаний. Интенсивная терапия Мед. 2015;41(7):1220–34.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Rochwerg B, Oczkowski SJ, Siemieniuk RAC, Agoritsas T, Belley-Cote E, D’Aragon F, Duan E, English S, Gossack-Keenan K, Alghuroba M, et al.Кортикостероиды при сепсисе: обновленный систематический обзор и метаанализ. Крит Уход Мед. 2018;46(9):1411–20.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Rygard SL, Butler E, Granholm A, Moller MH, Cohen J, Finfer S, Perner A, Myburgh J, Venkatesh B, Delaney A. Низкие дозы кортикостероидов для взрослых пациентов с септическим шоком: систематический обзор с мета — анализ и последовательный анализ проб. Интенсивная терапия Мед. 2018;44(7):1003–16.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Бригель Дж., Бейн Т., Монле П. Обновленная информация о низких дозах кортикостероидов. Курр Опин Анаэстезиол. 2017;30(2):186–91.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Леду Д., Астис М.Э., Карпати К.М., Раков Э.К. Влияние перфузионного давления на перфузию тканей при септическом шоке. Крит Уход Мед. 2000;28(8):2729–32.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Хамзауи О., Йозвяк М., Жеффрио Т., Штримф Б., Прат Д., Джейкобс Ф., Монне Х., Труйе П., Ричард С., Тебул Дж.Л.Норадреналин оказывает инотропное действие на ранней стадии септического шока у человека. Бр Джей Анаст. 2018;120(3):517–24.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Аннан Д., Уан-Бесбес Л., де Бакер Д., Дю Б., Гордон А.С., Эрнандес Г., Олсен К.М., Осборн Т.М., Пик С., Рассел Дж.А. и др. Глобальный взгляд на вазоактивные вещества при шоке. Интенсивная терапия Мед. 2018;44(6):833–46.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Эрнандес Г., Тебул Дж.Л., Баккер Дж.Норадреналин при септическом шоке. Интенсивная терапия Мед. 2019. https://doi.org/10.1007/s00134-018-5499-8.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Д’Арагон Ф., Белли-Кот Э.П., Мид М.О., Лаузье Ф., Адхикари Н.К., Бриэль М., Лалу М., Канджи С., Асфар П., Турджен А.Ф. и др. Целевые уровни артериального давления для вазопрессорной терапии: систематический обзор. Шок. 2015;43(6):530–9.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Тофт А., Фавори Р., Сальгадо Д.Р., Такконе Ф.С., Донаделло К., Де Бакер Д., Кретер Дж., Винсент Дж.Л.Влияние изменений артериального давления на перфузию органов при септическом шоке. Критический уход. 2011;15(5):R222.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Xu JY, Ma SQ, Pan C, He HL, Cai SX, Hu SL, Liu AR, Liu L, Huang YZ, Guo FM и др. Целевое высокое среднее артериальное давление связано с улучшением микроциркуляции у пациентов с септическим шоком и гипертензией в анамнезе: проспективное открытое исследование. Критический уход.2015;19(1):130.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Джанджи С., Стерлинг С., Патель Н., Хиндс С.Дж., Пирс Р.М. Влияние повышения дозы норадреналина на оксигенацию тканей и кровоток в микрососудах у пациентов с септическим шоком. Крит Уход Мед. 2009;37(6):1961–6.

    КАС пабмед Статья Google ученый

  • Дубин А., Позо М.О., Касабелла К.А., Палисас Ф. мл., Муриас Г., Мосейнко М.С., Канур Эдул В.С., Палисас Ф., Эстенсоро Э., Инс К.Повышение артериального давления норадреналином не улучшает микроциркуляторный кровоток: проспективное исследование. Критический уход. 2009;13(3):R92.

    ПабМед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Boerma EC, Ince C. Роль вазоактивных веществ в реанимации микрососудистой перфузии и оксигенации тканей у пациентов в критическом состоянии. Интенсивная терапия Мед. 2010;36(12):2004–18.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Статья Google ученый

  • Саугель Б., Винсент Дж.Л., Вагнер Дж.Ю.Персонализированное гемодинамическое управление. Curr Opin Crit Care. 2017;23(4):334–41.

    ПабМед Статья Google ученый

  • Границы | Экспрессия генов, чувствительных к тепловому шоку, модулированная мРНК Poly(A) Длина хвоста

    Введение

    Температура как важный фактор окружающей среды оказывает далеко идущее влияние на рост и развитие растений. Это особенно актуально для наземных растений, подверженных широкому диапазону колебаний температуры в течение дня и/или сезона.Современное сельское хозяйство требует высокой продуктивности сельскохозяйственных культур для удовлетворения растущих потребностей в продовольствии. Однако на продуктивность сельскохозяйственных культур могут напрямую влиять колебания температуры (Long and Ort, 2010). В отличие от животных, растения не могут бежать от стрессовых температурных условий. Таким образом, даже небольшое повышение температуры может привести к разворачиванию белка, его запутыванию и неспецифической агрегации. Было показано, что умеренный тепловой стресс приводит к реорганизации актиновых филаментов в формы защиты от стресса. Сильный тепловой стресс приводит к агрегации виментина или других белков, образующих филаменты, что приводит к коллапсу сетей актина и тубулина (Welch and Suhan, 1985; Welch and Suhan, 1986).

    Термотолерантность — это реакция клеток растений на неблагоприятный тепловой стресс (Finka et al., 2011). Термотолерантное состояние может пересекаться с другими механизмами реакции на стресс, например, с гипоксией или окислительным стрессом (Iba, 2002; Banti et al., 2008; Hua, 2009). Белки теплового шока (БТШ) активно экспрессируются и накапливаются растениями в ответ на тепловой стресс. Молекулярные механизмы, лежащие в основе термотолерантности, опосредованной HSP, обычно осуществляются путем взаимодействия с неправильно свернутыми белками (Parsell and Lindquist, 1993).В то время как некоторые HSP индуцируют деградацию белков с неправильной укладкой, таких как Lon, убиквитин и различные убиквитин-конъюгирующие ферменты, Hsp70 и Hsp60 предотвращают агрегацию промежуточных продуктов укладки. Hsp100 может даже реактивировать белковые комплексы, агрегированные неправильно свернутыми белками. Однако детальные регуляторные механизмы, лежащие в основе термотолерантности, остаются неясными.

    Посттранскрипционная регуляция позволяет растениям точно настраивать экспрессию своих генов, чтобы правильно реагировать на внешние раздражители, включая тепловой стресс.Молекула пре-мРНК претерпевает три основные модификации: 5′-кэпирование, 3′-полиаденилирование и сплайсинг, которые происходят в ядре клетки до того, как мРНК становится зрелой. Полиаденилирование мРНК является важным этапом для всех растений. Поли(А)-хвосты образуются путем добавления участка РНК, состоящего только из адениновых оснований, к 3′-концу полностью процессированной эукариотической мРНК посредством полиаденилирования. Они также активно участвуют в метаболизме мРНК, включая стабильность мРНК, эффективность трансляции мРНК и транспорт процессированных мРНК из ядра в цитоплазму (Xing and Li, 2011).

    Предыдущее исследование некоторых транскриптов генов, кодирующих белок теплового шока, показало, что длина поли(А)-хвостов может способствовать более быстрой реакции на тепловой стресс у животных и растений. Моэрман и его коллеги продемонстрировали, что поли(А)-хвост РНК HSP32 был на 100 нуклеотидов (нт) длиннее при тепловом стрессе у Dictyostelium discoideum (Moerman et al., 1998). Только сильный тепловой шок (выше 37°C) может способствовать полному полиаденилированию транскриптов HSP70 у Drosophila melanogaster (Dellavalle et al., 1994). У Arabidopsis длина поли(А)-хвоста (PAL) HSP21 увеличивалась при сильном тепловом стрессе (Osteryoung et al., 1993). Однако в целом PAL плохо изучен и в настоящее время в основном ограничивается отдельными транскриптами (Zhao et al., 2019). Кроме того, вклад PAL в термотолерантность растений остается неясным на уровне транскриптома.

    В этом исследовании мы разработали и оптимизировали новый протокол для изучения PAL на уровне всего транскриптома. Используя этот метод, который мы назвали APAL-seq, PAL в транскриптоме Arabidopsis определяли для постепенной и резкой тепловой обработки.Потенциальные роли PAL были изучены, чтобы раскрыть его связь с экспрессией гена HSP. Мы предполагаем, что изменение PAL служит ключевым компонентом в системе регуляции во время реакции термотолерантности у Arabidopsis .

    Материалы и методы

    8

    Арабидопсис Торговля клеточной культурой и теплоты

    Arabidopsiss ( Arabidopsis Thaliana (Л.) Хейнх. Resources Center, Колумбус, Огайо, США) выращивали в 50 мл жидкой среды (1x базальные соли Мурасиге и Скуга (MS), 1x витамины B5 Гамборга, 3% [вес/объем] сахарозы, 0.59 г/л сольвата, 0,5 мг/л 1-нафталинуксусной кислоты и 0,05 мг/л бензиламинопурина, pH 5,7) при 25°C при осторожном перемешивании (130 об/мин) при 16/8-часовых циклах свет/темнота (Zhao et al. др., 2011). Каждую неделю аликвоту объемом 6 мл переносили в 50 мл свежей среды (Holdorf et al., 2012).

    Как постепенную, так и внезапную термообработку проводили в программируемой ростовой камере. Для постепенной термообработки температуру повышали с 22°C до 40°C со скоростью 1°C/15 мин, а затем поддерживали на уровне 40°C в течение 1 часа. Для резкой термообработки культивируемые клетки (при 25°С) сразу подвергали воздействию температуры 40°С в течение 1 часа.После термической обработки клетки собирали путем инфильтрации, тотальные РНК немедленно выделяли и хранили в морозильной камере при температуре -80°C для последующего использования. Мы выполнили три независимых биологических повтора, и клеточная суспензия в колбе (56 мл) представляет собой биологический повтор.

    Хотя тепловой стресс (37–43°C) может индуцировать новый тип синтеза полипептидов, экспрессия HSP и других термотолерантных белков оптимальна для клеточных культур при 40°C (Altschuler and Mascarenhas, 1982; Al-Whaibi, 2011) и не будет влиять на жизнеспособность клеток или вызывать снижение жизнеспособности (Key et al., 1981; Рихванов и др., 2007). Чтобы изучить регуляторную функцию PAL в большем количестве белковых транскриптов, мы установили максимальную температуру на уровне 40°C. Кроме того, время обработки при 40°C как для постепенного, так и для резкого теплового шока составляло 1 час. В этой статье мы сосредоточимся на запасном белке, который во время теплового шока находится под другим контролем, чем большинство других вновь синтезированных белков.

    Подготовка библиотеки ДНК и секвенирование PacBio

    Протокол APAL-seq состоит из 6 этапов, как показано на рис. 1A. Вариант протокола подтверждения длины хвоста поли(А) показан на рисунке 1В.Мы выполнили три независимых биологических повтора. Они кратко описаны ниже.

    Рисунок 1 Блок-схема анализа секвенирования длины поли(А)-хвоста. Число или n в скобках указывают на повторение нуклеотида. (A) Общий протокол для создания библиотеки и секвенирования, APAL-seq. (B) Экспериментальный план для подтверждения изменения длины хвоста поли(А).

    (1) Выделение РНК и истощение рРНК. Тотальную РНК выделяли из культуры клеток арабидопсиса, а рРНК удаляли с помощью набора для удаления рРНК Rico-Zero (Epicenter, RZPL11016).(2) Прикрепление хвоста GI. Образцы РНК (0,05 нг–2 мкг) нагревали при 65°C в течение 5 мин для разрушения потенциальной вторичной структуры на 3′-конце и немедленно помещали на лед. Последующую инкубацию (2 ч, 37°C) проводили после добавления 1500 единиц дрожжевой поли(А)полимеразы (Affymetrix), 15 мкМ GTP, 5 мкМ ITP, 0,5 мкл ингибитора РНКазы и 30 мкл реакционной смеси, содержащей 6 мкл 5x Поли(А) полимеразный реакционный буфер. Реакцию останавливали нагреванием смеси при 65°C в течение 10 мин, после чего РНК очищали с помощью набора NucleoSpin ® RNA Clean-up XS (MACHEREY-NAGEL).(3) Получение первой цепи кДНК через хвост GI. РНК с добавлением GI смешивали с 0,1 мкМ праймер-адаптера 1 (таблица S1) и 10 мкМ dNTP. Смесь нагревали при 65°C в течение 5 мин, а затем быстро охлаждали на ледяной бане с последующей инкубацией в течение 1 ч при 48°C в термоциклере с 3 мкл буфера 10 x RT, 1 мкл DTT, 1 мкл ингибитора ДНКазы и 1 мкл обратной транскриптазы. К реакционной смеси добавляли рибонуклеазу Н (1 мкл, РНКаза Н). Непрерывную инкубацию проводили при 37°C в течение 1 ч, а затем инкубировали в течение 20 минут при 65°C для инактивации РНКазы H.Конечные продукты реакции очищали с помощью геля NucleoSpin ® и набора для очистки ПЦР. (4) Получение второй цепи кДНК с помощью ПЦР со случайным праймером. Одноцепочечную кДНК (100 нг) инкубировали со случайным праймером 36 пмоль, содержащим девять случайных нуклеотидов, и адаптером 2 (таблица S1) в термоциклере при 98°C в течение 3 мин. Образец нагревали до 4°C со скоростью 0,1°C/сек, а затем хранили во льду. 30-минутную инкубацию при 37°C проводили после смешивания образца с 20 мкМ dNTP, 3 мкл 10-кратного реакционного буфера и 5 единиц фермента фрагмента Кленова (3’-5’-экзо-) (NEB).Затем смесь инкубировали при 75°C в течение 20 минут для инактивации фермента с последующей очисткой с помощью геля NucleoSpin ® и набора для очистки ПЦР (MACHEREY-NAGEL). Очищенный образец разводили в 30 мкл воды, свободной от РНКаз. (5) ПЦР-амплификация. Реакционная система для ПЦР состояла из 3 мкл кДНК, 5 мкл 10-кратного ПЦР-буфера, 3 мкл 50 мМ MgCl 2 , 200 мкМ dNTP, 0,5 мкл ДНК-полимеразы Taq и 0,5 мкл 1 мМ Primer1 (#1553) и Primer2 (#1534). ) (таблица S1). Параметры реакции были установлены следующим образом: 2 мин при 94°С, 25 циклов по 1 мин при 94°С, 30 с при 60°С, 2 мин при 72°С и 10 мин при 72°С.(6) Очистка продуктов ПЦР. При электрофорезе в агарозном геле с использованием геля NucleoSpin ® и набора для очистки ПЦР был выделен гель, охватывающий два диапазона продуктов ПЦР в 200–500 п.н. и 500–1000 п.н. После проверки качества с помощью биоанализатора Agilent 2100 библиотека была готова для секвенирования с помощью PacBio (в Центре генома Университета штата Делавэр находится секвенатор PacBio RSII).

    Биоинформатический анализ

    Анализ данных секвенирования PacBio для поиска поли(А)-сайтов был в значительной степени аналогичен подробно описанному ранее (Wu et al., 2011). Они кратко описаны ниже.

    (1) Идентификация поли(А) сайтов. Для идентификации сайтов поли(А) сначала идентифицировали трек поли(А) или поли(Т) из последовательностей, полученных в результате секвенирования PacBio. Квалифицированный хвост поли(А)/(Т) должен содержать более 8 нуклеотидов А или Т в длинной последовательности. (2) Идентификация праймеров. Соответствующий транскрипт обычно имел совпадающую или комплементарную последовательность для праймера № 1553 и праймера № 1534 в начале и в конце. Чтобы определить потенциальный праймер для генов с поли(А)/(Т)-хвостом, было проведено нечеткое сопоставление между первыми 30 нуклеотидами на обоих концах и двумя праймерами [праймер 1534 и праймер С#1553 (дополнение к праймеру №1553) или праймер1553. и учебник для начинающих C # 1534].Если совпадение составляло более 70%, это указывало на то, что начало и конец последовательности имели правильные последовательности праймеров. (3) Идентификация Gn или Cn. Длину, положение и количество нуклеотидов C или G определяли между праймером и поли(Т) или поли(А) хвостом. Оба были использованы для суждения о рациональности композиции последовательности. (4) Различать штрих-коды. При секвенировании по штрих-коду только кДНК с последовательностью, комплементарной штрих-коду, и соответствующей позицией могут быть внесены в их первоначальный источник.Последующий поиск вставки обычно применяется, когда последовательность имеет праймер, поли(А/Т) хвост и штрих-код. (5) Идентификация последовательностей вставок. Для последовательностей с поли(Т) и праймером на 3’-конце последовательность вставки находилась между поли(Т) и праймером. Для последовательностей с поли(Т), но без праймера на 3’-конце, последовательность вставки находилась между поли(Т) и 3’-концом. Для последовательностей с поли(А) и праймером на 5’-концах последовательность вставки находилась между поли(А) и праймером. Для последовательностей с поли(А), но без праймера на 5’-концах, последовательность вставки находилась между поли(А) и 5’-концом.Если вставка была короче 20 нуклеотидов, ее отбрасывали. (6) Сравнение последовательностей вставок. Последовательности вставок были обработаны с помощью BLAT и управления сценариями Perl для определения информации о поли(А), включая положение, длину и т. д. Результаты сравнивались с обновленной аннотацией генома TAIR10 (ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Genes/TAIR10_genome_release). /) для идентификации гена и генной области (3’UTR, CDS, интрон, 5’UTR). (7) Изменение длины хвоста поли(А). Во избежание потенциальных ошибок, вызванных геномной ПЦР и секвенированием PacBio, с помощью PacBio были выбраны три гена AT3G24780, AT5G42300, AT5G65220 (таблица S1) с различной длиной хвоста поли(А) (30 нт, 60 нт, 150 нт), а средняя поли (A) длина хвоста этих трех генов составляет 32, 63, 155 нуклеотидов при трехкратном секвенировании по Сэнгеру (рис. 1) соответственно.Эти результаты согласуются с предыдущими результатами о том, что оптимизированный этап ПЦР и секвенирование PacBio не будут вносить ошибки в последовательность поли(А) (Clarke et al., 2001).

    Анализ белков

    Осажденные клетки после термической обработки или контроля растирали пестиком в предварительно охлажденной ступке до получения мелкого порошка, а затем переносили в пробирку Эппендорфа с добавлением 1 мл ледяного лизирующего буфера (50 мМ Трис- HCl, pH 7,5, 10% глицерин, 2% SDS, 25 мМ ЭДТА). Центрифугирование проводили в течение 1 ч на максимальной скорости при 4°C с последующим осторожным извлечением пробирок из центрифуги и помещением на лед.Затем супернатант переносили в свежую пробирку и хранили на льду. Количество белка определяли количественно с помощью набора для анализа белков с бицинхониновой кислотой (BCA) (Thermo Scientific) на основе стандартного протокола. Плотность белковых полос в вестерн-блоттинге визуализировали и количественно определяли с помощью системы инфракрасной визуализации Odyssey (LI-COR, Lincoln, NE) (Holdorf et al., 2012). Мы выполнили три независимых биологических повтора.

    Вестерн-блот-анализ HSP70 и HSP17.6C проводили в основном так, как описано (Shen and Shi, 2016).Промытую и заблокированную мембрану инкубировали с первичным антителом HSP70 (Hsp70/Hsc70 (Plant) Antibody, My BioSource Inc.) или антителом HSP17.6 (антитело Anti-HSP17.6, Abcam) в блокирующем буфере в течение ночи при 4°С в концентрации 1:5000. °С. После инкубации с конъюгированным вторичным антителом целевые белки выявляли с помощью иммуноблоттинга с помощью хемилюминесценции (Amersham™ ECL™ Prime, GE Healthcare).

    Результаты

    Точное измерение на уровне транскриптома с помощью протокола APAL-Seq

    Мы разработали и оптимизировали протокол под названием APAL-seq (Анализ длины хвоста поли(А) — секвенирование), который заполняет пробел между платформами секвенирования и создание библиотеки путем измерения длины поли(А) хвоста на уровне транскриптома.Он использует все преимущества метода хвостовой GI (гуанозин и инозин) и метода случайного удлинения праймера, эффективно уменьшая исходную РНК до 0,5 нг. Он также позволяет избежать лигирования, что делает создание библиотеки относительно простым и эффективным. Наконец, он использует платформы PacBio для секвенирования поли(А) гомополимеров.

    В APAL-seq (рис. 1А) к 3’-концам кДНК первой цепи добавлялись адаптеры путем случайного удлинения праймера, которые конструировали библиотеки кДНК с очень низким количеством общей кДНК и коротким временем инкубации.Опосредованное адаптером лигирование является классическим методом введения адаптеров в 3′-конец первой цепи кДНК. Однако этот метод характеризуется медленным образованием и высвобождением продукта, что требует высоких уровней матриц, большого количества ферментов и длительного времени инкубации (Stark et al., 2006; Zhuang et al., 2012). Кроме того, APAL-seq может регулировать диапазон библиотек кДНК, изменяя количество присутствующих случайных праймеров (Hodgson and Fisk, 1987). Секвенирование Illumina подходит для определения библиотек размером от 200 до 500 п.н., а циклическое консенсусное секвенирование PacBio позволяет измерять образцы больших размеров с верхним пределом 1000 п.н.Хотя оба метода, такие как TAIL-seq (Zhuang et al., 2012; Chang et al., 2014), были разработаны для платформы Illumina, APAL-seq также можно использовать для обоих методов секвенирования.

    В нашем протоколе использовалось хвостовое оперение GI. Он стабилизирует поли(А)-хвосты, добавляя ограниченное количество (~25) остатков гуанозина и инозина к 3’-концу РНК с помощью поли(А)-полимеразы дрожжей. В отличие от традиционного олигогуанозинового (олиго(G)) хвоста (Kusov et al., 1996), GI-хвост с меньшей вероятностью образует самоспаряющиеся структуры, которые могут прерывать нормальный процесс секвенирования.Он также создает олигогуанозин-инозиновый тракт, который может соединяться с олиго(С)-праймером в обратной транскрипции. Два остатка Т обычно добавляют к олиго(С)-праймеру, чтобы лучше соответствовать поли(А) на 3’-конце РНК. Отношение GTP к ITP в хвостах GI привело к изменению размера продукта. Два соотношения (1: 1 и 3: 1) GTP к ITP использовались для хвоста GI с последующей обратной транскрипцией с праймером, специфичным для гена (тубулина), и универсальным праймером (# 1553) (таблица S1). Дальнейшее секвенирование по Сэнгеру показало, что последовательность полосы идеально совпадает с геном тубулина.Различные количества РНК-матрицы (0,05 нг, 1 мкг и 10 мкг) использовали для хвоста желудочно-кишечного тракта. Затем эти продукты хвоста GI обрабатывали поэтапно, включая обратную транскрипцию и удлинение 2-й кДНК. Результаты количественной ПЦР показали, что 75%, 82% и 73% продуктов ПЦР были успешно прикреплены двумя адаптерами. Эти результаты показывают, что хвост желудочно-кишечного тракта был чувствительным при определении уровней матрицы и требовал всего лишь 0,05 нг количества матрицы, что было намного меньше, чем у метода лигирования, опосредованного адаптером (Janicke et al., 2012).

    Аутентичность PAL была дополнительно подтверждена секвенированием по Сэнгеру путем случайного выбора трех генов с различным PAL для сравнения. После секвенирования PacBio были выбраны AT3G24780, AT5G42300 и AT5G65220 (праймеры, показанные в таблице S1) с переменной PAL (30 нт, 60 нт, 150 нт). Праймеры были разработаны на основе результатов секвенирования, а PAL были повторно секвенированы с помощью секвенирования по Сэнгеру три раза независимо. На рисунке 1B показана схема эксперимента. Средние PAL этих трех генов, обнаруженные с помощью секвенирования по Сэнгеру, составляют 32, 63 и 155 н.Сравнения, сделанные с результатами секвенирования PacBio, показали, что протокол может точно измерять PAL в масштабе транскриптома.

    Крупномасштабный поиск удлинения хвоста поли(А) при тепловом стрессе

    После успешного установления протокола РНК из суспендированных культур клеток в условиях отсутствия стресса (контроль теплового шока или HSC) или резкого стресса (резкий тепловой шок или HSA) ) условия были изолированы. Эти две библиотеки APAL-seq были получены и секвенированы с помощью секвенирования PacBio. Среди 13 863 транскриптов результаты секвенирования показали, что 2477 имели переменную PAL между контролем и резким тепловым шоком и что 1160 из 2477 транскриптов имели более длительный PAL при резкой тепловой обработке по сравнению с контролем.Список генов и тепловая карта GO представлены в наборе данных S1 «2477 генов с изменением PAL» и на рисунках S1 и S2 соответственно. Среди этих 1160 транскриптов 122 транскрипта были идентифицированы как участвующие в термотолерантности или родственных путях с помощью аннотации GO (Gene Ontology) и показаны в наборе данных S1 «1160 генов с более длинным PAL», «122 гена, связанных с тепловым шоком» и рисунок S3, соответственно; результаты APAL-seq для этих 122 транскриптов были показаны в пакетах наборов данных «HSC» и «HSA» в базах данных SRA (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/PRJNA553644). Средний PAL из 122 генов показывает значительно более длинный PAL в HSA, чем в библиотеке HSC (значение p- = 1,74 × 10 -26 , рисунок 2 и набор данных S1 «122 гена, связанных с тепловым шоком»). Библиотеки ПЦР включали два повтора контрольной обработки и обработки резким тепловым стрессом, а также три повтора постепенного теплового стресса. Для второго раунда секвенирования PacBio было объединено одинаковое количество кДНК со штрих-кодом из всех библиотек (таблица S2). В результате этих упражнений были получены 14 интересующих транскриптов (набор данных S1 «14 интересующих генов») с вариабельными PAL, которые можно было идентифицировать из всех библиотек.Эти гены были отобраны для подробного анализа ниже на основе их профилей PAL (праймеры показаны в таблице S3).

    Рисунок 2 Длина поли(А)-хвоста 122 транскриптов, связанных с тепловым шоком, в библиотеках внезапного теплового шока (HSA) и контрольной (HSC). Показан анализ, проведенный в трех биологических повторностях. ( *** р < 0,001).

    Более длинные поли(А)-хвосты появились у некоторых генов независимо от режима теплового стресса

    На основании приведенного выше анализа для дальнейшего исследования были отобраны транскрипты семи генов, которые демонстрировали более длинные поли(А)-хвосты при резком или постепенном тепловом шоке.PAL этих транскриптов изменялись с 25 до 40 н. как при постепенной, так и при резкой термообработке. Пять из семи генов-мишеней связаны с HSP. На рисунке 3A и в таблице S4 показано, что PAL транскрипта HSP20-подобного белка (AT1G59860) увеличилась с 22 до 46 нуклеотидов как при постепенном, так и при резком тепловом стрессе. Аналогичные изменения были также обнаружены в транскриптах AT3G09350, кодирующих HSP70-связывающий белок, от 25 до 49 и 48 нуклеотидов при постепенном и внезапном тепловом стрессе (рис. 3B, таблица S4) соответственно.Кошапероны AT4G12400, кодирующие взаимодействующие с Hsp90/Hsp70, изменили PAL с 16 до 46 нт при обоих тепловых стрессах (рис. 3C, таблица S4). Транскрипты HSP70 (AT3G12580) и HSP70-3 (AT3G09440) увеличивались с 25 до 61 нт как при постепенном, так и при резком тепловом стрессе (рис. 3D, E, таблица S4).

    Рисунок 3 Профиль длины хвоста Poly(A) (графики скрипки) транскриптов группы 1 во время термообработки. Длина поли(А)-хвостов отражается по оси Y, а диапазон распределения отражается формой и размером «скрипки».Ширина «скрипки» подразумевает обилие расшифровок. Ромб в каждой «скрипке» указывает среднюю длину хвостов поли(А). Каждая «скрипка» показывает диапазон распределения трех биологических повторностей. ( *** p < 0,001, ** p < 0,01, * p < 0,05, ns не представляет значимой разницы). (A–G) Изменение длины поли(А)-хвоста разных генов после постепенного или резкого теплового шока.

    Два других транскрипта имели такую ​​же тенденцию к увеличению длины поли(А)-хвоста. Одним из них является AT2G18960, кодирующий белок плазматической мембраны АТФазу, которая связана с закрытием устьиц в ответ на засуху. PAL этого гена составлял около 15 нт в клетках без стресса, но он имел более длинный PAL 75 и 69 нт в клетках с постепенным и резким тепловым стрессом соответственно (рис. 3F, таблица S4). Другой подобный ген — AT1G54710, который кодирует белок водного стресса. Следует отметить, что пути водного и теплового стресса у растений взаимосвязаны (Al-Whaibi, 2011).PAL этого транскрипта составлял 16 нт, но он имел более длинный PAL 95 нт в обеих клетках, подвергшихся тепловому стрессу (рис. 3G, таблица S4).

    Таким образом, мы пришли к выводу, что эти семь генов-мишеней, кодирующих HSP, родственные HSP или другие белки, участвующие в пути теплового стресса, имели более короткие поли(А)-хвосты до тепловой обработки, но такие же удлиненные поли(А)-хвосты после термообработки. как постепенную, так и резкую термическую обработку.

    Удлинение поли(А)-хвостов некоторых генов в зависимости от степени теплового стресса

    Хотя поли(А)-хвосты некоторых транскриптов изменились после постепенной или резкой термообработки, увеличение длины их хвостов было пропорционально степени теплового стресса .Как показано на рис. 4 и в таблице S4, в эту категорию попали пять HSP или связанных с HSP генов. Поли(А)-хвосты транскрипта HSP40 (AT3G62190) изменялись с 13 до 40 н. при постепенном повышении температуры и до 66 н. при резком тепловом шоке. Поли(А)-хвост транскрипта HSP101 (AT1G74310) составлял 19 н. в нестрессовых условиях, в то время как его средняя PAL увеличивалась до 56 и 76 н. при постепенной и резкой термообработке соответственно. Транскрипт HSP17.6II (AT5G12020) имел поли(А)-хвост длиной 24 нуклеотида без стресса, но он удлинялся до 47 нуклеотидов при постепенной обработке и до 60 нуклеотидов при резкой обработке.Транскрипт HSP17.6C (AT1G53540) имел поли(А)-хвост длиной всего 21 нуклеотид, но он удлинялся до 65 нуклеотидов при постепенной обработке и до 96 нуклеотидов при резкой обработке. AT4G36040 кодирует белок, который может связываться с HSP. Его PAL составлял всего 15 нт в контроле, но увеличивался до 42 нт при постепенном воздействии и 77 нт при резком тепловом шоке.

    Рисунок 4 Скрипичный график длин поли(А)-хвостов транскриптов второй группы во время термообработки. Обратитесь к условным обозначениям к рисунку 3 для аннотаций к рисункам. (A–G) Изменение длины поли(А)-хвоста разных генов после постепенного или резкого теплового шока.

    Еще два гена-мишени, связанные с тепловым шоком, показали такие же изменения в PAL. Одним из них был AT1G75280, кодирующий белок, участвующий в реакции на окислительный стресс. Его PAL в контроле составлял 15 нт, но он увеличился до 60 и 94 после постепенной и резкой термообработки соответственно (рис. 4F, таблица S4). Другим был AT3G48030, кодирующий белок, чувствительный к гипоксии. Его поли(А) хвост был намного длиннее, 56 нуклеотидов и 93 нуклеотида, соответственно, при постепенной и резкой термообработке по сравнению с 19 нуклеотидами в контрольных условиях (рис. 4G, таблица S4).

    Таким образом, удлинение поли(А)-хвостов некоторых транскриптов может отражать интенсивность стимула, предполагая, в свою очередь, что полиаденилирование может каким-то образом «чувствовать» или ограничиваться неизвестными факторами, ограничивающими удлинение поли(А)-хвостов. . Кроме того, был рассчитан групповой порог (разрывы PAL между резкими и постепенными тепловыми шоками) среди обработок этих 14 транскриптов-мишеней (таблица S5, L6), где транскрипты в группе 1 (рис. 3) имели сходные PAL между постепенными и резкими тепловыми шоками. (порог ≤1), в то время как транскрипты в группе 2 (рис. 4) имели значительную разницу в PAL между постепенными и резкими тепловыми шоками (1<порог <2).

    Производство белка HSP70 индуцируется обработкой тепловым шоком

    Чтобы определить, действительно ли удлинение поли(А)-хвоста способствует уровню экспрессии белков, были проведены количественные Вестерн-блоты для определения количества белка, вырабатываемого при тепловом стрессе. условия. Чтобы гарантировать, что количество нагрузочного белка при различных обработках было одинаковым, для количественного определения начального количества нагрузочных белков использовали набор с бицинхониновой кислотой (BCA, см. Материалы и методы ), а белок большой субъединицы Rubisco использовали в качестве контроля нагрузки. для того, чтобы общее количество загружаемых белков было равным.Результаты APAL-seq показали, что длина поли(А)-хвоста нескольких генов в группе 1 (рис. 3, таблица S5) удлинялась одинаково как при постепенной, так и при резкой тепловой обработке по сравнению с контролем. Например, PAL транскрипта HSP70 (At3g12580, рисунок 3D, таблица S4) в не подвергавшихся стрессу клетках составляла всего 25 нуклеотидов, но удлинялась до ~ 60 нуклеотидов как в клетках с постепенным, так и с резким тепловым стрессом. Результаты вестерн-блоттинга (фиг. 5А) показали, что белок HSP70 был обнаружен только в клетках, подвергнутых постепенному и резкому тепловому стрессу, но не в не подвергавшихся стрессу клетках.Относительная плотность белковых полос HSP70 составляла 0, 51 800 и 52 010 (измерение относительной плотности; фигура 5A), что указывает на индукцию экспрессии HSP70 при тепловом стрессе. Напротив, уровень белка Rubisco был одинаковым как в клетках, не подвергшихся стрессу, так и в клетках, подвергшихся стрессу, с плотностью полос 765 000, 765 800 и 765 300 соответственно. Таким образом, аналогичное удлинение PAL происходило в клетках, подвергшихся стрессу, с аналогичной тенденцией к увеличению в экспрессированном белке. Комбинируя результаты длин поли(А)-хвостов при кодировании мРНК (рис. 3D), можно сделать вывод, что удлиненные поли(А)-хвосты являются влиятельным фактором экспрессии белка HSP70.

    Рисунок 5 Вестерн-блоты и плотность полос HSP70 (A) и HSP17.6C (B) в культуре клеток Arabidopsis во время различных воздействий теплового шока. Постепенная: постепенная термическая обработка; Резкая: внезапная термообработка. Большой субблок Rubisco выполнял функцию контроля загрузки. Показан репрезентативный эксперимент, проведенный в трех биологических повторностях.

    Индукция HSP17.6C пропорциональна степени теплового стресса

    Результаты APAL-seq показали, что длина поли(А)-хвоста нескольких генов удлинялась как при постепенной, так и при резкой тепловой обработке по сравнению с контролем.Однако PAL был более продолжительным при резком тепловом стрессе по сравнению с постепенным тепловым стрессом в генах группы 2 (рис. 4, таблица S5). Например, в то время как транскрипт HSP17.6C имел короткий поли(А)-хвост (20 нуклеотидов) в условиях отсутствия стресса, он удлинялся (65 нуклеотидов) при умеренном тепловом стрессе, затем PAL удлинялся до 96 нуклеотидов при резком стрессе головы ( Рисунок 4D, таблица S4). Чтобы исследовать вклад PAL в эффективность трансляции, измеряли экспрессию белка HSP17.6C. Равные количества белков загружали в гель с Rubisco в качестве контроля.Белок HSP17.6C не экспрессировался без стресса (фиг. 5B), и хотя экспрессия некоторых белков HSP17.6C была обнаружена при постепенном тепловом стрессе, большинство белков HSP17.6C экспрессировались при резком тепловом стрессе. Средняя плотность полос Rubisco, измеренная с помощью программного обеспечения Image Studio Lite Ver, составила 765 000, 765 800 и 765 300, что указывает на то, что загрузочный белок был почти одинаковым. Средняя плотность полосы HSP17.6C составляла 0, 5 510 и 31 300 (рис. 5B). Плотность полос в условиях резкого повышения температуры почти в 6 раз больше, чем в условиях постепенного повышения температуры, что свидетельствует о том, что количество HSP17.Белок 6C, индуцированный в условиях резкого нагревания, был значительно повышен по сравнению с индуцированным постепенным тепловым шоком. В совокупности эти результаты показывают, что уровень белка HSP17.6C был пропорционален длине поли(А)-хвоста, указывая на то, что длина поли(А)-хвоста может способствовать эффективности трансляции.

    Обсуждение

    Измерение длины поли(А) с помощью APAL-Seq

    Текущие исследования показывают, что длина поли(А)-хвостов в мРНК вариабельна и определяет судьбу транскрипта с точки зрения его стабильности и способности быть переведены.Таким образом, измерение длины поли(А)-хвоста этих транскриптов можно использовать для отражения состояния и эффективности хранимой или функциональной мРНК. Ранние исследования были в основном основаны на методах, которые включали G-хвост (Kusov et al., 1996), лигирование-опосредованное тестирование поли(А) (LM-PAT) (Janicke et al., 2012) и анализ РНКазы H (Mustroph и др., 2009). Эти протоколы были разработаны для анализа только одного или нескольких генов или для использования этапов лигирования, требующих длительного экспериментального времени, которые действительно используют платформу секвенирования Illumina для глобального измерения PAL (Chang et al., 2014; Чжэн и Тянь, 2014 г.; Чжао и др., 2019). Однако они могут секвенировать кДНК библиотеки только в пределах короткого диапазона (длиной 250–350 п.н.). Напротив, APAL-seq обходит эту проблему, позволяя считывать гораздо более длинные последовательности, а также избегая проблемы вызова гомополимерных оснований, которая встречается на платформе Illumina. Платформа для секвенирования PacBio позволяет наблюдать за естественным синтезом ДНК ДНК-полимеразой по мере его возникновения. По сути, секвенирование PacBio «подслушивает» единственную молекулу ДНК-полимеразы, работающую непрерывно и последовательно.В этом методе технология секвенирования PacBio может использоваться для определения длины хвоста поли(А), поскольку было доказано, что она секвенирует гомополимеры, такие как длинные участки «А» (Jason Underwood et al., 2012). Длина поли(А)-хвоста длиннее 230 нуклеотидов не может быть измерена с помощью секвенирования Illumina на уровне транскрипта из-за ограниченных циклов секвенирования (Chang et al., 2014). Таким образом, APAL-seq преодолевает проблему мРНК с более длинными хвостами, как отмечалось выше, для изучения роли PAL в экспрессии генов.

    Корреляция между PAL и трансляцией

    Поли(А)-хвосты являются важными элементами трансляции и стабильности мРНК. PAL является детерминантой в определенных тканевых контекстах, стадиях развития, регуляции клеточного цикла, ежедневных ритмических колебаниях синтеза белка или клеточном стрессе (Besse and Ephrussi, 2008; Kojima et al., 2012; Park et al., 2016). Два полногеномных исследования выявили слабую корреляцию между PAL и эффективностью трансляции мРНК в клеточной культуре (Chang et al., 2014; Субтельный и др., 2014). Субтельный и соавт. наблюдали, что ассоциация PAL и трансляции стала менее очевидной в неэмбриональных клетках, которые были четко связаны на ранних стадиях развития у Xenopus и рыбок данио. Кроме того, у Caenorhabditis elegans были обнаружены хорошо экспрессированные транскрипты, содержащие относительно короткие, четко очерченные хвосты (Lima et al., 2017). Этот атрибут, по-видимому, зависит от эффективности трансляции, поскольку транскрипты, обогащенные оптимальными кодонами и ассоциацией с рибосомами, имеют самые короткие хвосты, в то время как некодирующие РНК сохраняют длинные хвосты.Это предполагает, что вместо этого может быть оптимальный размер хвоста, который является результатом процесса укорочения, который они называют обрезкой, который вдохновил на эту работу.

    Хотя исследования ставят под сомнение давнюю идею о том, что более длинные поли(А)-хвосты способствуют стабильности и трансляции мРНК (Goldstrohm and Wickens, 2008; Weill et al., 2012; Wahle and Winkler, 2013; Jalkanen et al., 2014), сильные взаимосвязь между трансляцией PAL и мРНК все еще может проявляться при определенных условиях. Шитс и Викенс предположили, что различия в PAL могут способствовать количественным различиям в поступательной стимуляции, при этом более длинные поли(А)-хвосты оказывают более сильный стимулирующий эффект (Sheets et al., 1994; Шитс и др., 1995). Вероятно, это можно объяснить более длинным поли(А)-хвостом, который может способствовать инициации трансляции, способствуя циркуляризации молекул РНК в замкнутую форму (Sachs and Varani, 2000), тем самым повышая эффективность трансляции. Несколько транскриптомных исследований показали, что PAL становится временно связанным с эффективностью трансляции в определенных клеточных контекстах, таких как раннее эмбриональное развитие или во время клеточных циклов (Subtelny et al., 2014; Eichhorn et al., 2016; Парк и др., 2016). Во время стресса ER кэп-зависимая трансляция быстро и глобально репрессируется (Ron, 2002), что повышает вероятность того, что поли(A)-хвосты также динамически регулируются в ответ на стресс ER. Укорочение PAL подавляет трансляцию мРНК Pabpc1 в зрелых кардиомиоцитах, тем самым снижая общую скорость синтеза белка во взрослом сердце (Chorghade et al., 2017). Все эти исследования включают клеточный контекст, в котором ландшафт посттранскрипционной регуляции резко изменяется, что позволяет предположить, что трансляция и длина поли(А) могут стать напрямую связанными (Woo et al., 2018).

    Регуляция PAL при повреждении, вызванном тепловым шоком

    Сообщалось, что поли(А)-хвост является основной детерминантой посттранскрипционных механизмов (Abaza and Gebauer, 2008; Hershey et al., 2012; Weill et al., 2012). ). Увеличение PAL во время теплового стресса наблюдалось ранее. У Drosophila поли(А)-хвосты HSP32 и HSP70 удлиняются во время теплового стресса (Dellavalle et al., 1994). У Schizosaccharomyces pombe сильный тепловой шок приводит к накоплению объемной поли(А)+ РНК в ядрах (Tani et al., 1996). Поли(А)-хвосты транскриптов HSP21 при резком тепловом стрессе были на 15–60 н. длиннее по сравнению с поли(А)-хвостами при постепенном тепловом стрессе (Osteryoung et al., 1993). Поэтому разумно предположить, что PAL, как регуляторный эффектор, подобно другим типам вышестоящих механизмов ответа хозяина на стресс, играет важную роль в реактивности на стресс. Однако, поскольку имеется лишь ограниченная информация об изменениях всего генома PAL во время теплового стресса, настоящее исследование посвящено именно этому вопросу.Используя преимущества технологии секвенирования PacBio, вариации PAL были определены при тепловом стрессе на геномном уровне. Поли(А) хвосты от 14 генов, тесно вовлеченных в пути теплового шока или перекрестных помех, были изменены тепловым стрессом. Эти гены имели более короткую PAL (25 нт) в клетках, не подвергшихся стрессу, по сравнению с клетками, находящимися в условиях постепенного или резкого теплового стресса (от 40 до 90 нт). Таким образом, мы впервые исследовали изменения реакции на тепло в PAL на геномном уровне. Результаты показывают, что удлинение поли(А)-хвоста может быть общим механизмом реакции растений на тепловой стресс.

    Являясь важными молекулярными шаперонами или протеазами, ответственными за тепловой стресс, HSP в растениях могут предотвращать повреждения, вызванные неправильным сворачиванием белков посредством взаимодействия с белковыми субстратами. Наше исследование показало два возможных механизма, лежащих в основе регуляции HSP, опосредованной длиной поли(А)-хвоста. Во-первых, трансляция HSP может быть инициирована только удлиненным поли(А)-хвостом в условиях теплового стресса. Следовательно, вполне вероятно, что многие белки семейства HSP70 или белки, родственные HSP70, могут регулироваться таким образом.Белки семейства HSP70 эволюционно консервативны и обычно экспрессируются в высших растениях на основе трансляционных матриц из 14 генов (Boorstein et al., 1994; Sung et al., 2001; Zhang et al., 2008). Было доказано, что экспрессия подмножества HSP70 стимулируется при тепловом стрессе, предотвращая агрегацию денатурированных белков (Sheffield et al., 1990) и рефолдинг денатурированных стрессом белков (Glover and Lindquist, 1998; Goloubinoff et al. , 1999). Однако механизмы транскрипции, лежащие в основе регуляции HSP70, остаются неясными.Наши результаты показывают, что как резкая, так и постепенная термическая обработка может вызывать накопление двух транскриптов HSP70 (HSP70 и цитозольный Hsp70-HSP70-3) и двух транскриптов белков, родственных HSP70 (HSP70-связывающий белок и HSP70-кошапероны) у Arabidopsis . . Интересно, что все эти транскрипты HSP70 подвергались реполиаденилированию (удлинение PAL) со значительно повышенной трансляционной экспрессией во время термообработки.

    Другой возможный механизм, лежащий в основе регуляции HSP, опосредованной длиной поли(А)-хвоста, включает трансляцию HSP, которая зависит от длины поли(А)-хвоста по отношению к тяжести теплового стресса.В этом случае наши результаты показывают, что PAL был значительно дольше при резком тепловом стрессе по сравнению с постепенным тепловым стрессом. HSP или родственные белки включают HSP40, HSP101, HSP17.6II и HSP17.6C. Было обнаружено, что PAL HSP17.6C пропорционален тяжести теплового стресса, что приводит к резкому 6-кратному увеличению экспрессии HSP17.6C во время резкого теплового стресса по сравнению с постепенным тепловым стрессом. Мы заметили, что два небольших белка теплового шока (sHsps), HSP17.6C и HSP17.6II, ведут себя одинаково.Механизмы, лежащие в основе HSP-опосредованной защиты, до конца не изучены в живых клетках. Однако можно предположить, что он включает функции шаперона, защищая белки от необратимой денатурации (Al-Whaibi, 2011). Эта защита с помощью белков семейства HSP17.6C достигается посредством повышающей регуляции белков HSP17.6C при резкой термической обработке. Эти результаты согласуются с предыдущими исследованиями (Weill et al., 2012), предполагающими, что более длинный PAL может быть положительно связан с уровнями трансляции HSP.Интересно, что также было обнаружено, что постепенный HS и внезапный HS — это два разных метода лечения, которые могут привести к разным трансляционным функциям. Исследование готовит почву для выяснения быстрой регуляции более длинной PAL в HSP с более низкой молекулярной массой при внезапном HS и изучения общей роли PAL в трансляции.

    Регулирование PAL в растениях может способствовать клеточным процессам, когда в игру вступают другие стрессовые условия. Например, наши результаты показали, что PAL 4 генов (AT1G54710, AT2G18960, AT1G75280 и AT3G48030) менялся во время термической обработки и что их установленные биологические функции в первую очередь включают клеточные реакции на воду, засуху, а также окислительный и гипоксический стресс соответственно. .Это также принесло бы пользу изучению других реакций на стресс, когда трансляция способствует регуляции генов в условиях стресса без стресса и обезвоживания, как, например, у Arabidopsis , как сообщалось (Kawaguchi et al., 2004). Учитывая возможные перекрестные помехи, возникающие, когда клетки реагируют на множественные стрессы окружающей среды (Al-Whaibi, 2011; Ely et al., 2014). Вполне вероятно, что вышеупомянутые транскрипты являются генами домашнего хозяйства, ответственными за предотвращение первичных и вторичных повреждений клеток у высших растений (Al-Whaibi, 2011), что, в свою очередь, указывает на возможную роль PAL в помощи растениям в выживании в условиях столь многочисленных экологические стрессы.

    Кроме того, появляется все больше данных, свидетельствующих о том, что гены HSP важны для нормального развития растений и реагируют на многие другие формы стресса (Lin et al., 2001; Kim and Hwang, 2015). Например, семейство генов HSP70 и HSP17.6C , которые представляют особый интерес, важны для роста растений и реакции на окружающую среду. Мутация Arabidopsis HSP70-16 привела к значительному снижению скорости завязывания семян, вызванному неполным раскрытием цветка, аномальным формированием органов цветка и нарушением оплодотворения (Chen et al., 2019). Растения со сверхэкспрессией HSP17.6A могли выживать дольше, чем растения дикого типа, при солевом стрессе, где трансгенные растения имели высокие уровни транскрипта и белка At- HSP17.6A (Sun et al., 2001).

    Выводы

    Увеличение PAL действительно связано с увеличением продукции стабильных белков при тепловом стрессе. Это подчеркивает актуальность дифференциальной регуляции трансляции PAL в установлении реакции растений на стресс, например. перегрев.Описанное здесь исследование предоставляет мощные средства для дальнейшего изучения функций PAL в регуляции генов в физиологических и патологических условиях у растений. Динамический контроль PAL может играть адаптивную роль в стимуляции полезной формы экспрессии генов, которая может быть физиологически выгодной.

    Заявление о доступности данных

    Все наборы данных, созданные и проанализированные для этого исследования, включены в рукопись и дополнительные файлы или показаны в общедоступных базах данных SRA (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/PRJNA553644).

    Вклад авторов

    QL, JW и XuW разработали план. QL и YH руководили проектом. JW и XuW провели эксперименты. XiW выполнил анализ данных PacBio. XuW, JW и QL написали рукопись. QL соглашается выступать в качестве автора, ответственного за контакт и обеспечивает связь. Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.

    Финансирование

    Проект частично финансировался за счет гранта Национального ключевого научно-исследовательского проекта Китая (2016YFE0108800) Министерства здравоохранения США.Национальный научный фонд С. (IOS-154173), оба в QL. XuW была лауреатом Китайского стипендиального совета (CSC) за стипендию Государственного стипендиального фонда для продолжения учебы в Западном университете медицинских наук.

    Конфликт интересов

    Авторы заявляют, что исследование проводилось в отсутствие каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

    Благодарности

    Мы благодарим Центр генома Университета штата Делавэр за секвенирование PacBio, других сотрудников лаборатории за полезные обсуждения и Хайфей Ши за ассистента в вестерн-блоттинге.Мы также ценим языковое редактирование, предоставленное Тейлором Ли. Техническую помощь оказали Хайдун Цюй, Сяосюань Чжоу и Сюсю Ван.

    Дополнительный материал

    Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.01255/full#supplementary-material

    Ссылки

    Al-Whaibi, МЗ (2011). Растительные белки теплового шока: мини-обзор. Дж. Король Сауд. ун-т — науч. 23 (2), 139–150.doi: 10.1016/j.jksus.2010.06.022

    Полный текст CrossRef | Google Scholar

    Банти В., Лорети Э., Нови Г., Сантаньелло А., Альпи А., Перата П. (2008). Акклиматизация к жаре и перекрестная толерантность к аноксии у арабидопсиса. Окружающая среда растительных клеток. 31 (7), 1029–1037. doi: 10.1111/j.1365-3040.2008.01816.x

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Бесс Ф., Эфрусси А. (2008). Трансляционный контроль локализованных мРНК: ограничение синтеза белка в пространстве и времени. Нац. Преподобный Мол. Клеточная биол. 9 (12), 971–980. doi: 10.1038/nrm2548

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Чанг Х., Лим Дж., Ха М., Ким В. Н. (2014). TAIL-seq: Полногеномное определение длины хвоста поли(А) и модификаций 3’-конца. Мол. Моб. 53 (6), 1044–1052. doi: 10.1016/j.molcel.2014.02.007

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Чен X., Ши Л., Чен Ю., Чжу Л., Чжан Д., Сяо С., и другие. (2019). Arabidopsis HSP70-16 требуется для раскрытия цветков при нормальных или умеренных температурах теплового стресса. Окружающая среда растительных клеток. 42 (4), 1190–1204. doi: 10.1111/pce.13480

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Чоргаде С., Сейметц Дж., Эммонс Р., Ян Дж., Брессон С.М., Де Лизио М. и др. (2017). Длина хвоста Poly(A) регулирует экспрессию PABPC1 для настройки трансляции в сердце. Элиф 6, е24139. doi: 10.7554/elife.24139

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Кларк, Л.А., Ребело, К.С., Гонсалвес, Дж., Боавида, М.Г., Джордан, П. (2001). Амплификация ПЦР вносит ошибки в последовательности мононуклеотидных и динуклеотидных повторов. Дж. Клин. Патол.-мол. Патол. 54 (5), 351–353. doi: 10.1136/mp.54.5.351

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Деллаваль, Р. П., Петерсен, Р., Линдквист, С. (1994). Преимущественное деаденилирование мРНК Hsp70 играет ключевую роль в регуляции экспрессии Hsp70 у Drosophila melanogaster. Мол. Клеточная биол. 14 (6), 3646–3659. doi: 10.1128/mcb.14.6.3646

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Эйххорн С. В., Субтельный А. О., Кроня И., Квасьниески Дж. К., Орр-Уивер Т. Л., Бартел Д. П. (2016). Изменения поли(А)-хвоста мРНК, определяемые деаденилированием, широко изменяют форму трансляции в ооцитах и ​​ранних эмбрионах дрозофилы. Элиф 5, е16955. doi: 10.7554/eLife.16955

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Эли, Б.Р., Ловеринг, А.Т., Горовиц, М., Минсон, К.Т. (2014). Акклиматизация к теплу и перекрестная толерантность к гипоксии: преодоление разрыва между клеточными и системными реакциями. Темп. (Остин) 1 (2), 107–114. doi: 10.4161/temp.29800

    Полный текст CrossRef | Google Scholar

    Финка А., Матту Р. У. Х., Голубинов П. (2011). Мета-анализ генов шаперонов с активацией тепловой и химической регуляции в клетках растений и человека. Шапероны клеточного стресса 16 (1), 15–31. дои: 10.1007/s12192-010-0216-8

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Гловер, Дж. Р., Линдквист, С. (1998). Hsp104, Hsp70 и Hsp40: новая система шаперонов, которая спасает ранее агрегированные белки. моб. 94 (1), 73–82. doi: 10.1016/S0092-8674(00)81223-4

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Голубинов П., Могк А., Бен Цви А. П., Томоясу Т., Букау Б. (1999). Последовательный механизм солюбилизации и рефолдинга стабильных белковых агрегатов с помощью бишапероновой сети. Проц. Натл. акад. науч. США 96 (24), 13732–13737. doi: 10.1073/pnas.96.24.13732

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Hershey, JWB, Sonenberg, N., Mathews, MB (2012). Принципы трансляционного контроля: обзор. Перспектива Колд-Спринг-Харбор. биол. 4 (12), 653–660. doi: 10.1101/cshperspect.a011528

    Полный текст CrossRef | Google Scholar

    Холдорф М. М., Оуэн Х. А., Либер С. Р., Юань Л., Адамс Н., Дэбни-Смит С. и соавт. (2012). Arabidopsis ETHE1 кодирует диоксигеназу серы, которая необходима для развития эмбриона и эндосперма. Завод физиол. 160 (1), 226–236. doi: 10.1104/pp.112.201855

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Иба, К. (2002). Акклимативная реакция высших растений на температурный стресс: подходы генной инженерии к температурной устойчивости. Год. Преподобный завод биол. 53, 225–245. doi: 10.1146/annurev.arplant.53.100201.160729

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Ялканен А.Л., Коулман С.Дж., Вилуш Дж. (2014). Детерминанты и последствия размера хвоста поли(А) мРНК. Из-за этого белка мой хвост выглядит большим? Семин. Сотовый Дев. биол. 34, 24–32. doi: 10.1016/j.semcdb.2014.05.018

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Janicke, A., Vancuylenberg, J., Boag, P.R., Traven, A., Beilharz, TH (2012). ePAT: простой метод мечения аденилированной РНК для измерения длины поли(А)-хвоста и других приложений 3’ RACE. РНК 18 (6), 1289–1295. doi: 10.1261/rna.031898.111

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Кавагути Р., Гирке Т., Брей Э. А., Бейли-Серрес Дж. (2004). Дифференциальная трансляция мРНК способствует регуляции генов в условиях стресса без стресса и обезвоживания у Arabidopsis thaliana. Plant J. 38 (5), 823–839. doi: 10.1111/j.1365-313X.2004.02090.x

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Ким, Н.H., Hwang, BK (2015). Белок теплового шока 70a перца взаимодействует с эффектором III типа AvrBsT и вызывает гибель растительных клеток и иммунитет. Завод физиол. 167 (2), 307–322. doi: 10.1104/pp.114.253898

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Кодзима С., Шер-Чен Э. Л., Грин С. Б. (2012). Циркадный контроль динамики полиаденилирования мРНК регулирует экспрессию ритмичного белка. Гены Дев. 26 (24), 2724–2736. doi: 10.1101/gad.208306.112

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Кусов Ю., Вайц М., Долленмайер Г., ГауссМюллер В., Зигль Г. (1996). РНК-белковые взаимодействия на 3′-конце РНК вируса гепатита А. Дж. Вирол. 70 (3), 1890–1897. doi: 10.1128/ОВИ.70.3.1890-1897.1996

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Лима С.А., Чипман Л.Б., Николсон А.Л., Чен Ю.Х., Йи Б.А., Йео Г.В. и др. (2017). Короткие поли(А)-хвосты являются консервативным признаком высокоэкспрессированных генов. Нац. Структура Мол. биол. 24 (12), 1057–105+. doi: 10.1038/nsmb.3499

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Лин Б. Л., Ван Дж. С., Лю Х. К., Чен Р. В., Мейер Ю., Баракат А. и др. (2001). Геномный анализ надсемейства Hsp70 у Arabidopsis thaliana. Шапероны клеточного стресса 6 (3), 201–208. doi: 10.1379/1466-1268(2001)006<0201:gaoths>2.0.co;2

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Мурман, А.М., де Мария А.С., Гомеш С.Л., Кляйн К. (1998). Тепловой шок изменяет длину поли(А)-хвоста РНК hsp32 Dictyostelium discoideum. ДНК клеточный биол. 17 (7), 635–641. doi: 10.1089/dna.1998.17.635

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Мустроф, А., Джунтавонг, П., Бейли-Серрес, Дж. (2009). Выделение растительной полисомной мРНК методами дифференциального центрифугирования и иммуноочистки рибосом. Методы Мол. биол. 553, 109–126. дои: 10.1007/978-1-60327-563-7_6

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Osteryoung, KW, Sundberg, H., Vierling, E. (1993). Длина поли(А)-хвоста РНК белка теплового шока увеличивается при сильном тепловом стрессе, но сплайсинг интронов не изменяется. Мол. Генерал Жене. 239 (3), 323–333. doi: 10.1007/BF00276930

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Park, JE, Yi, H., Kim, Y., Chang, H., Kim, VN (2016). Регуляция поли(А)-хвоста и трансляция во время цикла соматических клеток. Мол. Моб. 62 (3), 462–471. doi: 10.1016/j.molcel.2016.04.007

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Парселл, Д. А., Линдквист, С. (1993). Функция белков теплового шока в стрессоустойчивости — деградация и реактивация поврежденных белков. Год. Преподобный Жене. 27, 437–496. doi: 10.1146/annurev.ge.27.120193.002253

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Рихванов Э. Г., Гамбург К. З., Варакина Н.Н., Русалева Т.М., Федосеева И.В., Таусон Е.Л., и соавт. (2007). Ядерно-митохондриальные перекрестные помехи во время теплового шока в культуре клеток арабидопсиса. Завод Ж. 52 (4), 763–778. doi: 10.1111/j.1365-313X.2007.03275.x

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Sheets, MD, Fox, CA, Hunt, T., Vande Woude, G., Wickens, M. (1994). 3′-нетранслируемые области мРНК c-mos и cyclin стимулируют трансляцию, регулируя цитоплазматическое полиаденилирование. Гены Дев. 8 (8), 926–938. doi: 10.1101/gad.8.8.926

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Шеффилд В.П., Шор Г.К., Рэндалл С.К. (1990). Митохондриальный белок-предшественник. Влияние 70-килодальтонного белка теплового шока на фолдинг, агрегацию и импорт полипептидов. J. Biol. хим. 265 (19), 11069–11076. doi: 10.1111/j.1432-1033.1990.tb15618.x

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Шэнь, М.Q., Ши, HF (2016). Эстрадиол и агонисты рецепторов эстрогена противодействуют онкогенному действию лептина в клетках HepG2. PLoS One 11 (3), e0151455. doi: 10.1371/journal.pone.0151455

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Старк, М. Р., Плейсс, Дж. А., Дерас, М., Скариндж, С. А., Рейдер, С. Д. (2006). Опосредованный РНК-лигазой метод эффективного создания больших синтетических РНК. РНК 12 (11), 2014–2019 гг. doi: 10.1261/rna.93506

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Субтельный А.О., Эйххорн, С.В., Чен, Г.Р., Сив, Х., Бартель, Д.П. (2014). Профилирование поли(А)-хвоста выявляет эмбриональное переключение в контроле трансляции. Природа 508 (7494), 66–71. doi: 10.1038/nature13007

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Сун В., Бернард К., ван де Котте Б., Ван Монтегю М., Вербрюгген Н. (2001). At-HSP17.6A, кодирующий небольшой белок теплового шока у арабидопсиса, может усиливать осмотолерантность при избыточной экспрессии. Plant J. 27 (5), 407–415.doi: 10.1046/j.1365-313x.2001.01107.x

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Сунг Д.Ю., Каплан Ф., Гай К.Л. (2001). Молекулярные шапероны Hsp70 растений: структура белка, семейство генов, экспрессия и функция. Физиол. Растение. 113 (4), 443–451. doi: 10.1034/j.1399-3054.2001.1130402.x

    Полный текст CrossRef | Google Scholar

    Тани Т., Дерби Р. Дж., Хираока Ю., Спектор Д. Л. (1996). Ядрышковое накопление поли(А)(+) РНК в дрожжевых клетках, подвергшихся тепловому шоку: значение участия ядрышек в транспорте мРНК (том 6, стр. 1515, 1995). Мол. биол. Моб. 7 (1), 173–192. doi: 10.1091/mbc.6.11.1515e24139

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Вале Э., Винклер Г. С. (2013). Машины распада РНК: деаденилирование комплексами Ccr4-Not и Pan2-Pan3. Биохим. Эт Биофиз. Акта-Джин Регул. мех. 1829 (6-7), 561–570. doi: 10.1016/j.bbagrm.2013.01.003

    CrossRef Full Text | Google Scholar

    Weill, L., Belloc, E., Bava, F.A., Mendez, R. (2012).Контроль трансляции за счет изменения длины поли(А)-хвоста: рециркуляция мРНК. Нац. Структура Мол. биол. 19 (6), 577–585. doi: 10.1038/nsmb.2311

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Welch, WJ, Suhan, JP (1985). Морфологическое исследование стрессовой реакции млекопитающих: характеристика изменений цитоплазматических органелл, цитоскелета и ядрышек, появление внутриядерных актиновых филаментов в фибробластах крыс после воздействия теплового шока. Дж.Клеточная биол. 101 (4), 1198–1211. doi: 10.1083/jcb.101.4.1198

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Welch, WJ, Suhan, JP (1986). Клеточные и биохимические процессы в клетках млекопитающих во время и после восстановления после физиологического стресса. J. Cell Biol. 103 (5), 2035–2052. doi: 10.1083/jcb.103.5.2035

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Ву Ю. М., Квак Ю., Намкунг С., Кристьянсдоттир К., Ли С.Х., Ли, Дж. Х. и др. (2018). TED-Seq определяет динамику длины поли(А) во время стресса ЭР. Cell Rep. 24 (13), 3630–363+. doi: 10.1016/j.celrep.2018.08.084

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Wu, X., Liu, M., Downie, B., Liang, C., Ji, G., Li, Q. Q., et al. (2011). Полногеномный ландшафт полиаденилирования у арабидопсиса свидетельствует об обширном альтернативном полиаденилировании. Проц. Натл. акад. науч. США 108 (30), 12533–12538.doi: 10.1073/pnas.1019732108

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Zhang, JH, Wang, LJ, Pan, QH, Wang, YZ, Zhan, JC, Huang, WD (2008). Накопление и субклеточная локализация белков теплового шока в молодых листьях винограда при кросс-адаптации к температурным стрессам. Науч. Хортик. 117 (3), 231–240. doi: 10.1016/j.scienta.2008.04.012

    Полный текст CrossRef | Google Scholar

    Чжао, Х. В., Чжэн, Дж., Ли, К.SQ (2011). Новая система анализа растений in vitro для расщепления пре-мРНК во время образования 3′-конца. Завод физиол. 157 (3), 1546–1554. doi: 10.1104/pp.111.179465

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Чжао, Т., Хуан, К., Сунь, Дж., Лю, К., Хоу, X., Ю, X., и др. (2019). Влияние G-контента поли(А)-хвоста на связывание PAB арабидопсиса и их роль в повышении эффективности трансляции. Геном Биол. 20 (1), 189. doi: 10.1186/s13059-019-1799-8

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    Чжуан Ф., Fuchs, R.T., Sun, Z., Zheng, Y., Robb, G.B. (2012). Структурная предвзятость при лигировании 3′-адаптера, опосредованном РНК-лигазой Т4. Рез. нуклеиновых кислот. 40 (7), е54. doi: 10.1093/nar/gkr1263

    PubMed Abstract | Полный текст перекрестной ссылки | Google Scholar

    HSF1 — белок фактора теплового шока 1 — Homo sapiens (человек)

    1995 1 I

    I I I I I I I I I I I I I I
    Функциональный ключ Позиции ОписаниеДействия Графический вид Длина

    Этот подраздел страницы ‘Патология и биотехнология’ описывается влияние экспериментальной мутации одной или нескольких аминокислот на биологические свойства белка.< p>Подробнее…

    Мутагенез i
    22 L → A: Ингибирует активность связывания ДНК HSE и активация транскрипции

    Ручное утверждение на основе эксперимента в i

    1
    Мутагенез i 80 K: локализация стрессов Q.Потеря активности связывания ДНК и транскрипции при тепловом шоке. Отсутствие изменений в гомотримеризации при тепловом шоке.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ДЕАЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80 ПО SIRT1, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ИДЕНТИФИКАЦИЯ ПО МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 80 K → R: Не изменяет взаимодействие с XRC6C5 и XRCC5. Потеря локализации ядерных стрессовых тел. Уменьшение локализации ядерных стрессовых тел. Потеря активности связывания ДНК и транскрипции при тепловом шоке.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ДЕАЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80 ПО SIRT1, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ИДЕНТИФИКАЦИЯ ПО МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕПАРАЦИИ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С XRCC5 И XRCC6, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; СЭР-216; ЛИС-298; СЭР-326 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 91 K → R: Не влияет на сумоилирование.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется для: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 118 K → Q: Потеря локализации ядерных стрессовых тел.Отсутствие изменений в обилии белка.

    Утверждение вручную на основе эксперимента в i

    • Цитируется для: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ В LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 118 K → R: Отсутствие изменений в локализации ядерных стрессовых тел.

    Утверждение вручную на основе эксперимента в i

    • Цитируется для: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ В LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 120 T → A: Не влияет на связывание HSE и транскрипционную активность.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 121 S → A: Увеличение связывания HSE и транскрипционной активности.Значительно снижено связывание с HSP90AA1. Не влияет на связывание MAPKAPK2.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 121 S → D: Некоторое ингибирование связывания HSE и транскрипционной активности.Никаких изменений в связывании HSP90AA1. Ингибирует связывание MAPKAPK2. Снижение индуцированной HSF1 экспрессии мРНК HSPA1A зависимым от IER5 образом; когда связан с D-307; Д-314; Д-323 и Д-367.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • «IER5 генерирует новую гипофосфорилированную активную форму HSF1 и способствует онкогенезу».
      Асано Ю., Кавасе Т., Окабе А., Цуцуми С., Итикава Х., Татебе С., Китабаяши И., Таширо Ф., Намики Х., Кондо Т., Семба К., Абуратани Х., Тая Ю., Накагама Х., Оки Р.
      Sci. Rep. 6:19174-19174(2016) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

      Цитируется по: ДЕФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367 ПО PPP2CA, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-118, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В КОМПЛЕКСЕ С IER5 И PPP2CA, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С HSP90AA1 И IER5, ФУНКЦИЯ, СУБЪЕДИНИЦА, СВЯЗЫВАНИЕ С ДНК, МУТАГЕНЕЗ SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367.

    1
    Мутагенез i 123 S → A: Не влияет на связывание HSE и транскрипционную активность.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 124 T → A: Не влияет на связывание HSE и транскрипционную активность.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 126 K → R: Не влияет на сумоилирование.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется для: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 140 Цельсия L → K: Приводит к конститутивной гомобинтримеризации ДНК и 2 степениНе приводит к конститутивной трансактивационной активности при 20°С. Снижение ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • Цитируется для: ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБЪЕДИНИЦА, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; НОУ-189; НОУ-193; МЕТ-391 И ЛЕУ-395.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, СУБЕДИКА, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; ЛЕУ-189 И МЕТ-391.

    1
    Мутагенез i 142 T → A: активность промотора снижена примерно на 90%. Практически отсутствует транскрипционная активность при коэкспрессии с CK2.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ THR-142 CK2, ФУНКЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ THR-142, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 147 Цельсия М → А: Приводит к конститутивной гомобинтримеризации ДНК и 2 степениНе приводит к конститутивной трансактивационной активности при 20°С. Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • Цитируется для: ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБЪЕДИНИЦА, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; НОУ-189; НОУ-193; МЕТ-391 И ЛЕУ-395.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, СУБЕДИКА, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; ЛЕУ-189 И МЕТ-391.

    1
    мутагенез Потеря ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    Мутагенез I 147 M → K: не приводит к конститутивной гомотреМимеризации и ДНК-связывающей деятельности на 20 градусов по Цельсию.Потеря ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 150 Эффект койлирования на сумме.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется для: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 162 K → R: Не влияет на сумоилирование.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется для: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 189 L → A: Не приводит к активности конститутивного связывания и гомотримеризации ДНК.Приводит к конститутивной гомотримеризации и ДНК-связывающей активности при 30 градусах Цельсия. Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента на I

    1
    I
    189 L → E: приводит к конститутивной гомотреМимиизации, ДНК-связывающей и транзактивационной деятельности на 20 градусов по Цельсию. Снижение ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • Цитируется для: ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБЪЕДИНИЦА, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; НОУ-189; НОУ-193; МЕТ-391 И ЛЕУ-395.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, СУБЕДИКА, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; ЛЕУ-189 И МЕТ-391.

    1
    Мутагенез i 189 L → K: Приводит к конститутивной гомобинтримеризации ДНК и 2 степени Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    Мутагенез I I 193 L → A: Не приводит к конститутивной гомотреМимиизации и ДНК-связывающей деятельности при 20 градусов по Цельсию.Приводит к конститутивной гомотримеризации и ДНК-связывающей активности при 30 градусах Цельсия. Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручная утверждение на основе эксперимента в I

    1
    Мутагенез I I 193 L → E: ведет к конститутивной гомотреМимеризации и ДНК-связывающей деятельности на 20 градусов по Цельсию. Снижение ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    19399 193 L → K: приводит к конститутивной гомотреМимиизации и ДНК-связывающей деятельности на 20 градусов по Цельсию.Потеря ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    1
    Мутагенез и 208 Изменение К. в тельцах ядерного стресса → Q. Повышенное содержание белка.

    Утверждение вручную на основе эксперимента в i

    • Цитируется для: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ В LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 208 K → R: Отсутствие изменений в локализации ядерных стрессовых тел. Отсутствие изменений в обилии белка.

    Утверждение вручную на основе эксперимента в i

    • Цитируется для: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ В LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 216 S → A: Не изменяет взаимодействие с XRC6C5 и XRCC5. Отсутствие PLK1-индуцированного фосфорилирования в митозе. Ингибирует стимулированное PLK1 убиквитинилирование. Повышенная стабильность белков.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕПАРАЦИИ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С XRCC5 И XRCC6, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; СЭР-216; ЛИС-298; СЭР-326 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 216 S → E: Не изменяет взаимодействия с XRC6C5 и XRCC5. Локализация полюса веретена не изменена. Увеличивает слабо стимулированное PLK1 убиквитинилирование. Отсутствие изменений в стабильности белка.Усиление взаимодействия с БТРК.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕПАРАЦИИ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С XRCC5 И XRCC6, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; СЭР-216; ЛИС-298; СЭР-326 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 216 S → N: уменьшение локализации полюса веретена. Уменьшено взаимодействие с БТРК. Повышенная стабильность белков.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 230 S → A: без фосфорилирования. Никаких изменений в PLK1-индуцированном фосфорилировании в митозе. Никаких изменений в ДНК-связывающей активности при тепловом шоке. Снижение транскрипционной активности при тепловом шоке.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • «Фосфорилирование серина 230 способствует индуцируемой транскрипционной активности фактора теплового шока 1.»
      Холмберг С.И., Хиетакангас В., Михайлов А., Рантанен Дж.О., Каллио М., Мейнандер А., Хеллман Дж., Моррис Н., Маккинтош С., Моримото Р.И., Эрикссон Дж.Е., Систонен Л.
      EMBO J. 20:3800-3810(2001) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Цитируется по: БЕЛКОВАЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 228-241 И 297-310, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-230 С ПОМОЩЬЮ CAMK2, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303 И SER-
    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, МЕЖКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ -126; LYS-150; LYS-162; SER-230; LYS-298; SER-303; SER-307; SER-363 И LYS-381; ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 230 S → D: имитация фосфорилирования. Не влияет на транскрипционную активность при тепловом шоке.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • «Фосфорилирование серина 230 способствует индуцируемой транскрипционной активности фактора теплового шока 1».
      Холмберг К.И., Хиетакангас В., Михайлов А., Рантанен Дж.О., Каллио М., Мейнандер А., Хеллман Дж., Моррис Н., Маккинтош К., Моримото Р.И., Эрикссон Дж.Е., Систонен Л.
      EMBO J. 20 :3800-3810(2001) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract] Цитируется по: БЕЛКОВАЯ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ 228-241 И 297-310, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-230 С ПОМОЩЬЮ CAMK2, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303 И SER-307 , ФУНКЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-230, ДОМЕН, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.
    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 275 S → A: Снижение повышения транскрипционной активности, вызванной нагреванием.

    Ручная ассерция, основанная на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 275 активность при комнатной температуре до трансститутивной S

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 292 Сниженное фосфорилирование Увеличение ядерной локализации при тепловом шоке.

    Руководство Утверждение на основе эксперимента в I

    1
    I
    296 R → A: Никакого эффекта ни при репрессии транскрипционной активности при температуре контроля и при транскрипции на тепло шок.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    297 v → A: Незначительное влияние на разрыв транскрипционной активности при температуре контроля и на транскрипционную активацию при тепловом шоссе .

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    Мутагенез I 298 K → A: Индуцирует разрыв транскрипционной активности при контрольной температуре.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ ARG-296; ВАЛ-297; ЛИС-298; ГЛУ-299; ГЛУ-300; СЭР-303; СЭР-307; АРГ-309 И ГЛУ-311, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 298 K → Q: Нет изменений в локализации ядерных стрессовых тел. Повышенное содержание белка.

    Утверждение вручную на основе эксперимента в i

    • Цитируется для: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ В LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 298 K → R: Отменяет сумоилирование. Не влияет на фосфорилирование S-303 и S-307. Никаких изменений в субклеточном расположении гранул ядерного стресса при тепловом шоке. Потеря колокализации с SUMO1 в гранулах ядерного стресса при тепловом шоке. Не изменяет взаимодействие с XRCC5 и XRCC6. Не влияет ни на связывание с HSE, ни на трансактивацию HSP70. Увеличивает транскрипционную активность DAXX-зависимым образом.Отсутствие изменений в обилии белка.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ ARG-296; ВАЛ-297; ЛИС-298; ГЛУ-299; ГЛУ-300; СЭР-303; СЭР-307; АРГ-309 И ГЛУ-311, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ LYS-298, МУТАГЕНЕЗ LYS-298, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-307, СУМОИЛИРОВАНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-298; СЭР-303 И СЭР-307.

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С DAXX, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В РИБОНУКЛЕОПРОТЕИННОМ КОМПЛЕКСЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-298 И SER-326.

    • Цитируется по: АЦЕТИЛИРОВАНИЕ НА LYS-80; ЛИС-91; ЛИС-118; ЛИС-150; ЛИС-188; ЛИС-208; LYS-298 И LYS-524, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, СУБКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; ЛИС-118; LYS-208 И LYS-298, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕПАРАЦИИ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С XRCC5 И XRCC6, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; СЭР-216; ЛИС-298; СЭР-326 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 299 E → A: Температура не влияет на репрессию транскрипционной активности.

    Ручная ассерция на основе эксперимента в и

    1
    Мутагенез и 300

    Ручная ассерция, основанная на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 303 No. фосфорилирование Отсутствие изменений в субклеточном расположении гранул ядерного стресса при тепловом шоке. Потеря колокализации с SUMO1 в гранулах ядерного стресса при тепловом шоке. Незначительное снижение транскрипционной активности при термической обработке. Отсутствие изменений в PLK1-индуцированном фосфорилировании в митозе вызывает дерепрессию активации транскрипции при контрольной температуре, отменяет сумоилирование и индуцирует 2.5-кратное увеличение транскрипционной активности при термической обработке; когда связан с А-307.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ ARG-296; ВАЛ-297; ЛИС-298; ГЛУ-299; ГЛУ-300; СЭР-303; СЭР-307; АРГ-309 И ГЛУ-311, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-307, ФУНКЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-275; SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-307, СУМОИЛИРОВАНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-298; СЭР-303 И СЭР-307.

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 303 S → D: имитация фосфорилирования. Не влияет на сумоилирование in vitro.Значительно повышена транскрипционная активность при индукции тепла. 5-кратная дерепрессия транскрипционной активности при контрольной температуре; когда связан с D-307.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ ARG-296; ВАЛ-297; ЛИС-298; ГЛУ-299; ГЛУ-300; СЭР-303; СЭР-307; АРГ-309 И ГЛУ-311, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-307, ФУНКЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-275; SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 303 S → G: Приводит к конститутивной трансактивационной активности при комнатной температуре.Ингибирует взаимодействие с YWHAE и увеличивает цитоплазматическую локализацию; когда связан с G-307.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в i

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-275; SER-303 ПО GSK3B И SER-307 ПО MAPK3, ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ, МУТАГЕНЕЗ SER-275; СЭР-303 И СЭР-307.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С YWHAE, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ SER-303 И SER-307.

    1
    Мутагенез i 307 S → A: без фосфорилирования. Не снижает фосфорилирования Ser-303. 1,5% увеличение транскрипционной активности при термической обработке. Отсутствие изменений в PLK1-индуцированном фосфорилировании в митозе, индуцирует дерепрессию активации транскрипции при контрольной температуре, отменяет сумоилирование и вызывает 2,5-кратное увеличение транскрипционной активности при термической обработке; когда связан с А-303.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ ARG-296; ВАЛ-297; ЛИС-298; ГЛУ-299; ГЛУ-300; СЭР-303; СЭР-307; АРГ-309 И ГЛУ-311, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-307, ФУНКЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-275; SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-307, СУМОИЛИРОВАНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-298; СЭР-303 И СЭР-307.

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 307 S → D: 5-кратная дерепрессия температуры при контроле транскрипции; когда связан с D-303. Снижение индуцированной HSF1 экспрессии мРНК HSPA1A зависимым от IER5 образом; когда связан с D-121; Д-314; Д-323 и Д-367.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ ARG-296; ВАЛ-297; ЛИС-298; ГЛУ-299; ГЛУ-300; СЭР-303; СЭР-307; АРГ-309 И ГЛУ-311, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303 И SER-307, ФУНКЦИЯ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ SER-303 И SER-307, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • «IER5 генерирует новую гипофосфорилированную активную форму HSF1 и способствует онкогенезу».
      Асано Ю., Кавасе Т., Окабе А., Цуцуми С., Итикава Х., Татебе С., Китабаяши И., Таширо Ф., Намики Х., Кондо Т., Семба К., Абуратани Х., Тая Ю., Накагама Х., Оки Р.
      Sci.Rep. 6:19174-19174(2016) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

      Цитируется по: ДЕФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367 ПО PPP2CA, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-118, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В КОМПЛЕКСЕ С IER5 И PPP2CA, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С HSP90AA1 И IER5, ФУНКЦИЯ, СУБЪЕДИНИЦА, СВЯЗЫВАНИЕ С ДНК, МУТАГЕНЕЗ SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367.

    1
    Мутагенез i 307 S → G: Приводит к конститутивной трансактивационной активности при комнатной температуре.Ингибирует взаимодействие с YWHAE и увеличивает цитоплазматическую локализацию; когда связан с G-303.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в i

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-275; SER-303 ПО GSK3B И SER-307 ПО MAPK3, ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ, МУТАГЕНЕЗ SER-275; СЭР-303 И СЭР-307.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С YWHAE, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ SER-303 И SER-307.

    1
    Мутагенез i 309 R → A: Нет влияния на контроль транскрипционной активности.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    311 E → A: Без влияния ни при репрессиях транскрипционной активности при температуре контроля и при транскрипции на тепло шок.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 314 Сниженное фосфорилирование

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    I 314 S → D: Уменьшение индуцированной HSF1-индуцированной мРНК HSPA1A в IER5-зависимом способе; когда связан с D-121; Д-307; Д-323 и Д-367.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • «IER5 генерирует новую гипофосфорилированную активную форму HSF1 и способствует онкогенезу».
      Асано Ю., Кавасе Т., Окабе А., Цуцуми С., Итикава Х., Татебе С., Китабаяши И., Таширо Ф., Намики Х., Кондо Т., Семба К., Абуратани Х., Тая Ю., Накагама Х., Оки Р.
      Sci. Rep. 6:19174-19174(2016) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

      Цитируется по: ДЕФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367 ПО PPP2CA, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-118, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В КОМПЛЕКСЕ С IER5 И PPP2CA, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С HSP90AA1 И IER5, ФУНКЦИЯ, СУБЪЕДИНИЦА, СВЯЗЫВАНИЕ С ДНК, МУТАГЕНЕЗ SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367.

    1
    Мутагенез i 319 S → A: Слабое снижение PLK1-индуцированного фосфорилирования.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 320 мутагенез i 320 ядерная декреационная транскрипционная активность →

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 320 Повышение активности ядерного шока при нагревании и локальном шоке при транскрипции D.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    Мутагенез I 323 T → D: снижение индуцированной HSF1-индуцированной экспрессии мРНК HSPA1A в IER5-зависимом способе; когда связан с D-121; Д-307; Д-314 и Д-367.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • «IER5 генерирует новую гипофосфорилированную активную форму HSF1 и способствует онкогенезу.»
      Асано Ю., Кавасе Т., Окабе А., Цуцуми С., Итикава Х., Татебе С., Китабаяши И., Таширо Ф., Намики Х., Кондо Т., Семба К., Абуратани Х. , Taya Y., Nakagama H., Ohki R.
      Sci. Rep. ; SER-314; THR-323 И THR-367 С ПОМОЩЬЮ PPP2CA, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-118, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В КОМПЛЕКСЕ С IER5 И PPP2CA, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С HSP90AA1 И IER5, ФУНКЦИЯ, СУБЪЕДИНИЦА, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, МУТАГЕНЕЗ SER-121; SER -307; SER-314; THR-323 и THR-367.

    1
    Мутагенез i 326 S → A: без фосфорилирования. Увеличение ядерной локализации при тепловом шоке. Не влияет на олигомеризацию, ДНК-связывающую активность и ядерную локализацию. Значительное снижение транскрипционной активности при тепловом шоке. Снижает транскрипционную активность DAXX-зависимым образом. Не изменяет взаимодействие с XRCC5 и XRCC6. Слабое снижение индуцированного PLK1 фосфорилирования.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в i

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С DAXX, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В РИБОНУКЛЕОПРОТЕИННОМ КОМПЛЕКСЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-298 И SER-326.

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-121; СЭР-230; СЭР-292; СЭР-303; СЭР-307; СЭР-314; СЭР-319; СЭР-326; СЭР-344; СЭР-363; SER-419 И SER-444, МУТАГЕНЕЗ SER-326, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    • Цитируется для: ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ PLK1 И HSP90, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-419 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ SER-292; СЭР-314; СЭР-319; СЭР-326 И СЭР-419.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕПАРАЦИИ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С XRCC5 И XRCC6, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; СЭР-216; ЛИС-298; СЭР-326 И СЭР-419.

    • «Фактор теплового шока 1 является субстратом для митоген-активируемых протеинкиназ p38».
      Даялан Найду С., Сазерленд К., Чжан Ю., Риско А., де ла Вега Л., Каунт С.Дж., Хасти С.Дж., Ламонт Д.Дж., Торренте Л., Чоудхри С., Бенджамин И.Дж., Кейс С.М., Куэнда А. ., Динкова-Костова А.Т.
      Мол. Клетка. биол. 36:2403-2417(2016) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

      Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-326 С ПОМОЩЬЮ MAPK12, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ SER-326.

    1
    Мутагенез i 326 S → E: Не изменяет взаимодействия с XRC6C5 и XRCC5.

    Ручная утверждение на основе эксперимента в I

    1
    363 S → A: Уменьшает MAPK8, индуцированную фосфорилирование и негативно негативно не регулирует транзактивационную активность при тепловом шоке.Не влияет на сумоилирование.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С MAPK3 И MAPK8, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-363 ПО MAPK8, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ДОМЕН, МУТАЦИОНИРОВАНИЕ SER-3, МУТАГЕНИЗ SER-3

    • Цитируется по: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 367 T → D: IPA5-независимая экспрессия HSF1-AER; когда связан с D-121; Д-307; Д-314 и Д-323.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • «IER5 генерирует новую гипофосфорилированную активную форму HSF1 и способствует онкогенезу».
      Асано Ю., Кавасэ Т., Окабе А., Цуцуми С., Итикава Х., Татебе С., Китабаяши И., Таширо Ф., Намики Х., Кондо Т., Семба К., Абуратани Х., Тая Ю., Накагама Х., Оки Р.
      Sci . Rep. 6:19174-19174(2016) [PubMed] [Europe PMC] [Abstract]

      Цитируется по: ДЕФОСФОРИЛИРОВАНИЕ AT SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367 ПО PPP2CA, АЦЕТИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-118, ИДЕНТИФИКАЦИЯ В КОМПЛЕКСЕ С IER5 И PPP2CA, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С HSP90AA1 И IER5, ФУНКЦИЯ, СУБЪЕДИНИЦА, СВЯЗЫВАНИЕ С ДНК, МУТАГЕНЕЗ SER-121; СЭР-307; СЭР-314; THR-323 И THR-367.

    1
    Мутагенез i 381 K → R: Не влияет на сумоилирование.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется для: СУМОИЛИРОВАНИЕ ПО LYS-298, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ ПО SER-303, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-91; ЛИС-126; ЛИС-150; ЛИС-162; СЭР-230; ЛИС-298; СЭР-303; СЭР-307; SER-363 И LYS-381, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 391 градусов Цельсия M → A: Не приводит к конститутивной ДНК-связывающей активности.Приводит к слабой конститутивной ДНК-связывающей и гомотримеризационной активности при 30 градусах Цельсия. Снижение ДНК-связывающей активности при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    Мутагенез I I 391 M → E: приводит к конститутивной деятельности ДНК-связывания и гомотремизацией на 20 градусов по Цельсию. Не приводит к конститутивной трансактивационной активности при 20°С.Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    • Цитируется для: ФУНКЦИЯ, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБЪЕДИНИЦА, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; НОУ-189; НОУ-193; МЕТ-391 И ЛЕУ-395.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ, СУБЕДИКА, СВЯЗЫВАНИЕ ДНК, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, ДОМЕН, МУТАГЕНЕЗ LEU-140; МЕТ-147; ЛЕУ-189 И МЕТ-391. Мутагенез,Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

      ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    395 L → E: приводит к конститутивной деятельности ДНК-связывающей и гомотремизацией на 20 градусов по Цельсию. Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в I

    1
    1
    I 395 L → K: приводит к конститутивной деятельности ДНК-связывающей и гомотремизацией на 20 градусов по Цельсию.Не влияет на ДНК-связывающую активность при 37 градусах Цельсия.

    Ручное утверждение на основе эксперимента в i

    1
    Мутагенез i 419 Взаимодействие S с XCC5 и XC5 не изменяется. Снижение ядерной локализации при тепловом шоке. Сильно снижает фосфорилирование, индуцированное PLK1. Никаких изменений в PLK1-индуцированном фосфорилировании в митозе.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется для: ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ PLK1 И HSP90, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-419 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ SER-292; СЭР-314; СЭР-319; СЭР-326 И СЭР-419.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕГУЛЯЦИИ МИТОТИЧЕСКОЙ ПРОГРЕССИИ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С BTRC; CDC20; MAD2L1 И PLK1, ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-216 С ПОМОЩЬЮ PLK1, СУБКЛЕТОЧНАЯ РАСПОЛОЖЕНИЕ, УБИКВИТИНИРОВАНИЕ, ПРОТЕАСОМНАЯ ДЕГРАДАЦИЯ, МУТАГЕНЕЗ SER-216; СЭР-230; СЭР-303; СЭР-307 И СЭР-419.

    • Цитируется по: ФУНКЦИЯ В РЕПАРАЦИИ ДНК, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С XRCC5 И XRCC6, СУБКЛЕТОЧНОЕ РАСПОЛОЖЕНИЕ, МУТАГЕНЕЗ LYS-80; СЭР-216; ЛИС-298; СЭР-326 И СЭР-419.

    1
    Мутагенез i 419 S → E: Не изменяет взаимодействие с XRC6C5 и XRCC5.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в i

    1
    Мутагенез i 527 Изменение активности транскрипции HASE nor. Снижение связывания HSE; когда связан с А-529.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1
    Мутагенез i 529 S → A: Нет изменений ни в связывании HSE, ни в транскрипционной активности. Снижение связывания HSE; когда связан с А-527.

    Ручное утверждение, основанное на эксперименте в и

    • Цитируется по: ФОСФОРИЛИРОВАНИЕ SER-121 MAPKAPK2, ФУНКЦИЯ, ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ С БЕЛКАМИ HSP90 И MAPKAPK2, МУТАГЕНЕЗ THR-120; СЭР-121; СЭР-123; ТХР-124; THR-527 И SER-529, ИДЕНТИФИКАЦИЯ МЕТОДОМ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ.

    1

    Шок — Медицина интенсивной терапии

    Основным дефектом шока является снижение перфузии жизненно важных тканей. Когда перфузия снижается и доставка кислорода к клеткам становится недостаточной для аэробного метаболизма, клетки переходят на анаэробный метаболизм с повышенным образованием углекислого газа и повышением уровня лактата в крови. Клеточная функция снижается, и если шок сохраняется, происходит необратимое повреждение клеток и их гибель.

    Во время шока в зонах гипоперфузии могут быть запущены каскады воспаления и свертывания крови.Гипоксические эндотелиальные клетки сосудов активируют лейкоциты, которые связываются с эндотелием и высвобождают непосредственно повреждающие вещества (например, активные формы кислорода, протеолитические ферменты) и медиаторы воспаления (например, цитокины, лейкотриены, фактор некроза опухоли). Некоторые из этих медиаторов связываются с рецепторами клеточной поверхности и активируют ядерный фактор каппа-В (NFκB), что приводит к выработке дополнительных цитокинов и оксида азота (NO), мощного сосудорасширяющего средства. Септический шок Сепсис и септический шок Сепсис представляет собой клинический синдром опасной для жизни органной дисфункции, вызванный нерегулируемым ответом на инфекцию.При септическом шоке наблюдается критическое снижение перфузии тканей; острая недостаточность… читать далее может быть более провоспалительным, чем другие формы шока из-за действия бактериальных токсинов, особенно эндотоксина.

    При септическом шоке вазодилатация емкостных сосудов приводит к застою крови и гипотензии из-за «относительной» гиповолемии (т. е. слишком большого объема, который не может быть заполнен существующим количеством крови). Локализованная вазодилатация может сбрасывать кровь за пределы капиллярного обмена, вызывая очаговую гипоперфузию, несмотря на нормальный сердечный выброс и артериальное давление.Кроме того, избыток оксида азота превращается в пероксинитрит, свободный радикал, который повреждает митохондрии и снижает выработку АТФ (аденозинтрифосфата).

    Приток крови к микрососудам, включая капилляры, снижен, хотя при септическом шоке кровоток в крупных сосудах сохраняется. Механическая обструкция микрососудов может, по крайней мере частично, объяснять такое ограничение доставки субстрата. Лейкоциты и тромбоциты прикрепляются к эндотелию, и система свертывания крови активируется за счет отложения фибрина.

    Множественные медиаторы, наряду с дисфункцией эндотелиальных клеток, заметно повышают проницаемость микрососудов, позволяя жидкости, а иногда и белкам плазмы проникать в интерстициальное пространство (1 Справочные материалы по патофизиологии Шок — это состояние гипоперфузии органов с последующей клеточной дисфункцией и смертью. Механизмы могут включать снижение объем циркулирующей крови, снижение сердечного выброса и вазодилатация, иногда… читать дальше , 2 Справочные материалы по патофизиологии Шок — это состояние гипоперфузии органов с последующей клеточной дисфункцией и смертью.Механизмы могут включать снижение объема циркулирующей крови, снижение сердечного выброса и расширение сосудов, иногда… читать дальше , 3 Справочные материалы по патофизиологии Шок — это состояние гипоперфузии органов с последующей клеточной дисфункцией и смертью. Механизмы могут включать снижение объема циркулирующей крови, снижение сердечного выброса и вазодилатация, иногда… читать дальше). В желудочно-кишечном тракте повышенная проницаемость, возможно, способствует перемещению кишечных бактерий из просвета, что может привести к сепсису или метастатической инфекции.

    Апоптоз нейтрофилов может подавляться, усиливая высвобождение медиаторов воспаления. В других клетках может усиливаться апоптоз, увеличивая гибель клеток и, таким образом, ухудшая функцию органа.

    Артериальное давление не всегда низкое на ранних стадиях шока (хотя в конечном итоге возникает гипотензия, если шок не купировать). Точно так же не все пациенты с «низким» артериальным давлением испытывают шок. Степень и последствия гипотонии варьируют в зависимости от адекватности физиологической компенсации и основного заболевания пациента.Таким образом, умеренная степень гипотонии, которая хорошо переносится молодым, относительно здоровым человеком, может привести к тяжелой церебральной, сердечной или почечной дисфункции у пожилого человека со значительным атеросклерозом.

    Первоначально, когда доставка кислорода (DO2) снижается, ткани компенсируют это за счет извлечения большего процента доставляемого кислорода. Низкое артериальное давление вызывает адренергическую реакцию с симпатически-опосредованной вазоконстрикцией и часто учащением сердечных сокращений. Первоначально вазоконстрикция носит избирательный характер, направляя кровь к сердцу и головному мозгу, а не во внутренние органы.Циркулирующие бета-адренергические амины (адреналин, норадреналин) также повышают сократимость сердца и вызывают высвобождение кортикостероидов из надпочечников, ренина из почек и глюкозы из печени. Повышенное содержание глюкозы может перегрузить больные митохондрии, вызывая дальнейшее производство лактата.

    Реперфузия ишемизированных клеток может привести к дальнейшему повреждению. По мере повторного введения субстрата активность нейтрофилов может повышаться, увеличивая продукцию повреждающих супероксидных и гидроксильных радикалов.После восстановления кровотока медиаторы воспаления могут попасть в другие органы.

    В сердце сниженная коронарная перфузия и повышенное содержание медиаторов (включая фактор некроза опухоли и интерлейкин-1) могут снижать сократимость, ухудшать податливость миокарда и подавлять бета-рецепторы. Эти факторы снижают сердечный выброс, еще больше ухудшая как миокардиальную, так и системную перфузию и вызывая порочный круг, часто заканчивающийся смертью. Могут возникнуть аритмии.

    В желудочно-кишечном тракте могут развиться кишечная непроходимость и подслизистые кровоизлияния.Гипоперфузия печени может вызвать очаговый или обширный гепатоцеллюлярный некроз, повышение активности трансаминаз и билирубина, а также снижение продукции факторов свертывания крови.

    • 1. Salmon AH, Satchell SC: Дисфункция эндотелиального гликокаликса при заболевании: альбуминурия и повышенная проницаемость микрососудов. J Pathol 226:562–74, 2012. doi: 10.1002/path.3964

    %PDF-1.4 % 2017 0 объект > эндообъект внешняя ссылка 2017 96 0000000016 00000 н 0000003947 00000 н 0000004285 00000 н 0000004475 00000 н 0000004891 00000 н 0000005226 00000 н 0000005382 00000 н 0000005539 00000 н 0000005695 00000 н 0000005852 00000 н 0000006009 00000 н 0000006166 00000 н 0000006323 00000 н 0000006480 00000 н 0000006637 00000 н 0000006795 00000 н 0000006953 00000 н 0000007111 00000 н 0000007268 00000 н 0000007426 00000 н 0000007584 00000 н 0000007742 00000 н 0000007900 00000 н 0000008058 00000 н 0000008216 00000 н 0000008374 00000 н 0000008532 00000 н 0000008690 00000 н 0000008848 00000 н 0000009006 00000 н 0000009164 00000 н 0000009322 00000 н 0000009480 00000 н 0000009638 00000 н 0000009796 00000 н 0000009954 00000 н 0000010112 00000 н 0000010269 00000 н 0000010427 00000 н 0000010584 00000 н 0000010742 00000 н 0000010975 00000 н 0000011499 00000 н 0000012046 00000 н 0000012085 00000 н 0000012311 00000 н 0000012543 00000 н 0000012788 00000 н 0000012835 00000 н 0000012914 00000 н 0000013645 00000 н 0000014160 00000 н 0000014710 00000 н 0000015246 00000 н 0000015731 00000 н 0000016273 00000 н 0000016755 00000 н 0000017218 00000 н 0000017274 00000 н 0000017329 00000 н 0000017385 00000 н 0000017440 00000 н 0000017496 00000 н 0000017551 00000 н 0000017607 00000 н 0000017662 00000 н 0000017718 00000 н 0000017773 00000 н 0000017828 00000 н 0000017883 00000 н 0000017938 00000 н 0000017993 00000 н 0000018048 00000 н 0000018103 00000 н 0000018158 00000 н 0000018213 00000 н 0000018268 00000 н 0000018323 00000 н 0000018378 00000 н 0000018433 00000 н 0000018488 00000 н 0000018543 00000 н 0000018598 00000 н 0000018653 00000 н 0000018708 00000 н 0000018762 00000 н 0000021457 00000 н 0000021513 00000 н 0000021568 00000 н 0000021624 00000 н 0000021680 00000 н 0000021736 00000 н 0000021791 00000 н 0000021847 00000 н 0000003728 00000 н 0000002264 00000 н трейлер ]>> startxref 0 %%EOF 2112 0 объект >поток xڼVwXSW?/$PCJ)0 Z6UHѪ

    .

    admin

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.